科研产出
利用SNP标记对60份糯玉米自交系的遗传多样性和杂种优势群研究
《玉米科学 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：针对鲜食玉米种质资源间亲缘关系和杂种优势群不清晰问题,利用SNP标记技术对优良糯玉米种质进行遗传多样性研究和杂种优势群划分.结果表明,60份糯玉米自交系的多态性信息含量(polymorphism informa-tion content,PIC)平均值为0.256,属于中度多态,其遗传多样性好.通过聚类分析将60份自交系划分为4个杂种优势类群,更加清晰掌握群体结构和亲缘关系,为糯玉米种质资源的改良、创新与利用及品种选育提供理论参考.
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基于SLAF-seq技术的石斛兰SNP标记开发及亲缘关系分析
《生物技术通报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：利用SNP标记技术对收集的石斛兰种质资源进行亲缘关系分析,为新品种选育亲本选择提供理论依据.以 60 份石斛兰种质资源为对象,用特异性位点扩增片段测序技术(SLAF-seq)对种质进行SNP标记开发及亲缘关系分析.通过对各样品的测序数据进行统计,共获得 157.34 Mb Clean Reads数据,各样本Reads数据在 576 195-5 359 710 之间.样本平均测序质量值Q30为 93.85%,平均GC含量为 40.16%.通过测序数据分析,共获得 1 337 217 个SLAF标签,标签的平均测序深度为 9.63×,其中具多态性的SLAF标签有1 049 638个.共开发得到11 248 186个群体SNP标记,每个样品的SNP 标记数目介于694 015-6 367 379之间,SNP标记完整度为 2.71%-24.89%,杂合率为 1.13%-5.74%.对群体SNP 过滤,共获得 31 499 个高度一致性的有效SNP 标记.利用筛选获得的SNP标记构建系统发育树,60 份石斛兰种质资源被分为 3 个亚群,这 3 个亚群分别包含材料为 Q1:3 份,Q2:21份,Q3:36 份.种质聚类结果与形态学分类结果基本一致.利用SLAF-seq技术能高效、精确地开发出适用于石斛兰种质遗传分析的SNP标记,开发的SNP标记可为石斛兰育种、遗传图谱构建、品种鉴定以及农艺性状的关联分析等研究提供分子基础.
关键词： 石斛兰 SLAF-seq SLAF标签 SNP标记 群体结构 发育树 亲缘关系 遗传分析
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紫花羊耳蒜SNP标记开发及居群遗传多样性分析
《北方园艺 》 2023 北大核心
摘要：以广西乐业县4个紫花羊耳蒜地理居群共44份样本为试材,采用特异性位点扩增片段测序(SLAF-seq)方法开发了紫花羊耳蒜SNP标记,利用开发的标记研究了紫花羊耳蒜不同地理居群间的遗传多样性及亲缘关系,以期为紫花羊耳蒜的开发利用及野生居群保护提供参考依据.结果表明:测试样本共获得152 Mb Clean Reads数据,各样本Reads数据在2098129~5169592.样本平均GC含量为35.67%,平均测序质量值Q30为94.19%.通过测序数据分析,共获得1428438个SLAF标签,标签的平均测序深度为13.12×,其中具多态性的SLAF标签有210148个.共开发得到574866个群体SNP标记,每个样本的SNP标记数目介于232156~420019,SNP标记完整度40.38%~73.06%,杂合率为2.51%~5.47%.对群体SNP过滤,共获得52450个高度一致性的有效SNP标记.使用相关软件计算遗传多样性指数,平均最小等位基因频率(MAF)为0.3146;平均观察杂合度(Ho)为0.1601;平均Nei's基因多样性指数(H)为0.4368;平均多态性信息含量(PIC)为0.3126;平均Shannon多样性信息指数(I)为0.5808,表明紫花羊耳蒜居群间遗传多样性较丰富.利用筛选获得的SNP标记构建系统发育进化树,44份紫花羊耳蒜样本资源被分为4个类群,分析发现居群的遗传多样性及聚类结果与其生长海拔高度有一定相关性.
关键词： 紫花羊耳蒜 SLAF-seq SNP标记 居群 遗传多样性
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基于SNP标记揭示广西糯玉米地方品种的遗传多样性与群体遗传结构
《植物遗传资源学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为了挖掘优异糯玉米种质资源，提高糯玉米育种效率，本研究利用10K玉米基因芯片对207个广西糯玉米地方品种和6份参考自交系进行全基因组扫描，解析广西糯玉米地方品种之间的遗传多样性与群体遗传结构。结果表明，广西糯玉米种群总体的遗传多样性较高，平均期望杂合度（He）为0.31，平均观察杂合度（Ho）为0.23，多态信息含量（PIC）平均值为0.25，最小等位基因频率（MAF）平均值为0.23。种群水平上，桂中区域的遗传多样性水平最高（He=0.32,Ho=0.24,MAF=0.24,PIC=0.26）。群体遗传结构分析将地方品种划分为4大类群，种群间遗传关系和类群归属与地理位置不完全相关，品种间总体遗传相似系数偏低，遗传多样性丰富。分子变异方差分析结果显示99%的遗传变异来自种群内。群体间遗传分化系数（FST）为0.008，群体间分化程度较低。研究结果确定了广西不同区域糯玉米地方品种多态性及亲缘关系，为广西糯玉米种质改良和指导新品种培育提供理论依据。
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基于SNP标记分析广西玉米地方品种遗传多样性
《植物遗传资源学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为了挖掘优异地方种质资源，提高广西玉米育种效率，本研究利用10K SNP芯片对169份广西玉米地方品种进行全基因组扫描，研究广西玉米地方品种的遗传多样性与群体遗传结构。结果表明，广西玉米地方品种总体的遗传多样性较高，5877个SNPs标记在169份地方品种中基因多样性平均值为0.37，多态信息含量（PIC）平均值为0.30。种群水平上，桂东北区域地方品种的遗传多样性最高（基因多样性=0.39，观察杂合度=0.27，最小等位基因频率=0.30,PIC=0.31）。群体遗传结构分析、主成分分析和进化树分析将地方品种划分为两大类群，种群间遗传关系和类群归属与地理位置不完全相关，品种杂合率差异较大且总体遗传相似系数较低。分子变异方差分析结果显示2%的遗传变异来自种群间，98%的遗传变异来自种群内。群体间遗传分化系数（FST）平均为0.049，群体间遗传分化较小。研究结果确定了广西不同地理来源的玉米地方品种多态性及亲缘关系，为广西玉米种质改良和指导新品种培育提供理论依据。
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