科研产出
基于rDNA序列分析的3种丛枝菌根真菌分子鉴定方法比较
《南方农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】比较基于rDNA序列分析的3种丛枝菌根（AM）真菌分子鉴定方法，为提高AM真菌在种水平分子鉴定的准确性提供参考。【方法】对从柑橘和甘蔗等广西地区主要作物的根际土壤中分离出的AM真菌菌株（编号为A6、B3和GY3-1）进行形态学鉴定，再通过巢式PCR分别扩增AM真菌的18SrDNA、28Sr DNA及含ITS1、5.8SrDNA和ITS2的序列（简写为ITS1+5.8S+ITS2），分别将其测序结果与GenBank数据库进行比对，并构建系统发育进化树，再结合形态学鉴定结果比较基于3个r DNA序列分析分子鉴定方法的准确性。【结果】菌株A6、B3和GY3-1的形态特征分别与幼套近明球囊霉（Claroideoglomus etunicatum）、黏质隔球囊霉（Septoglomus viscosum）和摩西斗管囊霉（Funneliformismosseae）一致。基于18SrDNA序列，将菌株A6鉴定为近明球囊霉属（Claroideoglomus），菌株GY3-1鉴定为摩西斗管囊霉（F. moessae），菌株B3鉴定为黏质隔球囊霉（S. viscosum）。基于28S rDNA序列，将菌株A6鉴定为幼套近明球囊霉（C. etunicatum），菌株B3鉴定为黏质隔球囊霉（S. viscosum），菌株GY3-1鉴定为摩西斗管囊霉（F. moessae）。基于ITS1+5.8S+ITS2序列，将菌株A6鉴定为幼套近明球囊霉（C. etunicatum），菌株B3鉴定为黏质隔球囊霉（S. viscosum），菌株GY3-1鉴定为摩西斗管囊霉（F.moessae）。而综合3种分子鉴定结果，菌株A6、B3和GY3-1分别鉴定为幼套近明球囊霉（C. etunicatum）、黏质隔球囊霉（S. viscosum）和摩西斗管囊霉（F. mosseae）。【结论】3种方式均可用于AM真菌的在种水平上的分子鉴定，以18S rDNA与28S rDNA为主的鉴定方法相对简单且快速，更适用于对AM真菌在属水平的鉴定；以ITS1+5.8S+ITS2为主的鉴定方法步骤较繁琐，但鉴定至种水平的准确性较高。3种方法的分析结果在一定程度上可互相补充，加强对AM真菌分子鉴定结果的准确性。
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番茄斑驳花叶病毒在广东省的首次报道
《植物保护 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：番茄斑驳花叶病毒（tomato mottle mosaic virus, ToMMV）是2013年发现的烟草花叶病毒属一个新种，目前在多国（地区）有发生。本文采用小RNA深度测序及RT-PCR检测方法在广东省广州市南沙区辣椒疑似病样中检测到ToMMV,命名为番茄斑驳花叶病毒广东分离物（ToMMV-GD-2020）。采用RT-PCR分段扩增获得了ToMMV-GD-2020的基因组全序列，该分离物基因组全长6 399 nt,包含4个开放阅读框，分别编码4个蛋白。序列相似性分析表明，ToMMV-GD-2020与已登录GenBank的14个ToMMV分离物基因组序列相似性分别为99.0%～99.7%,其中与中国辽宁分离物ToMMV-LN（GenBank登录号：MN853592）的相似性最高（99.7%）,与危害我国番茄、同属烟草花叶病毒属的番茄花叶病毒（tomato mosaic virus, ToMV）、番茄褐色皱果病毒（tomato brown rugose fruit virus, ToBRFV）代表分离物的相似性分别为84.6%和81.0%。系统进化分析表明，ToMMV-GD-2020与该病毒各分离物亲缘关系均较近，与中国辽宁分离物亲缘关系最近。利用ToMMV的PCR特异引物对广东其他6个市采集的67份辣椒疑似病毒病样品进行检测，结果均为阴性，这说明ToMMV目前还是局部危害广东省辣椒。本文是首次报道在广东发现ToMMV,对监测ToMMV在我国的扩散具有重要意义。
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广西辣椒病毒的sRNA深度测序和RT-PCR鉴定
《园艺学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：采用小RNA(sRNA)深度测序技术,结合RT-PCR技术对广西9个辣椒主产区具有典型病毒病症状的病样进行检测,共发现10种病毒,其中小米椒内源RNA病毒1(Capsicum frutescens endornavirus 1,CFEV 1)、辣椒潜隐病毒 2(pepper cryptic virus 2,PCV 2)、烟草轻型绿花叶病毒(tobacco mild green mosaic virus,TMGMV)和辣椒黄脉病毒(pepper vein yellows virus,PeVYV)是在广西辣椒上首次发现,且CFEV 1在中国是首次发现.10种病毒在75份辣椒病样中的总检出率为8.00%~66.67%,前5位依次为辣椒脉斑驳病毒(chilli veinal mottle virus,ChiVMV,66.67%)、甜椒脉斑驳病毒(pepper veinal mottle virus,PVMV,62.67%)、黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV,41.33%)、CFEV 1(32.0%)以及PCV 2(26.67%).ChiVMV、PVMV、CMV和CFEV 1在广西7~9个辣椒主产区广泛分布,推测为优势病毒.除桂林外,其他8个辣椒主产区均含以上4种优势病毒中的1~3种,但在桂林,这4种病毒的检出率偏低或检不出,其优势病毒种类是PMMoV和PCV2.广西辣椒病毒病复合侵染率为94.66%,3种(检出率42.67%)和4种(检出率24.00%)病毒复合侵染是主要形式.3种复合侵染中以ChiVMV+PVMV+CMV 和 ChiVMV+CFEV 1+ChiRSV 占比最高(均为 18.75%),4 种复合侵染中以 ChiVMV+PVMV+CMV+CFEV 1 占比最高(16.67%).
关键词： 辣椒 病毒病 小RNA 深度测序 RT-PCR 分子鉴定
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侵染广西番茄的番茄黄化曲叶病毒的分子鉴定
《植物保护 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：番茄黄化曲叶病毒病是番茄生产上的毁灭性病害,严重影响番茄产量及品质。2019年从广西百色市采集疑似番茄黄化曲叶病叶片样品,采用滚环扩增（RCA）及基因克隆等方法,获得了4个烟粉虱传双生病毒的全基因序列,4个分离物的全长序列分别为2 776、2 781、2 752、2 781 bp,均编码6个开放阅读框;核苷酸相似性比较发现,4个分离物彼此间的相似性均在90%以上,与已报道的番茄黄化曲叶病毒Tomato yellow leaf curl virus（TYLCV）各分离物间的相似性也在91%以上;系统进化分析表明,TYLCV广西分离物BS-2和BS-4与TYLCV-Hunan, BS-1和BS-3与TYLCV-YN6553等分离物处于独立的小分支,说明TYLCV广西分离物与TYLCV-Hunan、TYLCV-YN6553具有较近的亲缘关系。本研究首次报道TYLCV在广西发生。
关键词： 番茄 番茄黄化曲叶病毒（TYLCV） 分子鉴定 序列分析
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广西猕猴桃春季病害鉴定
《湖北民族大学学报(自然科学版) 》 2021
摘要：广西壮族自治区猕猴桃资源丰富,气候特点适宜猕猴桃生长,具有良好的产业发展前景.本文对广西桂林市的资源县和龙胜县、河池市南丹县及百色市乐业县等猕猴桃主产县的14个代表性园区进行了病害调查及病原鉴定.结果表明:春季病害主要为细菌性溃疡病、真菌性软腐病、黑/褐斑病、灰霉病、炭疽病及病毒病;按区域统计,南丹及乐业县的溃疡病发生率较高,南丹、龙胜、乐业县的真菌病害发生率较高,南丹及龙胜县的病毒病发生率较高.调查结果将为广西猕猴桃产业的病害防治提供理论依据.
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果蔗拔地拉及其芽变株系的SCoT、BPS和URP联合分子鉴定
《基因组学与应用生物学 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：前期我们获得了果蔗拔地拉的4份自然芽变株系,本研究旨在揭示果蔗拔地拉及其自然芽变株系在DNA水平上的分子差异。综合采用基于单引物扩增反应的三种分子标记技术(SCoT,BPS和URP)的20条单引物对果蔗拔地拉及其自然芽变株系进行分子鉴定。结果表明:(1)在随机使用的20条单引物(3条SCoT标记单引物,5条BPS标记单引物和12条URP标记单引物)中,BPS9、URP6R和URP17R这三条单引物均扩增失败,未能扩增出任何条带,剩下的17条单引物总共扩增产生了89条条带,17条单引物中平均每条单引物扩增出5.24条条带;(2)3条SCoT标记单引物和5条BPS标记单引物均未能扩增产生出明显的可重复差异条带,只有URP标记单引物URP38F能扩增产生一条由亮度强弱及有/无同时存在引起的可重复差异条带,该条带大小约625 bp,该条单引物及其所产生的约625 bp大小的条带可用于果蔗拔地拉及其自然芽变株系的分子鉴定,能有效区分果蔗拔地拉及其自然芽变株系在DNA分子水平上显示出来的微小的遗传差异。
关键词： 甘蔗 果蔗拔地拉 芽变株系 分子鉴定 SCoT BPS URP 分子标记
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水稻抗稻瘟病基因Pi25、Pi56(t)、Pit和Pita的分子鉴定
《湖北农业科学 》 2016
摘要：根据抗病基因在抗病材料和感病材料中的SNP位点设计引物,通过PCR扩增或CAPS标记,对16份水稻材料中的4个抗病基因Pi25、Pi56(t)、Pit和Pita进行了鉴定。结果表明,9份水稻材料中携带Pi25,6份材料中携带Pita,1份材料中携带Pit(杂合型),无材料携带Pi56(t)。
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广西地区甘蔗黄叶病病毒分子鉴定
《安徽农业科学 》 2011 北大核心
摘要：[目的]为广西甘蔗黄叶综合征(YLS)的分子检测和抗病育种提供参考。[方法]采集显症甘蔗叶样本,通过提取总RNA,利用引物P1/P2对样本进行反转录RCR(RT-PCR)扩增,对广西地区甘蔗黄叶病的病原体进行分子鉴定。[结果]经引物P1/P2扩增出630bp的目的片段。氨基酸和核苷酸序列分析结果表明,该片段是甘蔗黄叶病毒(SCYLV)外壳蛋白基因的一部分,与其他国家SCYLV分离物同源性达95%～99%。[结论]广西甘蔗黄叶病病原确是SCYLV,该病毒可能是近年从区外或境外传入的。
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