科研产出
甘蔗ScHAK10基因克隆及表达分析
《作物杂志 》 2018 北大核心
摘要：为探究甘蔗HAK基因家族中Sc HAK10基因的功能及干旱环境下的响应机制,利用同源克隆技术(homologous cloning)从新台糖22号中克隆得到Sc HAK10基因的完整编码序列,并对其进行生物信息学分析,同时采用q-PCR技术分析基因在不同组织以及在不同干旱阶段的表达情况。结果表明,Sc HAK10基因编码区全长为2 433bp,编码810个氨基酸,相对分子量89.83k D,等电点(p I)为8.46,预测其为疏水碱性蛋白;核苷酸同源性分析表明Sc HAK10基因与玉米(Zea mays L.)、高粱[Sorghum bicolor(L.)Moench]等其他作物中HAK基因具有高度的同源性;该蛋白具有跨膜结构域,定位在细胞质膜上。蛋白质二级结构分析发现其主要由α螺旋(38.15%)、扩展长链(19.26%)和无规则卷曲(37.16%)组成;蛋白功能预测显示其与阳离子运输通道相关,有较大的概率显示其介入转录、信号传导、免疫应答等生物活动。q PCR表达分析显示,Sc HAK10基因在不同部位都有表达,叶片中的表达量最高,其次为茎,根系中的表达量最低。干旱胁迫下Sc HAK10基因受到诱导表达,表达水平根据胁迫程度的加深而呈现出先上调后下降的表达趋势,复水后,基因表达量降低。本研究为进一步阐明甘蔗Sc HAK10基因的功能及甘蔗耐旱调控相关分子机制奠定了基础。
关键词： 甘蔗 钾转运蛋白基因(HAK) 基因克隆 生物信息学分析 基因表达
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甘蔗ScHAK9基因克隆及表达分析
《植物遗传资源学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：KUP/HAK/KT家族基因在介导细胞内钾的积累及维持植物的生长发育中起重要作用,本研究以新台糖22号(ROC22)甘蔗为研究材料,采用同源克隆技术获得钾转运ScHAK9基因的完整编码序列(CDs),并利用生物信息学软件对蛋白质结构和功能进行预测分析,同时利用qPCR技术分析基因的组织特异性表达以及在不同干旱条件下的表达情况。结果表明,ScHAK9基因的cDNA完整编码区长度为2352 bp,编码783个氨基酸,属于碱性疏水蛋白,结构中包含了12个跨膜结构域,蛋白主要定位在细胞质膜上;蛋白质二级结构主要由α螺旋结构、无规则卷曲结构和扩展长链组成;系统发育树分析显示ScHAK9与玉米Zm HAK9基因同源性较高。qPCR分析结果表明,ScHAK9基因在不同组织间的相对表达量具有明显差异,叶片中表达最高,其次是茎,根系中表达最低,具有组织特异性;干旱胁迫可以诱导ScHAK9基因表达,其表达量随着胁迫程度加重表现出升高趋势,且在复水后才有所下降。初步推测该基因可能在甘蔗发育和抵御干旱胁迫中起着重要作用,本研究为进一步阐明ScHAK9的功能及作用机制奠定了分子基础。
关键词： 甘蔗 钾转运蛋白(HAK) 基因克隆 生物信息学分析 基因表达
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葡萄miR169及其靶基因的生物信息学分析
《南方农业学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】明确葡萄miR169(vvi-miR169)基因家族在葡萄生长发育及逆境胁迫响应中的重要作用,为其在葡萄分子育种和抗逆新品种选育中的应用提供参考依据。【方法】利用miRNA、Phytozome、NCBI等数据库及Clustal X2.1、MEGA 6.0、RNAfold Web Server、ps RNATarget等在线软件对vvi-miR169基因家族的序列分布、定位特征、二级结构、发育进化树和靶基因调控功能进行生物信息学分析。【结果】在miRBase中搜索到25条vvi-miR169基因同源序列,分别分布在6条染色体上,其中以位于Chr11上的序列最多,共有17条,位于Chr01、Chr04和Chr14上各有2条,而在Chr08和Chr17上各有1条。vvi-miR169基因家族成熟序列的碱基保守性很高,其前体序列均可形成稳定的二级茎环结构,且位于同一条染色体上的miR169基因序列显示出相对更近的亲缘关系。vvi-miR169基因家族共预测到21个靶基因,绝大部分miRNA都有多个靶基因,且不同miRNA具有相同的靶基因,其中有22个miRNA靶基因均含有GSVIVT01015120001(NF-YA转录因子)。【结论】vvi-miR169基因家族序列保守性较高,家族特征明显,且具有相似的调控功能;NF-YA转录因子是vvi-miR169基因家族最主要的靶基因,也是葡萄生长发育过程中抗逆境胁迫的主要调控元件。
关键词： 葡萄 miR169基因 靶基因 NF-YA转录因子 生物信息学
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野生种花生钙依赖蛋白激酶基因家族的生物信息学分析
《热带作物学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：Ca2+是植物中重要的第二信使,几乎介导了植物生长发育的全部反应。钙依赖蛋白激酶(CDPKs)是植物中重要的钙传感蛋白,在植物生命活动中扮演着重要角色。目前2个二倍体野生种花生全基因组序列已经公布,而由2个野生种杂交后形成的异源四倍体栽培种花生的全基因组序列还没有公布,野生种花生CDPKs的生物信息学分析结果可以为栽培种花生CDPKs的研究提供参考。本研究采用生物信息学方法和工具对2个野生种花生CDPKs基因家族的全基因组分布、基因结构、进化和理化性质等进行分析。结果表明:2个野生种花生全基因组均比对到35个CDPKs基因序列,野生种花生与拟南芥CDPKs基因结构类似,蛋白质结构具有典型的蛋白质激酶和EF手型结构域,2个野生种花生与其它物种在进化过程中CDPKs变异较小,可能作为钙传感蛋白在细胞内各个部位和细胞器中行使功能。本研究结果可为栽培种花生的CDPKs结构和功能研究提供参考。
关键词： 野生种花生 钙依赖蛋白激酶 生物信息学 EF手型结构域
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甘蔗ATP结合蛋白基因克隆及其干旱胁迫下的表达特性分析
《南方农业学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】克隆甘蔗ATP结合蛋白基因,分析其基本生物学信息及在干旱胁迫下的表达特性,为ATP结合蛋白的功能研究提供理论依据。【方法】从乙烯诱导甘蔗差异表达转录组和水分胁迫下甘蔗cDNA文库中获取ATP结合蛋白基因序列,设计其引物进行RT-PCR扩增,利用生物信息学软件进行序列分析及其蛋白结构和功能预测,并采用实时荧光定量PCR(qPCR)检测干旱胁迫处理下的甘蔗ATP结合蛋白基因的表达情况。【结果】克隆获得的甘蔗ATP结合蛋白基因全长2145 bp,编码714个氨基酸,其蛋白分子质量为79.430 kD,理论等电点(pI)为9.33,不稳定系数为44.38;甘蔗ATP结合蛋白与玉米ATP结合蛋白的核苷酸序列及其推导氨基酸系列同源性最高,均达93%。甘蔗ATP结合蛋白主要由无规则卷曲(42.02%)、α螺旋(25.63%)和延伸链(22.27%)结构组成,具有蛋白激酶催化结构域、ATP结合位点、核苷酸结合位点(NBS)、糖基化位点、激酶磷酸化结合位点及核定位信号等;甘蔗ATP结合蛋白可能主要定位在细胞核、叶绿体、线粒体和过氧化物酶体中,起中间代谢调控作用,或参与转录调控、免疫应答、胁迫应答及信号转导等生物反应。qPCR检测结果显示,在干旱胁迫7 d后,甘蔗ATP结合蛋白基因的表达量明显下调,约为对照的30%,恢复正常供水(复水)后,表达量回升。【结论】甘蔗ATP结合蛋白基因表达受干旱胁迫诱导,可能参与甘蔗对干旱逆境胁迫响应的代谢调控。
关键词： 甘蔗 ATP结合蛋白 基因克隆 生物信息学 干旱胁迫 表达特性
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甘蔗细胞色素b6-f复合体铁硫亚基(SoCYT)基因的克隆和表达分析
《西南农业学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：以甘蔗叶片总RNA为模板,通过RT-PCR扩增细胞色素b6-f复合体铁硫亚基基因的c DNA,采用生物信息学软件分析所克隆基因的编码蛋白特性,并用荧光定量PCR分析该基因的表达情况。结果表明:克隆得到的c DNA片段长度为796 bp,包括1个579 bp的开放阅读框,编码192个氨基酸。甘蔗与高粱CYT基因c DNA序列的同源性为94.0%,氨基酸序列同源性为99.0%;该基因推导的蛋白分子量大小为20.67KD,等电点为6.24,疏水性分值在0.50~2.11;蛋白二级结构中α-螺旋占17.19%,随机卷曲占53.12%,延伸链占21.53%,β-转角只占8.33%,Gen Bank登录号为JQ712582。实时荧光定量分析结果表明,随着甘蔗干旱胁迫时间的延长,So CYT基因表达均呈下降的趋势,PEG与PEG加Si处理的So CYT基因的表达量有显著差异,加硅可减缓So CYT基因表达的下降速度和对细胞色素b6/f复合体的结构的损伤和影响。
关键词： 甘蔗 细胞色素b6-f复合体铁硫亚基 克隆 生物信息学分析 表达
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水稻ARAB-1类似基因的电子克隆及生物信息学分析
《安徽农业科学 》 2015
摘要：[目的]对水稻Os ARAB-1基因进行电子克隆,并对其进行生物信息学分析。[方法]以NP 174188.1为查询探针,通过电子克隆获得Os ARAB-1基因全长c DNA,用生物信息学软件对其核苷酸序列和蛋白质序列进行生物信息学分析。[结果]获得了Os ARAB-1基因全长c DNA,基因编码区序列(CDS)全长1 086 bp。电子定位于第五染色体基因组序列NC 008398.2核苷酸序列6 769 813~6 773 213 bp区域。Os ARAB-1蛋白属于亲水性的胞外蛋白,比较稳定,偏碱性。二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主。具有2个功能结构域:SGNH水解酶型酯酶、GDSL脂肪酶。有21个磷酸化位点、7个糖基化位点。推定的活性位点的氨基酸残基为Ser34、Gly107、Asn167、Asp333、His336。与玉米酯酶亚型B4FM12亲缘关系最近。Os ARAB-1基因的表达对水稻的发育和形态发生起重要作用,与水稻抗稻瘟病有关。[结论]该研究为用试验方法克隆该基因和功能鉴定奠定了基础。
关键词： 水稻 脂肪酶 生物信息学 氨基酸序列 Os ARAB-1基因
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花生预苯胺酸脱氢酶基因AhADH的克隆及分子特性分析
《分子植物育种 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：通过改良的RACE技术从花生中分离并克隆出ADH全长cDNA序列,并命名为AhADH,其全长为1 155 bp,含一个编码269个氨基酸,长度为810 bp的开放阅读框。生物信息学分析显示AhADH蛋白的分子质量是30.65 kD,理论等电点是6.07,二级结构主要由α-螺旋和无规卷曲组成。序列比对表明花生ADH氨基酸序列含预苯酸/预苯胺酸脱氢酶结构域,且与多种其他植物的ADH具有高度同源性。qRT-PCR分析表明该基因具有组织表达差异性,且在茎中表达量最高。
关键词： 维生素E 预苯胺酸脱氢酶 花生 生物信息学分析 组织表达谱
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甘蔗核苷二磷酸激酶(NDPK1)基因克隆及表达分析
《热带作物学报 》 2012 CSCD
摘要：采用RT-PCR技术克隆了甘蔗核苷二磷酸激酶基因全长cDNA,并用荧光定量PCR分析该基因的表达情况。结果表明:克隆得到的cDNA片段长度为686 bp,包括1个450 bp的开放阅读框,编码149个氨基酸,GenBank登录号为JQ712580。甘蔗与高粱NDPK基因cDNA序列的同源性为96%,氨基酸序列同源性为98%;该基因推导的蛋白分子量大小为16.83 ku,等电点为6.58,疏水性分值在-2.089～2.033;蛋白二级结构中α-螺旋占44.3%,随机卷曲占24.83%,延伸链占20.13%,β-转角只占10.74%。实时荧光定量分析结果表明,随着甘蔗干旱胁迫时间的延长,NDPK1基因表达均呈先升高后降低的趋势,30 h达最大;在处理后的18、30、40 h,PEG与PEG+Si处理的NDPK1基因的表达量有显著差异。
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