科研产出
基于线粒体基因序列的广西柑橘木虱遗传多样性及种群结构分析
《南方农业学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：【目的】研究广西柑橘木虱遗传多样性及种群结构，为制定柑橘木虱的防控措施提供理论基础。【方法】通过分析来自我国广东、贵州、云南、海南、广西以及越南太平和柬埔寨暹粒等地区的9个柑橘木虱线粒体基因组序列，确定并设计针对多态性位点的引物。利用获得的引物对采集自广西合浦、环江、富川、西林、永福和右江6个柑橘产区的柑橘木虱线粒体基因序列进行扩增和测序；使用DnaSP 6.12对测序序列进行多态性分析和单倍型多样性分析；采用最大似然法和贝叶斯法构建系统发育进化树；使用PopART绘制单倍型网络图以展示种群进化结构和关系。【结果】对来自我国和越南太平、柬埔寨暹粒的9个柑橘木虱线粒体基因组序列进行比对分析，共获得22个多态性位点，针对多态性位点区域序列设计引物并筛选获得5对有效引物，其中包括8个多态性位点。利用5对引物对采集自广西6个柑橘产区的18个柑橘木虱线粒体基因进行PCR扩增并测序，获得总长度2272 bp的线粒体基因序列，经分析发现广西柑橘木虱共包含6种单倍型，单倍型多样性为0.882、核苷酸多样性为0.00181。最大似然进化树、贝叶斯进化树和单倍型网络分析发现，广西西林柑橘木虱种群与云贵川等我国西南地区高海拔的柑橘木虱种群在遗传距离上较近，其他地区的柑橘木虱种群与我国南方和东南亚的种群更接近。【结论】广西柑橘木虱种群展现较高的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性，表现明显的种群结构分化和多样性；广西柑橘木虱种群遗传分化受地理距离影响明显，二者存在相关性。
关键词： 柑橘木虱 遗传多样性 种群结构 单倍型 柑橘 广西
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玉米Rubisco活化酶基因ZmRCA1的序列变异分析
《作物学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：Rubisco活化酶(RCA)是一种可激活光合作用关键酶Rubisco的伴侣蛋白,可通过对Rubisco的活性调节决定植物的碳同化效率。为了研究玉米ZmRCA1的多态性,参考GenBank中编码玉米Rubisco活化酶的ZmRCA1基因组序列设计引物对玉米微核心种质的95份自交系的ZmRCA1进行测序,获得长约1 680 bp的基因组序列。多态分析表明,在1 680 bp的区间内共发现22个SNP和8个InDel,其中5个SNP和1个InDel变异产生氨基酸序列改变;频率在0.1以上的13个多态性位点共形成27种单倍型,利用6个多态性位点就可以分辨约90%的单倍型。ZmRCA1基因具有高度序列保守性,基因DNA序列相似性为97.9%,而氨基酸序列的相似性则达99.8%;中性检验表明,ZmRCA1基因符合中性进化模型假设,没有发生纯化选择。
关键词： Rubisco活化酶(RCA) 单核苷酸多态性(SNP) InDel 连锁不平衡(LD) 单倍型 单倍型标签SNP
关联分析及其在植物遗传学研究中的应用
《植物学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：植物的很多重要经济性状均属于复杂性状。基于连锁分析的QTL作图是研究复杂性状的有效手段,但其尚存在一定的局限性。随着现代生物学的发展,一种基于连锁不平衡的新剖分复杂性状方法——关联分析法,开始应用于植物遗传学研究。与QTL作图法相比,应用关联分析法具有不需要构建特殊的群体,可同时对多个等位基因进行分析,定位QTL精度可达到单基因水平等优势。该文介绍了关联分析方法学的基础和特性,简述了其在植物遗传学研究中的进展情况,并对其未来发展和在植物遗传学研究中的应用进行了展望。
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