科研产出
CDDP结合SRAP标记分析杧果品种的遗传多样性
《中国南方果树 》 2022 北大核心
摘要：应用CDDP和SRAP分子标记技术对35个杧果品种进行遗传多样性分析，统计遗传多样性信息数据，并进行聚类分析和主成分分析。结果表明，12条CDDP引物和12对SRAP引物组合分别扩增得到条带263条和243条。其中多态性条带数分别为250条和230条，多态性条带比率分别为95.45%和94.61%,有效等位基因数分别为1.59和1.62,Nei’s基因多样性分别为0.32和0.24,Shannon信息指数分别为0.55和0.46,多态性信息含量分别为0.60和0.59,遗传相似系数变化范围分别为0.64～0.96和0.64～0.92,平均遗传相似系数分别为0.80和0.78,CDDP结合SRAP标记遗传相似系数变化范围为0.62～0.94,平均遗传相似系数为0.78。CDDP标记、SRAP标记以及CDDP结合SRAP标记分别在遗传相似系数为0.709 5、0.694 7以及0.685 0处可以将35个杧果品种分别分为3类、3类和5类，说明两种标记结合分析能够更加详细地解释杧果品种间的亲缘关系。而主成分分析结果和聚类分析结果有相似之处，但也有很大不同。
关键词： 杧果 CDDP SRAP 聚类分析 主成分分析 遗传相似系数
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金柑CDDP-PCR反应体系优化研究
《浙江农业学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：构建优化金柑CDDP-PCR反应体系并筛选适用于金柑CDDP-PCR分析的理想引物,为利用CDDP标记技术辅助种质鉴定以及分子育种等提供参考依据。以金柑基因组DNA为模板,采用正交优化试验设计方案,对dNTPs浓度、引物浓度、模板DNA用量、Mg~(2+)浓度、Taq DNA聚合酶浓度设计5因素4水平试验,采用极差分析法、方差分析法和Duncan多重比较法对试验结果进行分析。结果表明:利用供试的5个金柑品种验证试验效果,21条CDDP通用引物均可扩增出多态性条带。最佳反应体系为:dNTPs浓度为0.15 mmol·L~(-1),引物浓度为1.0μmol·L~(-1),模板DNA用量为120 ng,Mg~(2+)浓度为1.5 mmol·L~(-1),Taq DNA聚合酶浓度为0.25 U,剩余体积用ddH_2O补足至20μL。各因素对反应体系影响从大到小依次为dNTPs>引物>模板DNA>Mg~(2+)>Taq DNA聚合酶。
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杧果品种亲缘关系的CDDP分析
《浙江农业学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：利用保守DNA衍生多态性(CDDP)分子标记技术,对广西亚热带作物研究所保存的31个杧果品种进行遗传多样性分析,为杧果种质资源的鉴定及分子辅助育种提供理论依据.筛选出8条CDDP引物对供试的杧果品种进行PCR扩增,分析电泳图,并进行聚类分析和主成分分析.从31个杧果品种中共扩增出107条清晰条带,其中多态性条带(NPB)100条,多态性比率(PPB)达到93.57%.平均每条引物可扩增出13条带和12条多态性带.每个位点的平均等位基因数(N_a)、有效等位基因数(N_e)、Nei's基因多样性(H)、Shannon信息指数(I)分别为1.847 1、1.636 8、0.410 8、0.84,表明杧果品种间具有丰富的遗传多样性.供试杧果品种间相似性系数范围为0.620 6~0.920 8.UPGMA聚类结果表明,在遗传相似系数0.690 6处可以将供试杧果划分为7类,主成分分析结果与聚类分析结果基本一致,划分结果与杧果来源地无密切关系.筛选获得的CDDP引物对杧果种质资源有较高的多态性检测率,适用于资源鉴别及亲缘关系分析.
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