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基于转录组测序的葛根SSR标记研究与利用（英文）

文献类型： 中文期刊

作者： 肖亮 1 ; 尚小红 1 ; 曹升 1 ; 谢向誉 1 ; 曾文丹 1 ; 严华兵 1 ;

作者机构： 1.广西农业科学院经济作物研究所;广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室

关键词： 葛;SSR标记;资源收集;遗传多样性

期刊名称： 西北植物学报

ISSN： 1000-4025

年卷期： 2019 年 01 期

页码： 59-67

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 该研究以‘桂粉葛1号’为材料,通过转录组测序的方法测得8.9Gb clean reads,组装成137 629个转录本,最终得到83 811个Unigene序列。进化树分析表明,葛根和苜蓿、花生聚为一支。用MISA软件在83 811个序列中检测到25 452个简单重复序列(SSR)位点,三核苷酸重复的SSR数量最多,其次是二核苷酸重复。三核苷酸重复中,(AAG)n是最普遍的重复单元(27.87%)。共设计了229对SSR引物,其中28对引物可以产生清晰的条带和丰富的多态性,被用于检测44份葛根资源的遗传多样性。在44个葛根资源的基因组DNA中共扩增出90个片段,其中89个条带有多态性,平均等位基因数为3.178 6。多态性信息量范围为0.083 0～0.774 2(平均数为0.4557)。聚类分析显示遗传相似性系数范围为0.266 7～1.000 0。这些结果提示所检测的葛根资源在DNA分子水平存在着丰富的遗传多样性。当阈值为0.58时,44个资源可以划分为2个类群,且44份资源的类群划分与地理来源之间没有直接关系,但这些标记将是葛根遗传多样性研究可用的基因组资源。

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