科研产出
广西黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)黄瓜分离物的RT-PCR检测及CP基因序列分析
《激光生物学报 》 2010 CSCD
摘要：利用黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber Green Mottle Mosaic Virus,CGMMV)的特异性引物对来自广西一温室栽培的黄瓜病样进行RT-PCR检测,结果扩增得到了与预期大小相符的目的片段(650 bp)。序列分析表明,该目的片段包含有CGMMV完整的CP基因序列、部分运动蛋白基因(MP)及3'端非编码区(3'-UTR)序列,其中CP基因全长486 bp,与已报道的CP基因序列同源性为91.2%～99.4%。经系统发育分折,明确该GX-CS分离物与日本、法国、印度等分离物属于CGMMV同一类群,并推测该分离物与广西的葫芦(GX-BG)分离物具有相同的起源关系。
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甘蔗GA20氧化酶基因片段克隆及序列分析
《热带作物学报 》 2009 CSCD
摘要：以甘蔗茎尖为材料,根据其它植物的GA20氧化酶基因(GA20-oxidase)氨基酸保守区,设计一对简并引物。通过RT-PCR扩增得出1条约740bp大小的DNA片段,将其克隆至pMD18-T载体上,而后对重组克隆进行测序,结果表明所获得的甘蔗GA20氧化酶基因片段由740碱基组成,编码246个氨基酸。该基因片段具有其它植物GA20氧化酶基因中存在的保守区;同时,与多种单子叶植物的GA20氧化酶基因的核苷酸和氨基酸序列的同源性在80%和75%以上。聚类分析显示,甘蔗和玉米最先聚类,推测在进化上具有较近的亲缘关系,其次与高粱、结缕草聚类,然后再与水稻聚类,其中进化关系最远的是簇毛麦和小麦。
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利用基因组步行方法克隆柑橘黄龙病病原菌亚洲种序列
《园艺学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：对NCBI基因库黄龙病亚洲种病原菌序列进行拼接,并根据拼接结果在rplKAJL-rpoBC,16S/23S rRNA和omp3个位点上设计引物,采用基因组步行方法,在其亚洲种3个位点上共获得了15168bp非冗余新序列,其中,在rplKAJL-rpoBC位点上5′端上游区和3′端下游区分别获得了3218和2653bp的非冗余新序列;在16S/23S rRNA位点上5′端上游区和3′端下游区分别延伸了1853和2459bp的新序列;在omp基因位点上分别获得了4014和971bp的新序列。序列分析表明在rplKAJL-rpoBC位点上的新序列包含2个新基因(suhB和serA);16S/23S rRNA位点新序列包含4个新基因(膜转运蛋白基因、细胞壁脱氢酶假基因、5S rRNA、tRNAMet),omp位点新序列包含6个新基因(rpsB、tsf、pyrH、frr、cdsA2、cds2)。这些新序列的获得为以PCR为基础的黄龙病相关研究提供了有用的参考依据。
关键词： 柑橘 黄龙病 Candidatus Liberibactor 序列
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花生FAD2-RNAi载体基因AFLP标记的克隆及序列分析
《花生学报 》 2008
摘要：以花生高油酸品种Sunolic95R和低油酸品种汕油162杂交组合的F1为试验材料,采用AFLP分子标记,用100对AFLP引物筛选出20个与△12-脂肪酸脱氢酶-RNAi载体基因遗传连锁距离为3.87~8.91cm的差异片段,并回收纯化、克隆测序及NCBI上进行序列比对,最终获得了5个FAD2-RNAi载体基因的全序列(长度为589~763bp),通过分析得出:所获得的5个FAD2-RNAi载体基因的遗传连锁距离为3.87~6.59cm,序列间同源性达到88%~97%,与GenBank中已知的FAD2-RNAi载体基因序列相似性均达到85%以上,分别包含一个起始密码子与一个终止密码子,结果表明本试验采用AFLP技术获得的5个序列均为△12-脂肪酸脱氢酶-RNAi载体基因。
关键词： 花生 油酸 FAD2-RNAi载体 序列分析
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龙眼胚胎F3H基因的cDNA克隆及序列分析
《园艺学报 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：采用IEF/SDS-PAGE双向电泳技术,对'立冬本'龙眼合子胚发育不同时期的蛋白质进行分离,通过MALDI-TOF/TOF鉴定到其中一个上调差异表达的蛋白为黄烷酮-3-羟化酶(flavanone 3-hydroxy-lase,F3H)。以'立冬本'龙眼胚胎cDNA为模板,采用RT-PCR和RACE技术,获得F3H基因cDNA1404bp全长序列。序列分析表明,F3H基因共编码365个氨基酸,其cDNA序列与柑橘、苹果、棉花等F3H基因的同源性均高达80%以上,该基因在GenBank中登录号为EF468104。
关键词： 龙眼 胚胎 黄烷酮-3-羟化酶 基因克隆 序列分析
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侵染葫芦的黄瓜绿斑驳花叶病毒广西分离物分子鉴定
《植物保护 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：从广西南宁市郊温室大棚中的葫芦[Lagenaria siceraria(Molina)Stand.]上采集到一个表现脉绿、花叶症状的病毒样品,ELISA检测表明,该样品与黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)有密切的血清学关系,利用RT-PCR方法从样品中扩增获得约500bp的DNA片段,序列分析表明,该片段是CGMMV的外壳蛋白基因,暂将该病毒分离物定名为GX-BG。外壳蛋白基因核苷酸序列系统进化树分析表明,已报道的CGMMV主要分为3大群体,GX-BG与中国辽宁分离物(CGMMV-LN)分别属于不同的群体。
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山药PAL基因全长cDNA序列的克隆、表达与分析
《核农学报 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：为了阐明苯丙氨酸解氨酶(PAL,EC4.3.1.5)基因在山药地下块茎酚类物质积累过程中的分子机理,本研究运用普通PCR、RACE和TAIL-PCR技术从大薯(Dioscorea alataL.)’Zixiao’地下块茎中克隆到同一个PAL基因的3个片段,即长度分别为1 145bp、1 151bp和424bp的中间片段、3’端和5’端的cDNA序列;将3段cDNA序列拼接后获得大小为2 376bp的PAL基因全长cDNA序列,该序列含有一个1986bp的最大开放阅读框(ORF),一个28bp的5’端非翻译区,一个362bp含25 nt的Poly(A+)尾的3’端非翻译区,最大ORF可推测编码一个包括PAL酶活性中心的特征序列(GTITASGDLVPLSYIA)在内的661个氨基酸的多肽,分子量为71.974kDa,等电点6.310;大薯地下块茎的PAL基因分别在核苷酸与氨基酸水平上和GenBank中所选已知其他物种的同源性为73%~77%和76%~82%,说明PAL基因在系统进化上相对保守;RT-PCR分析表明该基因仅在地下块茎中表达,而且表达丰度在收获前逐渐降低。
关键词： 大薯 苯丙氨酸解氨酶 全长cDNA 基因克隆 序列分析 时空表达
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