科研产出
玉米穗腐病致病南方镰孢菌菌株JX18-4效应蛋白的预测及分析
《江苏农业科学 》 2024 北大核心
摘要：为挖掘与玉米受体蛋白互作进而触发免疫反应的南方镰孢菌效应蛋白，基于南方镰孢菌菌株JX18-4全基因组编码蛋白序列，利用Signal P、WoLFP SORT、Target P、TMHMM和big PI Predictor等生物信息学软件预测出分泌蛋白684个，随后再用EffectorP软件预测出效应蛋白157个，随后筛选出氨基酸残基数<400且半胱氨酸残基数≥4的效应蛋白115个。植物与寄主互作(PHI)和碳水化合物酶类(CAZymes)分析结果表明，获得PHI和CAZymes数据库注释的效应蛋白数分别为14、26个。10个效应蛋白获得PHI和CAZymes 2个数据库注释，其中6个候选效应蛋白的注释结果一致。本研究所预测出的南方镰孢菌菌株JX18-4效应蛋白将会为南方镰孢菌引起的玉米穗腐病的致病机制及防控方法研究提供了参考依据。
关键词： 南方镰孢菌 玉米穗腐病 全基因组 分泌蛋白 效应蛋白
全文链接
请求原文
茉莉花全基因组SSR标记开发及其亲缘关系鉴定
《园艺学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：根据茉莉花（Jasminum sambac）全基因组序列进行SSR分子标记开发，分析其SSR位点的组成及特征，并开展40份素馨属（Jasminum）种质的遗传多样性分析及41份茉莉花开放授粉系的亲缘关系鉴定。利用MISA软件对单、双瓣茉莉花全基因组进行SSR位点检索，共检测到140803个，重复基元中共有5种重复类型，以二核苷酸和三核苷酸的重复次数最多，分别为87 785次和46 735次，占SSR总位点数的62.35%和33.19%。挑选单、双瓣茉莉花共有且存在变异的SSR位点，根据单瓣茉莉花的参考基因组，采用Primerv3.0软件成功设计出1847对SSR引物，随机挑选出均匀分布的240对引物，以8个遗传背景差异较大的茉莉花种质混合DNA为模板对其进行扩增，最终确定了14对多态性SSR标记。利用开发的14对SSR标记对40份茉莉花种质进行检测，共发现169个等位基因，平均等位基因数（Na）、有效等位基因（Ne）、Shannon's信息指数（I）、观察杂合度（H_o）和期望杂合度（He）分别为12.1、4.067、1.772、0.505和0.725，多态性信息含量（PIC）介于0.378～0.817之间，均值为0.702。通过UPGMA聚类，在Nei's遗传距离0.82处将40份茉莉花种质划分为3大类群；在遗传距离0.66处，茉莉花和毛茉莉（J.multiflorum）聚为一类。群体结构分析表明40份茉莉花种质可分为3个类群，群体间存在部分种质混杂。利用开发的SSR标记对41份开放授粉系及14份候选父本进行检测，共发现103个等位基因，平均Na、Ne、I、H_o和He分别为7.4、2.446、1.061、0.366和0.522,PIC介于0.159～0.744之间，均值为0.477，有6对引物为高度多态位点；在Nei’s遗传距离0.82处将55份供试材料划分为3大类群，供试茉莉花母本及其开放授粉系全部聚为一类，在遗传距离0.28处2个茉莉花母本分别与其开放授粉系聚在一起。利用Cervusv3.07软件分析SSR位点在开放授粉系和已知母本及候选父本的遗传多样性参数，位点累积排除概率随位点数增加而增大，对于单亲已知类非父本排除概率（NE-2P）,14个位点的累积排除概率高达0.9962；当候选父本、三联体置信度均在95%时，41份开放授粉系中有30份鉴定出父本，其似然对数比值（LOD）均为正值，其中判定为自交子代的有26个，占86.67%，判定为杂交子代的有4个，占13.33%，杂交子代的父本均为泰国双瓣茉莉。
关键词： 茉莉花 SSR分子标记 亲缘鉴定 遗传多样性 全基因组
全文链接
请求原文
嗜麦芽窄食单胞菌CA1定殖及促生长特性相关基因挖掘
《南方农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】挖掘嗜麦芽窄食单胞菌CA1定殖和促生长特性相关基因，为探究其促生长作用机制提供理论参考。【方法】利用Nanopore测序技术平台对CA1菌株进行全基因组测序，将其基因组序列与GO、NR、KEGG、COG等数据库进行比对，获得基因功能注释信息，挖掘分析其功能特异性基因；使用基质培法收集甘蔗根系分泌物，并分析根系分泌物对菌株CA1的趋化性、生物膜形成和定殖相关基因表达的影响。【结果】嗜麦芽窄食单胞菌CA1基因组大小为4371327 bp，携带6个质粒，GC含量64.58%，其中4696个基因被注释预测，包括4525个蛋白编码基因、87个t RNA、13个rRNA和1个tmRNA。GO、COG、KEGG和NR数据库分别成功注释2795、2078、2494和2584个基因。该菌基因组含有细菌趋化性（cheA、cheV、cheY）、生物膜形成（flhA、flk、flgG）、细菌黏附（pgaA、mrkD）、嗜铁（fes、fepA、fecA）、合成氨（gltP、gltB、gltD）和磷酸盐代谢（phoR、phoB、pstA）等促进植物生长和定殖相关的基因。趋化性试验结果显示，与对照组相比，根系分泌物处理下的菌落数显著增加（P＜0.05，下同），且cheA、cheV和cheY基因的相对表达量显著升高，CA1生物膜形成显著增加。【结论】甘蔗根系分泌物有助于菌株CA1的趋化性及生物膜形成，提高与趋化性相关基因的表达量。菌株CA1基因组含有多个与促生长和定殖特性相关的基因，是其促生长特性的分子基础，细菌的趋化性和生物膜的形成是其定殖的关键步骤，根系分泌物有利于菌株的定殖。
关键词： 嗜麦芽窄食单胞菌 根系分泌物 趋化性 生物膜 全基因组
全文链接
请求原文
首页上一页1下一页尾页
