科研产出
基于SCoT分子标记的61份加工型黄瓜种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
《中国瓜菜 》 2024
摘要：为探明加工型黄瓜种质资源的亲缘关系及遗传多样性，为新品种选育提供理论依据，采用目标起始密码子多态性标记（SCoT）技术，以61份加工型黄瓜种质资源为试验材料，进行遗传多样性分析并构建DNA指纹图谱。结果表明，从100条SCoT引物中筛选出8条扩增条带清晰、多态性高且重复性好的引物；利用筛选出的引物对61份黄瓜种质基因组DNA进行PCR扩增，共扩增出238个位点信息，其中多态性位点227个，平均多态性位点百分比为95.38%；采用NTSYS-pc 2.1软件计算得出供试的61份材料间的遗传相似系数分布在0.588～0.920之间，遗传相似系数最小的材料分别是34号与55号，二者在瓜色、叶片形状及果实形状方面存在较大差异，说明两者亲缘关系最远。基于遗传相似系数对其进行UPGMA聚类分析和树状图绘制，在相似系数0.735处，可将其划分为7个类群，说明61份黄瓜种质材料背景存在差异，但多数地域来源相近、生境相似地区的种质被聚在同一类群。利用2对特异性较大的引物SCoT 12和SCoT 83构建的DNA指纹图谱可单独鉴别出61份黄瓜种质资源，该图谱可为黄瓜分类与鉴定提供科学依据。
关键词： 黄瓜 SCoT分子标记 亲缘关系 遗传多样性 DNA指纹图谱
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广西乐业野生春兰iPBS遗传多样性分析与指纹图谱构建
《西南农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】分析广西乐业县野生春兰种质资源的遗传多样性，构建其DNA指纹图谱，为野生春兰种质资源的分类和鉴定提供科学依据。【方法】采用iPBS分子标记分析收集于广西乐业县81份野生春兰种质资源和4个春兰栽培品种的多态性位点比率（PPL）、多态性信息含量（PIC）、观测等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Nei’s基因多样性（He）和Shannon信息指数（I）。从83条iPBS引物中筛选出扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物，对供试85份春兰种质的基因组DNA进行PCR扩增，统计凝胶电泳特征性谱带；采用POPGEN 1.32计算各野生春兰种质的遗传多样性指数，并基于其遗传相似系数进行UPGMA聚类；利用引物扩增条带多态性位点构建春兰种质数字指纹图谱。【结果】筛选出的6条引物扩增获得105条清晰谱带，其中，多态性条带95条，多态性比例为90.48%;85份春兰种质的平均PIC、平均Na、平均Ne、平均He和平均I分别为0.8050、1.7923、1.2204、0.2765和0.4590。供试春兰种质间的遗传相似性系数变辐为0.690～0.981,在相似系数0.704处，可将85份春兰种质划分为4个类群，其中，79个广西乐业野生春兰种质分布在第Ⅰ类群，第Ⅱ类群包括4个栽培品种，第Ⅲ和第Ⅳ类群分别只有1份广西乐业野生春兰种质。数字指纹图谱构建结果表明，利用2对iPBS引物（2249和2076）组合扩增的多态性位点即可将85份春兰种质全部区分，由此构建的乐业野生春兰种质数字指纹图谱可为野生春兰种质的鉴定提供科学依据。【结论】81份广西野生春兰种质表现出丰富的遗传多样性，基因交流较频繁，遗传背景相似。iPBS分子标记可用于春兰种质的鉴别及遗传多态性分析。
关键词： 野生春兰 iPBS 遗传多样性 DNA指纹图谱 广西乐业县
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金钗石斛居群遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
《中草药 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：目的 探讨不同地区金钗石斛Dendrobium nobile 居群间的遗传多样性及遗传分化关系.方法 基于引物结合位点间扩增(inter-primer binding site,iPBS)分子标记对广西5个县共35份金钗石斛进行遗传关系、遗传多样性和种群间遗传分化分析,并构建能区分35份金钗石斛种质的DNA指纹图谱.数据分析使用NTSYS-pc 2.10e统计软件计算遗传相似系数并构建聚类分析图谱,采用Popgene 1.32软件计算遗传多样性指数与居群遗传分化系数.结果 8条iPBS引物共扩增出158条条带,多态性条带为143条,多态条带百分率(percentage of polymorphic bands,PPB)为90.51%;在遗传距离0.70处,35份种质分为7大类群,居群在分子水平上出现明显分化;遗传相似系数(genetic similarity coefficient,Gs)变化范围为0.559 0~0.975 9,变幅为0.416 9;平均观测等位基因数(observed number of alleles,Na)、平均有效等位基因数(effective number of alleles,Ne)、Nei's 基因多样性指数(Nei's gene diversity index,He)、Shannon 多样性信息指数(Shannon information index,I)分别为1.898 7、1.505 0、0.300 7、0.454 2,居群间存在丰富遗传多样性;基因多样度(total genetic diversity,Ht)、各居群基因分化系数(gene diversity within population,Hs)、居群间遗传分化系数(coefficient of gene differentiation,Gst)分别为0.2998、0.2149、0.283 0,居群间遗传变异占总变异的28.30%,居群内的遗传变异占总变异的71.70%,遗传变异主要来源于居群内部;基因流(gene flow,Nm)为1.266 5,居群间存在较高水平的基因交流.引物2219和2399可单独鉴别出35份种质,试验基于引物2399的"0,1"矩阵构建35份种质的指纹图谱,此图谱可为金钗石斛品种的分类与鉴定提供参考.结论 金钗石斛居群间遗传多样性较丰富,总变异主要来源于居群内变异,居群间存在较高水平的基因交流.揭示了金钗石斛种质间的遗传关系及其居群遗传多样性,为野生金钗石斛种质的保护工作的开展奠定基础.
关键词： 金钗石斛 遗传多样性 遗传分化 DNA指纹图谱 iPBS标记
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木奶果种质资源的遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
《南方农业学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：[目的]对来自广西、云南、海南和广东的63份木奶果种质资源进行遗传多样性分析,并构建对应的DNA指纹图谱,为木奶果种质资源的分类鉴定、保护和利用提供理论参考.[方法]选取3份地理位置相差较远的种质,从75条SCoT引物中筛选出条带清晰、重复性好和多态性丰富的引物,对63份供试种质进行多态性扩增,利用Popgene 1.32和NTsys 2.10e进行遗传多样性和聚类分析,并依据扩增结果构建DNA指纹图谱.[结果]筛选出的6条SCoT引物从63份木奶果种质资源中共扩增出192条带,其中多态性条带188条,多态性比率为97.86%;每条引物扩增的条带数为26~36条,平均为32条,多态性条带数为26~36条,平均每条引物可扩增出31.33条多态性条带,多态性比率为90.00%~100.00%;多态性信息含量值(PIC)为0.9052~0.9527,平均0.9319,Shannon's信息指数(I)在0.2459~0.3878,Nei's基因多样性(H')为0.1476~0.2412,等位基因数(Na)为1.9000~2.0000,有效等位基因数(Ne)为1.2324~1.3700.6条SCoT引物扩增出的多态性条带存在明显差异,单条引物可区分的种质份数为49~63份,平均为58份.供试材料间的遗传相似系数(GS)为0.5781~0.9115,平均为0.7496,在遗传相似性系数为0.7100处被分为5个组,其中A组为2份广西的种质、B组为1份广西的种质;C组为4份云南的种质;D组为海南和广东的全部种质;E组为剩余的50份种质.将进一步筛选出的5条SCoT引物(SCoT32、SCoT66、SCoT68、SCoT73和SCoT74)用于初步构建63份木奶果种质资源的DNA指纹图谱,每份种质均有唯一对应的图谱.[结论]供试的63份木奶果种质资源具有丰富的遗传多样性,种质间的亲缘关系与地域有一定的相关性.所筛选的6条SCoT引物具有较强的多态性,适用于木奶果种质资源的评价鉴定、遗传多样性分析及指纹图谱构建等研究.
关键词： 木奶果 种质资源 SCoT分子标记 遗传多样性 DNA指纹图谱
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基于iPBS标记的石斛兰种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
《热带作物学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：以48份石斛兰种质资源为对象,采用iPBS分子标记技术对其遗传多样性进行分析并构建DNA指纹图谱。结果表明:从83条iPBS引物中筛选出7条扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物;利用筛选出的引物对48份石斛兰基因组DNA进行PCR扩增,共获得279条谱带,其中多态性条带279条,多态性比例为100%;采用GenAlEx6.5软件计算48份石斛兰的平均观测等位基因数（Na）为2.000,平均有效等位基因数（Ne）为1.202,平均Nei’s遗传多样性指数（He）为0.153,平均Shannon信息多样性指数（I）为0.274,48份石斛兰表现出丰富的遗传多样性;采用NTSYS-pc2.1软件计算得到48份石斛兰间的遗传相似系数为0.6667～0.9211,基于遗传相似系数进行UPGMA聚类,在相似系数0.75处,可将48份石斛兰划分为7个类群。利用2对引物构建的DNA指纹图谱可单独鉴别出48份石斛兰种质资源,该图谱可为石斛兰分类与鉴定提供科学依据。
关键词： 石斛兰 iPBS分子标记 遗传多样性 DNA指纹图谱
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睡莲种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
《热带作物学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：利用ISSR分子标记技术对从国内外引种的46份睡莲种质资源进行遗传多样性分析,并对其中的原生种及原生变种构建DNA指纹图谱,旨在阐明其亲缘关系基础上,为睡莲分类鉴定、杂交育种、功能基因的挖掘和利用及图位克隆等提供理论依据。结果表明:从100条ISSR引物中筛选出10条多态性高、重复性好的引物,在46份睡莲种质资源中共扩增出281条带,平均每条引物扩增条带数为28.1条,多态性条带281条,多态性比例为100%;平均Shannon信息指数(Ⅰ)为0.4197,平均Nei’s基因多样性指数(H)为0.2657,平均有效等位基因数(N)1.4139,表现出丰富的遗传多样性;遗传相似系数值在0.51～0.98之间,基于遗传相似系数建立了聚类树状图,揭示了46份睡莲种质资源的亲缘关系,并在相似系数水平为0.68时,可将所有供试材料聚为6类。对总计24个睡莲原生种及原生变种构建了DNA指纹图谱,依据图谱差异可鉴定不同的睡莲种质。
关键词： 睡莲种质资源 ISSR分子标记 遗传多样性 DNA指纹图谱
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35份甘蔗种质的遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
《南方农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：【目的】利用SRAP分子标记分析35份甘蔗种质的遗传多样性,并构建其DNA指纹图谱,为甘蔗种质资源的分子鉴定提供技术支持。【方法】以凉蔗系列(26份)为主的35个甘蔗品种(系)为供试材料,利用SRAP分子标记的8条正向引物和14条反向引物随机组成112对引物组合,从中筛选出核心引物对35份甘蔗材料进行遗传多样性分析,并利用POPGENE 1.32计算各材料间的Nei’s遗传相似系数,使用Ntsyspc 2.1 UPGMA方法进行聚类分析,并构建DNA指纹图谱。【结果】从112对引物组合中筛选出4对核心引物组合(Me3/Em8、Me4/Em8、Me5/Em8和Me6/Em2),利用其从35份甘蔗材料中共扩增出102条条带,平均每对引物的扩增条带数、多态性条带数和多态性比率分别为25.5条、21条和81.20%,各引物组合扩增的条带数为21～30条,多态性比率为61.90%～96.55%。根据Nei’s遗传相似系数,在遗传相似系数为0.751时,可将35份甘蔗材料分为五大类,26个凉蔗系列品种(系)(除凉蔗07-54外)均归在I类和II类,说明凉蔗系列的亲缘关系较近;桂糖73-167和农垦2号分别被单独归为一类,说明这两个品种(系)间及与其他品种(系)间的亲缘关系较远;I类中除凉蔗系列之外,还包括粤糖91-976和ROC16,说明这两个品种(系)有可能是I类中凉蔗系列的杂交亲本或存在血缘关系;II类中除凉蔗系列外,还包括B8、ROC22、ROC24和ROC10,说明这4个品种(系)的亲缘关系较近,ROC系列可能存在II类中凉蔗系列的亲本。利用这4对核心引物组合构建的DNA指纹图谱均可将35份甘蔗材料鉴别开。【结论】35份甘蔗材料的遗传多样性丰富,构建的DNA指纹图谱可用于甘蔗品种(系)鉴定。
关键词： 甘蔗 SRAP分子标记 遗传多样性 DNA指纹图谱
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利用SRAP、ISSR、SSR标记绘制黄麻基因源分子指纹图谱
《作物学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：以国内外引进保存的231份黄麻种质资源为材料,分别采用SRAP、ISSR、SSR分子标记和编程DNA指纹图谱分析软件,绘制黄麻遗传资源基因组DNA指纹图谱。结果表明,通过筛选出的35对SRAP引物对231份黄麻品种进行标记分析,获得96份黄麻品种DNA指纹图谱;11个ISSR多态性引物对96份材料进行DNA标记分析,获得45份黄麻品种DNA指纹图谱;49对SSR多态性引物对48份黄麻品种进行DNA标记分析,获得13份黄麻品种DNA指纹图谱,累计完成了154份黄麻品种基因组DNA分子指纹图谱绘制。每一个被识别的品种都具有其独特的分子"身份证"。其他77份地方品种因与部分品种遗传相似性过高,未能被识别,表明黄麻地方品种存在较为严重的同种异名现象。
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