文献类型： 中文期刊

作者： 郭元元 ¹ ; 陈振东 ¹ ; 张力 ¹ ; 蒋月喜 ¹ ; 宋焕忠 ¹ ; 吴永升 ¹ ; 车江旅 ² ; 陈琴 ³ ; 李洋 ¹ ; 秦龙妹 ³ ;

作者机构： 1.广西壮族自治区农业科学院蔬菜研究所

2.广西壮族自治区农业科学院成果转化处

3.广西壮族自治区农业科学院广西蔬菜育种与新技术研究重点实验室

关键词： 香葱;转录组;SSR标记;遗传多态性

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2021 年 020 期

页码： 6767-6781

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了明确香葱转录组中SSR的总体分布特点,开发香葱EST-SSR标记用以香葱遗传多样性研究,本研究从NCBI数据库上获取葱属转录组数据（SRR3144570）并利用MISA软件筛选香葱转录组测序,共获得94 805条转录本序列,检测出9 511个SSR位点,SSR出现频率为10.03%。在搜索的6种SSR位点类型中,1～3个核苷酸重复类型为香葱SSR重复的主要类型（占98.63%）,其中单核苷酸占55.80%、二核苷酸占21.32%、三核苷酸重复类型占21.51%。SSR重复基元主要有41种,其中以一核苷酸重复基元类型A/T（55.01%）、二核苷酸重复基元类型AC/GT （8.11%）和AT/AT （7.95%）频率最高。分析得到转录组SSR重复序列的长度在10～158 bp之间,平均长度为53.23 bp。根据这些SSR位点,利用Primer Premier 3.0进行引物开发,共设计出9 492对SSR引物。随机选取200对引物,其中有197对能进行有效扩增,占选取SSR引物对的98.5%,同时37对引物在6份表型差异显著的香葱种质资源中呈现多态性。采用该37对引物对56份香葱种质鉴定多样性,发现在相似系数为0.68时,可将56份香葱种质分为4个类群,聚类结果与表型结果一致。以上结果表明,基于NCBI数据库香葱转录组测序开发的SSR标记丰富了香葱的分子标记数量,为香葱遗传多样性分析、种质资源鉴定提供充足可靠的标记来源。