科研产出
基于SCoT标记的木奶果种质资源遗传多样性分析
《中国热带农业 》 2020
摘要：利用SCoT标记对37份不同来源的木奶果种质资源进行遗传多样性分析.从75条引物中筛选出9条重复性好、条带清晰的引物用于PCR扩增,共扩增出109条条带,其中多态性条带94条,多态性比率为86.24%;供试材料相似系数介于0.58~0.92之间,9条引物平均多态性信息含量为0.8728,说明供试样品具有较高的遗传多样性.UPGMA聚类分析显示,SCoT标记能将37份木奶果资源完全区分开,并在相似系数0.69和0.70处将供试材料分成A、B、C3个大组,C组在相似系数0.72处可进一步分为C1和C2两个亚组.
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基于SCoT分子标记的48份杨桃种质遗传多样性分析
《南方农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：[目的]分析48份杨桃种质的遗传多样性,为杨桃种质资源的鉴定保护及开发利用提供理论依据.[方法]从60条SCoT引物中筛选出扩增条带清晰稳定、多态性丰富的引物,对从国内外收集的48份杨桃种质材料进行PCR扩增,统计分析电泳图谱,利用Popgene 1.32计算其遗传多样性参数,采用NTSYSpc 2.1计算种质间的遗传相似系数和遗传距离,利用UPGMA法进行聚类分析,并根据遗传相似系数进行主成分分析.[结果]从60条SCoT引物中筛选出的11条引物共扩增出115条条带,其中多态性条带102条,占总条带数的88.7%,每条SCoT引物扩增的总条带数(TNB)和多态性条带数(NPB)分别为10.45和9.27条,多态性比率(PPB)为70.00%~100.00%,平均为88.84%;多态性信息量(PIC)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon's信息指数(I)的平均值分别为0.77、1.7758、0.4229和0.6061.48份杨桃种质间的遗传相似系数为0.4957~0.9217,平均为0.6841.聚类分析结果显示,在遗传相似系数0.6618处可将48份杨桃种质划分为三大类群,第Ⅰ类群均为甜杨桃种质,第Ⅱ类群以酸杨桃种质为主,第Ⅲ类群以甜杨桃种质为主.主成分分析结果与聚类分析结果基本一致,均与杨桃的果实风味和种质来源高度相关.[结论]杨桃种质资源具有较丰富的遗传多样性,且筛选获得的SCoT引物对杨桃种质资源有较高的多态性检测率,适用于杨桃种质资源鉴别及亲缘关系分析.
关键词： 杨桃 遗传多样性 SCoT标记 聚类分析 主成分分析
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甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系优化与引物筛选
《华中农业大学学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：以甘蔗黑穗病菌(Sporisorium scitamineum)交配型菌株基因组DNA为模板,在单因素优化试验的基础上,采用L16(45)正交试验设计,对影响甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系的Mg2+、dNTPs、引物、r Taq DNA聚合酶和模板用量5个因素进行优化,建立优化的甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系:DNA模板12.50ng、dNTPs 0.17mmol/L、引物0.46μmol/L、Mg2+1.7 mmol/L、r Taq DNA聚合酶0.85U、1×Buffer(Mg2+free),总体积25μL。应用优化体系从30条SCoT引物中筛选扩增条带清晰且多态性丰富的10条引物,并利用这10条引物对10份地理来源和寄主来源不同的甘蔗黑穗病菌交配型菌株基因组DNA进行SCoT标记,结果共扩增出86条带,多态性比率为58.67%,平均每条引物扩增8.60条。UPGMA聚类分析结果表明:在遗传相似系数为0.75的水平上,可将10个菌株分为3类,聚类结果与菌株的地理来源有一定的相关性。
关键词： 甘蔗黑穗病菌 SCoT标记 体系优化 UPGMA聚类分析
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