科研产出
广西及广东惠州沙糖桔黄龙病亚洲种检测初报
《中国南方果树 》 2014 北大核心
摘要：采用柑桔黄龙病亚洲种(Candidatus Liberibacter asiaticus)的16SrDNA特异引物fD1/fD2和OI1/OI2c,对采自广西沙糖桔主要产区及广东惠州的234份沙糖桔叶片样品DNA进行NestedPCR扩增,扩增产物在1%琼脂糖凝胶电泳上检测。结果表明,广西南宁、桂林、柳州、百色、崇左、梧州、来宾、防城港、东兴及广东惠州的沙糖桔部分或大部分感染了柑桔黄龙病亚洲种病原,检出率分别为35.7%、66.7%、70.0%、74.5%、54.5%、29.7%、88.9%、20.0%、33.3%、95.0%。
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广西南丰蜜桔感染黄龙病的调查研究
《中国南方果树 》 2013 北大核心
摘要：为了解广西南丰蜜桔黄龙病感染情况,在南宁、柳州和桂林等地采集南丰蜜桔黄龙病疑似样品,对样品按症状分类并记录,然后利用黄龙病亚洲种的16SrDNA特异引物fD1/fD2和OI1/OI2c进行PCR扩增,扩增结果在1%琼脂糖凝胶电泳上检测。结果表明,共收集了193份南丰蜜桔黄龙病疑似样品,其中,61份为斑驳型黄化,3份为均匀黄化,19份为缺锌状黄化,35份为表现正常,5份为叶脉黄化,70份为其他类型黄化。检出阳性样品共75份,总阳性率为38.9%,96%阳性样品出自非正常叶疑似样品。斑驳型黄化叶、缺锌状黄化叶、其他黄化叶和正常叶疑似样品阳性率分别是82.0%、31.6%、22.9%和8.6%,另两类样品阳性率为0。来自南宁、柳州和桂林的疑似样品检出阳性率分别为25.0%、36.6%和42.9%。黄龙病已经在广西的南丰蜜桔上发生严重为害。
关键词： 广西 南丰蜜桔 黄龙病 调查 Nested-PCR
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柑橘黄龙病病原DNA提取方法比较
《南方农业学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：[目的]筛选出一种快速高效获取柑橘黄龙病病原DNA的提取方法,为黄龙病亚洲种病原的检测奠定基础.[方法]选取5份疑似黄龙病症状柑橘叶片样品,分别采用4种试剂盒(快捷型基因组DNA提取系统、新型植物基因组DNA提取试剂盒、植物基因组DNA提取试剂盒、快速DNA提取扩增套装)及CTAB法提取柑橘叶脉基因组DNA,并用柑橘黄龙病亚洲种的16SrDNA特异引物fD1/fD2和01I/012c进行PCR扩增,DNA提取产物及PCR扩增产物在1%琼脂糖凝胶电泳上检测.[结果]快捷型基因组DNA提取系统获得的DNA质量最好,植物基因组DNA提取试剂盒和CTAB法提取DNA方法提取得到的DNA质量较好,新型植物基因组DNA提取试剂盒所获得的DNA质量较差,快速DNA提取扩增套装所获得的DNA质量最差.除陕速DNA提取扩增套装外,其余4种DNA提取方法均扩增出黄龙病亚洲种病原.[结论]快捷型植物基因组DNA提取系统试剂盒操作简单快捷,耗时短,提取的DNA效果较好,能够满足黄龙病病原PCR检测的要求.
关键词： 柑橘 黄龙病 试剂盒 CTAB DNA提取 PCR
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柑橘黄龙病病原菌非洲种和美洲种23S-5S rDNA序列的克隆及分析
《中国农业科学 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：【目的】克隆柑橘黄龙病病原菌非洲种和美洲种23S-5S rDNA序列并和亚洲种相应区域进行比对,阐明黄龙病3个种核糖体RNA操纵子之间的关系。【方法】根据亚洲种23S-5S rRNA基因区域序列的保守性设计引物,在非洲种和美洲种DNA样品上扩增,对PCR产物进行克隆和测序,并对新获得的序列进行序列验证和分析。【结果】非洲种获得了3 057 bp序列包括23S rRNA基因、细胞壁脱氢酶假基因和5S rRNA基因;美洲种获得了3 033 bp序列包括23S rRNA基因、glpK基因和5S rRNA基因。3个种核糖体基因顺序分别是:亚洲种16S rRNA、tRNAIle、tRNAAla、23S rRNA、细胞壁脱氢酶假基因、5S rRNA和tRNAMet;非洲种16S rRNA、tRNAIle、tRNAAla、23S rRNA、细胞壁脱氢酶假基因和5S rRNA;美洲种16S rRNA、tRNAIle、tRNAAla、23S rRNA、glpK基因和5S rRNA。【结论】黄龙病病原菌核糖体RNA基因有特殊的排列方式,即在23S rRNA和5S rRNA基因区间均有反向编码的细胞壁脱氢酶基因,其中亚洲种和非洲种为假基因,美洲种为glpK基因。
关键词： 柑橘 黄龙病 非洲种 美洲种 23S-5SrDNA
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基于23S/5S rDNA序列的柑橘黄龙病病原菌亚洲种系统发育研究
《生物技术通报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：根据柑橘黄龙病亚洲种23S/5S的DNA序列设计一对引物对不同地理来源的6个柑橘黄龙病样品DNA进行扩增,扩增片段大小均为1 654 bp包括一个假定细胞壁水解酶假基因(putative cell wall hydrolase pseudogene)和5S rRNA基因。序列同源性分析结果表明;6个柑橘黄龙病病原菌样品与柑橘黄龙病病原菌亚洲种Sihui样品的同源性为99%,然而与土壤杆菌,布鲁氏菌,根瘤菌,中华根瘤菌,巴通体菌和中慢生根瘤菌的同源性只有89%～95%,说明在23S/5S rDNA序列上黄龙病病原菌亚洲种与α变形菌纲根瘤菌目的其他病原菌相差较大。对黄龙病病原菌亚洲种种内的23S/5S rDNA序列进行比较分析,结果发现黄龙病病原菌亚洲种种内之间putative cell wall hydrolase pseudogene和5S rRNA的基因序列非常保守,但不同地理来源的柑橘黄龙病样品碱基序列间确实存在差异,差异的大小与地理的远近无关。利用简约法对黄龙病病原菌亚洲种及α变形菌纲其它病原菌的23S/5S rDNA序列构建的系统发育树显示黄龙病病原菌亚洲种单独聚为一类,其他细菌聚为另一类,该结果与基于rplJ基因及16S rRNA基因的DNA序列构建的分子系统进化树结果一致。
关键词： 柑橘 黄龙病 亚洲种 23S/5S rDNA
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利用基因组步行方法克隆柑橘黄龙病病原菌亚洲种序列
《园艺学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：对NCBI基因库黄龙病亚洲种病原菌序列进行拼接,并根据拼接结果在rplKAJL-rpoBC,16S/23S rRNA和omp3个位点上设计引物,采用基因组步行方法,在其亚洲种3个位点上共获得了15168bp非冗余新序列,其中,在rplKAJL-rpoBC位点上5′端上游区和3′端下游区分别获得了3218和2653bp的非冗余新序列;在16S/23S rRNA位点上5′端上游区和3′端下游区分别延伸了1853和2459bp的新序列;在omp基因位点上分别获得了4014和971bp的新序列。序列分析表明在rplKAJL-rpoBC位点上的新序列包含2个新基因(suhB和serA);16S/23S rRNA位点新序列包含4个新基因(膜转运蛋白基因、细胞壁脱氢酶假基因、5S rRNA、tRNAMet),omp位点新序列包含6个新基因(rpsB、tsf、pyrH、frr、cdsA2、cds2)。这些新序列的获得为以PCR为基础的黄龙病相关研究提供了有用的参考依据。
关键词： 柑橘 黄龙病 Candidatus Liberibactor 序列
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