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广西水稻地方品种核心种质芽期耐盐性全基因组关联分析

文献类型： 中文期刊

作者： 夏秀忠 1 ; 张宗琼 1 ; 杨行海 1 ; 荘洁 1 ; 曾宇 2 ; 邓国富 2 ; 宋国显 3 ; 黄欲晓 3 ; 农保选 1 ; 李丹婷 1 ;

作者机构： 1.广西农业科学院水稻研究所 / 广西水稻遗传育种重点实验室

2.广西农业科学院

3.钦州市农业科学研究所

关键词： 水稻;核心种质;芽期;耐盐;全基因组关联分析

期刊名称： 作物学报

ISSN： 0496-3490

年卷期： 2022 年 48 卷 008 期

页码： 2007-2015

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 水稻属盐敏感的作物,盐胁迫会导致产量显著减少.我国盐渍地总面积大,并且呈迅速增长趋势,因此,筛选水稻耐盐种质,培育耐盐水稻品种十分必要.本研究在1.5%NaCl盐胁迫条件下评价419份广西水稻地方品种核心种质种子芽期的相对盐害率,并利用全基因组关联分析鉴定耐盐位点.研究结果表明:盐胁迫下,种子芽期平均发芽率为57.67%,显著低于对照92.55%,且夏皮罗-威尔克检验(0.9301)不符合正态分布.基于208,993个SNP标记,将419份核心种质资源分为6个亚群,利用一般线性模型(general linear model,GLM)和混合线性模型(mixed linear model,MLM)分析分别获得129个和1个显著关联SNP,分布在1号、2号、3号、4号、5号、6号、8号、9号和12号染色体上.在14个与水稻耐盐性显著关联区域,有13个区域与前人定位或克隆的耐盐基因重叠.显著关联区域Chr.8:10,564,948~10,733,175为首次报道,命名为qGR8.qGR8区域内含有53个基因,其中34个经转录组数据比对获得表达谱,比对结果推测LOC_Os08g17370为候选基因,该基因为跨膜9超家族成员,在耐盐亲本的根部和叶部上调表达,可能为qGR8区域内水稻芽期耐盐的新基因.这些研究结果为耐盐新基因的克隆奠定基础,为培育耐盐水稻品种提供新的基因资源.

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