科研产出
广西西番莲产区东亚西番莲病毒的发生情况及其遗传多样性分析
《西南农业学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：[目的]调查广西西番莲产区东亚西番莲病毒(East Asian passiflora virus,EAPV)发生情况,分析病毒种群遗传结构特征,为明确该病毒在田间的流行规律及制定防控策略提供参考依据.[方法]从广西13个市的西番莲主产区采集187份疑似被EAPV感染的西番莲样品,利用RT-PCR和核苷酸序列比对分析对样品进行鉴定.选取具有地域代表性的EAPV阳性样本,基于完整的外壳蛋白(Coat protein,CP)基因序列,分析其序列相似性、遗传多样性、遗传变异、种群结构等特征.[结果]经RT-PCR验证,共有132份西番莲样品为EAPV阳性,检出率为70.6%.从EAPV阳性样品中测序获得23株EAPV CP基因序列,上传至GenBank获得登录号.23株EAPV分离株的CP基因核苷酸序列和氨基酸序列相似性分别为80.9%~100.0%和83.4%~100.0%.系统发育进化树分析表明,23株EAPV分离株分别属于AO株系(8个分离株)和IB株系(15个分离株).IB株系CP蛋白编码区第87~95位核苷酸比AO株系多9个核苷酸.遗传差异分析结果显示,EAPV两个株系间遗传分化显著.基因交流结果显示,2个株系间基因交流频率低,株系间易发生遗传漂变.遗传多样性分析结果表明,AO株系和IB株系的基因进化主要受负选择压力,2个株系处于扩张趋势.[结论]EAPV在广西西番莲主产区发生普遍.本研究获得的23个EAPV分离株包含AO株系和IB株系.遗传漂变和负选择压力是影响EAPV遗传变异的重要机制.
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西番莲3种病毒多重RT-PCR检测方法的建立与应用
《农业研究与应用 》 2024
摘要：【目的】西番莲是一种具有很高经济价值的热带和亚热带水果，但无性繁殖方式导致病毒病成为西番莲产业发展的严重威胁。为了更好地监控田间西番莲病毒病的发生，特开展本研究，以期建立针对西番莲夜来香花叶病毒（telosma mosaic virus,TeMV）、东亚西番莲病毒（East Asian passiflora virus,EAPV）和黄瓜花叶病毒（cucumber mosaic virus,CMV）的多重RT-PCR检测方法。【方法】根据已在GenBank上登记的3种病毒CP基因的保守序列，分别设计了针对TeMV、EAPV和CMV的3对特异性检测引物，通过试验确定了引物浓度、循环数、退火温度等条件，从而获得优化的多重RT-PCR反应体系，并验证了多重RTPCR的检测灵敏度，然后应用优化体系对广西田间采集的40个西番莲叶片样品进行3种病毒的检测。【结果】通过优化筛选，在20μL的PCR反应体系中实现了西番莲TeMV、EAPV、CMV 3种病毒的多重检测，最优反应条件是引物体积TeMV和EAPV各2μL、CMV3μL，循环数35次，退火温度54.9℃；验证结果表明，检测灵敏度最高可达104拷贝/μL。检测结果表明，3对特异性检测引物的扩增产物大小分别为496 bp、279 bp、157 bp。对西番莲叶片样品病毒进行检测的结果表明，TeMV、EAPV和CMV的检测结果分别是97.5%(39/40),95%(38/40)和2.5%(1/40)，而用单一RT-PCR的检测结果分别是100%(40/40), 95%(38/40)和2.5%(1/40)，多重RT-PCR检测结果和单一RT-PCR检测结果的符合度为99.16%(119/120)。同时，TeMV和EAPV倾向于复合侵染，其复合侵染率高达95%(38/40)。【结论】本研究建立了西番莲病毒多重RT-PCR检测的优化体系，能够同时快速、灵敏和可靠地检测TeMV、EAPV和CMV，为这3种西番莲病毒田间控制、检疫规划和诊断提供了基础。
关键词： 西番莲 TeMV EAPV CMV 多重RT-PCR
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