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干旱胁迫下甘蔗苗期根系全长cDNA文库构建及EST序列分析

文献类型： 中文期刊

作者： 曹辉庆 1 ; 魏源文 1 ; 邓智年 1 ; 潘有强 1 ; 郭元元 1 ; 何海波 1 ; 李杨瑞 1 ;

作者机构： 1.广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室

关键词： cDNA文库;甘蔗;根系;表达序列标签;测序

期刊名称： 南方农业学报

ISSN： 2095-1191

年卷期： 2012 年 43 卷 06 期

页码： 17-21

收录情况： CSCD

摘要： 【目的】构建甘蔗根系全长cDNA文库,并进行测序,为分离克隆甘蔗抗旱候选基因奠定基础。【方法】在干旱胁迫条件下,以新台糖22号甘蔗根系为材料,采用SMART技术构建cDNA文库,并进行EST序列分析。【结果】文库构建质量鉴定结果显示,文库库容量为1.0×106PFU/mL,重组率约95%,文库插入片段长度在500～2000bp,平均长度约1102.1bp。挑选526个阳性克隆进行单向测序后,共获得523个ESTs序列,去除载体、接头序列以及长度低于100bp的序列后,进行聚类分析并组装,共得到468个Uni-ESTs,其中congtig29个,singlets439个,分别占总数的6.5%和93.5%。通过与NCBI非冗余蛋白库进行BLASTX比对,发现444个Uni-ESTs在GenBank有同源序列,占94.87%;获得24个未知蛋白功能基因,占5.13%。【结论】构建了干旱胁迫下甘蔗苗期根系全长cDNA文库,获得523个ESTs序列和468个Uni-ESTs,并获得一批新的未知蛋白功能基因。

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