科研产出
甘蔗Cu/Zn-SOD的克隆和表达分析
《中国农业科学 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：【目的】克隆甘蔗铜/锌超氧化物歧化酶(Cu/Zn-SOD)基因,并分析其序列特征、组织特异性表达及在不同逆境胁迫下的表达模式。【方法】以甘蔗桂糖28号为材料,利用RT-PCR技术克隆获得Cu/Zn-SOD,采用生物信息学方法分析所推测的氨基酸序列,通过实时荧光定量PCR研究Cu/Zn-SOD在不同组织及逆境条件下的表达情况。【结果】克隆获得甘蔗Cu/Zn-SOD,NCBI登录号为JQ958328,其开放阅读框为456 bp,编码151个氨基酸,与禾本科植物聚于同一进化分支。实时荧光定量PCR分析表明Cu/Zn-SOD在根、茎、叶中均有表达,为组成型表达,在叶中表达量最高;Cu/Zn-SOD在聚乙二醇(PEG)、NaCl、低温(4℃)和H2O2四种非生物胁迫下均诱导表达,表达模式因调控机制的不同而异。【结论】克隆获得Cu/Zn-SOD,其主要在甘蔗绿色组织中表达,其在铜/锌SOD超氧化物歧化酶的功能区域保守型很高,可能与甘蔗抵御渗透胁迫相关。
关键词： 甘蔗 铜/锌超氧化物歧化酶 逆境 表达分析 实时荧光定量PCR
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复合侵染甘蔗的病原病毒RT-PCR检测
《中国农学通报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：根据甘蔗花叶病毒(sugarcane mosaic virus,SCMV)、高粱花叶病毒(sorghum mosaic virus,SrMV)和甘蔗黄叶病毒(sugarcane yellow leaf virus,SCYLV)外壳蛋白(CP)基因序列分别设计合成3对特异引物SCMV-F/R、SrMV-F/R和SCYLV-F/R,以表现花叶和黄叶复合症状的甘蔗叶片总RNA为模板,分别进行3种病毒单一RT-PCR检测,在SrMV和SCYLV特异引物RT-PCR反应体系中分别扩增到约850bp和630bp特异性片段。序列测定及同源性比对结果显示,850bp片段测序所得序列与浙江象山、临平和余杭SrMV分离物(GenBank登录号分别为AJ310194、AJ310195和AJ310198)对应序列同源性95%,630bp片段测序所得序列与广东、广西、福建SCYLV分离物(GenBank登录号分别为GU190165、GU190162、GU190159)对应序列同源性99%,表明该样品同时感染SrMV和SCYLV。在此基础上建立同时检测SrMV和SCYLV的一步双重RT-PCR体系,可检测1×10-6g病叶组织中的病毒,田间样品检测效果良好。
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广西黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)黄瓜分离物的RT-PCR检测及CP基因序列分析
《激光生物学报 》 2010 CSCD
摘要：利用黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber Green Mottle Mosaic Virus,CGMMV)的特异性引物对来自广西一温室栽培的黄瓜病样进行RT-PCR检测,结果扩增得到了与预期大小相符的目的片段(650 bp)。序列分析表明,该目的片段包含有CGMMV完整的CP基因序列、部分运动蛋白基因(MP)及3'端非编码区(3'-UTR)序列,其中CP基因全长486 bp,与已报道的CP基因序列同源性为91.2%～99.4%。经系统发育分折,明确该GX-CS分离物与日本、法国、印度等分离物属于CGMMV同一类群,并推测该分离物与广西的葫芦(GX-BG)分离物具有相同的起源关系。
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