科研产出
侵染洋桔梗的烟草曲茎病毒分子鉴定及遗传进化分析
2025
摘要：目的明确引起广西南宁市洋桔梗呈现叶脉突起、叶片皱缩的病毒病原，并对病毒分离物的遗传进化关系进行分析，为花卉作物病毒病的综合防控提供理论依据。方法以1株具有叶脉突起、叶片皱缩等典型双生病毒症状的洋桔梗为研究对象，采用双生病毒通用简并引物（PA/PB）对洋桔梗叶片总DNA进行PCR检测，通过设计背靠背引物（TbCSV-F/TbCSV-R）、基因克隆获得相关病毒病原的全基因组序列，使用BLASTn对拼接序列进行比对分析，应用生物学软件SnapGene、SDT和MEGA 7.0对相关病毒病原的全基因组序列及遗传进化进行分析。结果利用PA/PB引物能从样品中扩增出1条约500 bp的特异目的条带，BLASTn分析发现，所得序列与GenBank上已登录的烟草曲茎病毒（Tobacco curly shoot virus，TbCSV）各分离物的核苷酸序列相似性均在91%以上，证实所采集的洋桔梗植株受到菜豆金色黄花叶病毒属病毒侵染。利用β卫星通用引物（β01/β02）未能扩增出条带，证实染病的洋桔梗叶片中不存在β卫星分子。利用TbCSV-F/TbCSV-R对感病样品总DNA进行PCR扩增，所得产物经纯化、克隆测序及序列拼接后获得1条长度为2743 bp的病毒全基因组序列，所得序列经核苷酸序列相似性分析表明病毒分离物为TbCSV的1个分离物，命名为TbCSV-GX-YJG。氨基酸同源性分析发现，病毒正链编码的AV1和AV2基因与TbCSV-SHJ01（GenBank登录号：MW779539.1）的核苷酸序列和氨基酸序列相似性均最高，为100%。进化树分析发现，TbCSV-GX-YJG与来自于广西（TbCSV-SHJ01）和四川（TbCSV-SC740，GenBank登录号：MH165181.1）的分离物聚在同一个小分支，说明亲缘关系较近；而与来自于云南（TbCSV-CN，GenBank登录号：KM383752.1）、孟加拉国（TbCSV-YT8，GenBank登录号：HG003650.1）、印度（TbCSV-WSF1和TbCSV-TC240，GenBank登录号分别为HQ407395.1和KF551584.1）的分离物处于不同的分支，说明TbCSV分离物具有一定的进化多样性。结论侵染广西洋桔梗表现叶脉突起、叶片皱缩的病毒病原为菜豆金色黄花叶病毒属的TbCSV。
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剑麻苯丙氨酸裂解酶基因的鉴定及表达分析
《作物学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：剑麻是热带地区重要的纤维作物,但其分子生物学研究基础薄弱,纤维发育机制尚未明确。苯丙氨酸裂解酶（phenylalanineammonia-lyase,PAL）是纤维重要组分木质素生物合成的起始酶,近年来转录组测序技术快速发展,使开展剑麻PAL基因相关研究更为便利。本文根据已报道转录组数据成功鉴定出2个含完整编码序列的剑麻PAL基因,其在剑麻叶片发育过程中的表达模式与前人报道的PAL在纤维发育过程中的活性变化规律一致,表明其与木质素生物合成密切相关。遗传进化分析结果显示,剑麻和番麻PAL基因进化关系更近,选择压力分析结果显示,剑麻和番麻PAL基因序列选择压力一致且高于太匮龙舌兰PAL基因,这一现象可能由剑麻和番麻纤维性状的趋同进化引起。此外,剑麻PAL基因在铜铅胁迫后差异表达不显著,其可能在重金属胁迫后受到转录后调控。值得一提的是,在烟草疫霉侵染后,剑麻PAL基因表达水平上调倍数较高,其可能同时参与苯丙烷类代谢途径中抗病相关次生代谢产物的合成和细胞壁介导的免疫机制。因此开展剑麻PAL基因功能解析可加深对剑麻纤维发育机制和抗病机制的理解,对培育高产、优质、多抗剑麻新品种具有重要意义。
关键词： 剑麻 苯丙氨酸裂解酶基因 遗传进化 选择压力 表达模式 逆境胁迫
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侵染广西红宝石青柚的柑橘褪绿矮化相关病毒遗传进化分析
《南方农业学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：【目的】明确引起广西多地泰国红宝石青柚产生叶片变形、扭曲、皱缩、褪绿花叶和矮化症状的病原,为有效防治该病害提供理论依据。【方法】从广西多地采集疑似发病的红宝石青柚叶片样品,利用柑橘褪绿矮化相关病毒（Citrus chlorotic dwarf-associated virus,CCDaV）特异引物进行PCR检测,通过分段扩增、克隆等方法对样品进行鉴定并获取全长基因序列,运用RDP5和MEGA 7.0对所获得的全长基因序列进行重组及遗传多样性分析。【结果】PCR检测结果显示采集的红宝石青柚叶片样品可扩增出642 bp的目的条带,证实红宝石青柚受到CCDaV感染;采用分段克隆的方法获得LA-1、LA-2、WM-1、GG-1、GG-2、WZ-1和WZ-2等7个各地代表分离物的全长序列,序列长度分别为3641、3642、3642、3640、3642、3644和3644 bp;核苷酸相似性比对发现,7个分离物间的核苷酸相似性在98%以上,与GenBank已登录的CCDaV各分离物间的核苷酸相似性在99%以上,说明研究获得的病毒分离物为CCDaV的分离物;重组分析发现,7个分离物未发生重组。系统发育进化树分析结果显示,研究获得的WZ-1和WZ-2分离物分别与Tha1-19、Tha30处于同一个小分支,说明这2个分离物与Tha1-19和Tha30具有较近的亲缘关系;其余几个分离物则分处不同的小分支,说明CCDaV广西分离物间仍有一定的进化多样性。【结论】引起广西红宝石青柚叶片呈V字型、皱缩、卷曲、褪绿花叶和植株严重矮化等症状的病原为CCDaV,部分地区分离物存在地域多样性。
关键词： 柑橘褪绿矮化相关病毒 红宝石青柚 遗传进化 广西
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甘蔗多样性微阵列技术(DArT)标记体系的建立
《南方农业学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：【目的】建立成熟、稳定的甘蔗多样性微阵列技术(Diversityarray technology,DArT)标记体系,为甘蔗的遗传多样性分析、遗传图谱构建及标记辅助育种等提供新的分子标记方法。【方法】以7份不同种属的甘蔗材料为样本,优化基因组复杂性降低方法并建立甘蔗DArT标记体系,同时应用该体系分析7份材料的遗传多样性。【结果】获得了基于PstI/TaqI酶切组合的最优基因组复杂性降低方法,利用该方法建立了DArT体系。利用DArT体系分析了7份材料之间遗传进化关系,发现供试7份材料的遗传相似系数为0.497~0.811,平均值为0.569。以遗传相似系数0.546为阀值,可以将供试材料分为三大类,其中第一类的GT29号、拔地拉和割手密GXS85-30均为甘蔗属材料,与预期相一致;第二类为河八王2号和滇蔗茅2号,第三类为芒84-8和斑茅GXA87-36。【结论】建立的甘蔗DArT标记体系具有有效性,其遗传相似性分析结果与材料预期的亲缘关系密切程度相一致。
关键词： 甘蔗 多样性微阵列技术 遗传多样性 遗传进化 亲缘关系
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