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环糊精水解酶底物运输通道的动态结构分析

文献类型： 中文期刊

作者： 莫莉 1 ; 郭媛 2 ; 林丽华 3 ; 黄日波 4 ; 庞浩 5 ;

作者机构： 1.广西科学院

2.非粮生物质酶解国家重点实验室

3.国家非粮生物质能源工程技术研究中心

4.广西生物质产业化工程院

5.广西生物炼制重点实验室

关键词： 环糊精水解酶;底物通道;3D结构;底物运输;淀粉

期刊名称： 广西科学

ISSN： 1005-9164

年卷期： 2014 年 21 卷 01 期

页码： 12-16

摘要： 【目的】环糊精水解酶是作用于特殊底物的水解酶,可以水解圆锥形结构的底物。分析这个酶的底物通道为水解特殊结构底物提供研究基础。【方法】利用分子动力学模拟环糊精水解酶存在的底物通道,比较环糊精水解酶BsCMD_1J0H和TspCMD_1SMA在底物运输通道上的差异。【结果】BsCMD_1J0H和TspCMD_1SMA都为糖基水解酶家族13的蛋白质,它们的碳骨架基本吻合,而在α?螺旋分布上,TspCMD_1SMA相比于BsCMD_1J0H来说,螺旋结构更趋向于在蛋白质中心聚集。BsCMD_1J0H有6条底物通道连通蛋白质表面和活性中心,TspCMD_1SMA有8条底物通道连通。BsCMD_1J0H的底物通道平均半径为1,TspCMD_1SMA的底物通道平均半径为1.2。【结论】本研究提供了BsCMD_1J0H和TspCMD_1SMA两个蛋白质在和底物接触中的相关底物通道信息。

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