科研产出
瓜实蝇热激蛋白基因hsp70的克隆及序列分析
《南方农业学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：【目的】克隆分析瓜实蝇热激蛋白hsp70基因序列特征,为进一步研究瓜实蝇的热适应性机制及制定综合防治策略奠定基础。【方法】根据NCBI数据库中已报道的昆虫hsp70基因保守序列,设计合成扩增瓜实蝇hsp70基因部分片段的简并引物,并利用RACE-PCR扩增其全长序列。【结果】克隆获得瓜实蝇hsp70基因c DNA全长序列(获取号:KM112021)2271 bp,含1911 bp的开放阅读框,编码636个氨基酸,具有真核生物hsp70基因家族的3个明显基序标签,同时在C-末端具有EEVD基序,推测其属于胞质型热激蛋白。BLAST分析结果表明该序列与双翅目实蝇科昆虫hsp70基因高度相似,最高相似度达91%。氨基酸序列系统发育分析结果显示,瓜实蝇与双翅目实蝇科昆虫聚类为一个分支,证实hsp70基因的高度保守。【结论】瓜实蝇hsp70基因具有真核生物hsp70基因家族的特征,序列表现为高度的保守性,可作为今后研究瓜实蝇抗逆性机制的一个参数指标。
关键词： 瓜实蝇 热激蛋白70基因 RACE-PCR 序列分析
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木薯淀粉合成关键酶AGPase小亚基基因全长克隆
《南方农业学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：【目的】克隆木薯腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase)小亚基基因cDNA全长序列,为木薯高淀粉品种的分子育种提供依据。【方法】根据木薯AGPase小亚基基因已知片段设计特异性引物,以木薯根、茎、叶为材料,利用PCR及RACE克隆木薯AGPase小亚基基因cDNA全长序列。运用生物信息学方法对其核苷酸序列和推导氨基酸的理化性质、蛋白质三级结构进行系统分析。【结果】克隆获得木薯淀粉合成关键酶AGPase小亚基cDNA全长1566bp,其中包括1566bp的完整ORF,编码一个含521个氨基酸的多肽。其理论蛋白质分子量57.01kDa,等电点6.1,呈酸性。多重序列比较分析结果显示,木薯淀粉合成关键酶AGPase小亚基核苷酸序列与蓖麻、麻风树和杨树相应序列的相似性分别为87%、87%和86%。结合系统进化树分析结果推测,木薯淀粉合成关键酶AGPase小亚基在不同物种及进化过程中具有高度的保守性。蛋白三级结构分析结果表明,木薯AGPase小亚基蛋白具有15个α-螺旋、24个β-折叠和多个转角。【结论】木薯AGPase小亚基基因cDNA全长序列与蓖麻、麻风树和杨树等具有较高的同源性。
关键词： 木薯 腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase) 基因克隆 序列分析 基因全长
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陆地棉MS5同源基因的电子克隆及序列分析
《江苏农业学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：高等植物MS5基因的异常表达可导致雄性不育的发生。本研究利用EST数据库,在陆地棉隐性雄性不育系洞A中通过电子克隆获得1个棉花MS5同源基因,命名为GhMS5。采用RT-PCR方法验证GhMS5基因的cDNA序列,并利用在线分析平台和生物软件对该基因进行生物信息学分析。结果显示,RT-PCR验证编码区序列与电子克隆序列一致;获得的GhMS5基因cDNA长1 631 bp,包含一个长1 437 bp的完整开放阅读框,编码478个氨基酸;其分子量为53 240,等电点为9.25;GhMS5蛋白质具有典型的TPR保守结构域;此蛋白质不存在信号肽及跨膜结构,可能定位于叶绿体,二级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主。表明电子克隆能用于棉花基因的分离。
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全雌系苦瓜ACC氧化酶基因cDNA克隆及序列分析
《生物技术通报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：为研究1-氨基环丙烷-1-羧酸氧化酶(ACC氧化酶,ACO)基因在苦瓜性别分化中的作用,以全雌系苦瓜‘X-Hei-d-d’花蕾为试材,采用RT-PCR和RACE技术获得了ACC氧化酶基因(Mc-ACO1)的全长cDNA序列。该序列为1 137 bp(GenBank登录号:FJ459813),其完整开放阅读框长1 005 bp,编码334个氨基酸,预测分子量为37.30 kD,肽链N端缺失ACOs家族典型的1个保守区和2个保守二价铁离子/抗坏血酸依赖型双加氧酶氨基酸残基。序列分析表明,植物ACO基因的演化与其来源植物亲缘关系的一致性较高;与其他物种相比,苦瓜Mc-ACO1不同的氨基酸序列主要表现在肽链N端;苦瓜Mc-ACO1应属于黄瓜Cs-ACO2类成员,功能可能与性别分化相关。
关键词： 全雌系苦瓜 性别分化 ACC氧化酶 基因克隆 序列分析
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全雌系苦瓜ACC合成酶基因cDNA克隆及序列分析
《生物技术通报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：以全雌系苦瓜‘X-Hei-d-d’花蕾为材料,根据已报道ACC合成酶(1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid synthase,ACS)保守氨基酸序列设计简并引物,采用RT-PCR技术及序列拼接,获得了全雌系苦瓜ACS基因cDNA序列,命名为Mc-ACS4(GenBank登录号:FJ459814)。该序列包含一个1 455 bp的完整开放阅读框,编码484个氨基酸,具有7个保守区;系统进化上与普通苦瓜ACS基因首先聚类,同源性达99%,二者仅有2个氨基酸差异,推测可能与全雌系苦瓜性别分化有关。
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荔枝FLOWERING LOCUST(FT)同源基因cDNA全长克隆及其表达
《果树学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：应用RT-PCR方法在首次克隆获得荔枝AP1同源基因cDNA全长基础上,又得到2个荔枝FT同源基因cDNA全长,分别命名为LcFT1和LcFT2(基因登录号分别为:JN214350、JN214351)。LcFT1基因开放阅读框522 bp,编码174个氨基酸,推测蛋白质分子质量为19.65 ku,等电点为8.68。LcFT2基因开放阅读框522 bp,编码174个氨基酸,推测蛋白质分子质量为19.56 ku,等电点为7.34。蛋白质二级结构预测表明,LcFT1和LcFT2蛋白都具有4个α螺旋,10个β折叠区。同源分析表明,LcFT1和LcFT2基因在不同植物中的一致性为72%～82%。半定量RT-PCR分析表明,三月红荔枝花芽分化期LcFT1和LcFT2基因只在叶中表达,并且在成熟叶中表达量最多。研究将有助于进一步了解荔枝开花的分子机理及其成花的生物学发育过程。
关键词： 荔枝 FLOWERING LOCUST(FT)基因 序列分析 表达模式
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干旱胁迫下甘蔗苗期根系全长cDNA文库构建及EST序列分析
《南方农业学报 》 2012 CSCD
摘要：【目的】构建甘蔗根系全长cDNA文库,并进行测序,为分离克隆甘蔗抗旱候选基因奠定基础。【方法】在干旱胁迫条件下,以新台糖22号甘蔗根系为材料,采用SMART技术构建cDNA文库,并进行EST序列分析。【结果】文库构建质量鉴定结果显示,文库库容量为1.0×106PFU/mL,重组率约95%,文库插入片段长度在500～2000bp,平均长度约1102.1bp。挑选526个阳性克隆进行单向测序后,共获得523个ESTs序列,去除载体、接头序列以及长度低于100bp的序列后,进行聚类分析并组装,共得到468个Uni-ESTs,其中congtig29个,singlets439个,分别占总数的6.5%和93.5%。通过与NCBI非冗余蛋白库进行BLASTX比对,发现444个Uni-ESTs在GenBank有同源序列,占94.87%;获得24个未知蛋白功能基因,占5.13%。【结论】构建了干旱胁迫下甘蔗苗期根系全长cDNA文库,获得523个ESTs序列和468个Uni-ESTs,并获得一批新的未知蛋白功能基因。
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木薯Actin基因片段的克隆及序列分析
《生物技术通报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：克隆木薯Actin基因片段,为研究其他基因在木薯中的表达和调控提供内参基因。通过比较拟南芥、蓖麻和麻风树Actin基因cDNA同源区域,根据基因的保守序列设计一对简并性引物,采用RT-PCR的方法扩增Actin基因片段,使用分子生物学软件进行分析。结果显示,获得一段大小为698 bp的基因片段,编码233个氨基酸;该基因序列与其他Actin基因核苷酸序列的同源性均在85%以上,氨基酸序列的同源性达94%以上;系统进化分析表明,木薯Actin基因与大戟科植物橡胶、麻风树及蓖麻的亲缘关系最近,与毛果杨、陆地棉及木瓜等植物Actin基因具有较高的保守性。克隆的基因片段为木薯Actin基因片段,并命名为msACT。
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香蕉突脐蠕孢叶斑病菌Brn1基因的PCR扩增与序列分析(英文)
《南方农业学报 》 2011 CSCD
摘要：【目的】为从分子水平进一步鉴定引起香蕉叶斑病的突脐蠕孢霉,对突脐蠕孢的Brn1基因序列进行了分析。【方法】用引物Brn101(5'-GCCAACATCGCAAACATGG-3')andBrn102(5'-GCAAGCAGCACCGTCAATACCAAT-3')对3个分生孢子形态差异较大的香蕉突脐蠕孢叶斑病菌(CLER09、D087和JL05)的Brn1基因进行PCR扩增和系统发育分析。【结果】不同菌株间存在简单的碱基缺失和替换,供试菌株与Exserohilum rostratum在系统发育树上聚类在同一个分支,与Exserohilum属其他种明显分开,形成一个独立的演化群。遗传距离分析表明,供试菌株与E.rostratum亲缘关系相近,菌株间的遗传距离为0.000～0.018,而Exserohilum属种间的遗传距离为0.020～0.093。【结论】E.rostratum菌株间的遗传变异较大,但仍属种内变异;Brn1基因可作为支持具有明显形态变异菌株为E.rostratum成员的分子依据。
关键词： 嘴突脐蠕孢 系统发育 Brn1降解酶基因 序列分析
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甘蔗乙烯受体基因Sc-ERS的克隆与序列分析
《广西农业科学 》 2010
摘要：根据已知乙烯受体基因的序列信息,设计1对简并引物和1对特异引物,对甘蔗叶片基因组DNA进行PCR扩增,获得1个甘蔗乙烯受体基因(Sc-ERS)的片段,其大小为4310 bp,包含1个由5个外显子和4个内含子组成的4219 bp大小的完整编码区。Sc-ERS编码区与玉米乙烯受体ERS1基因(AY359578)、水稻乙烯受体ERS1基因(AY043031)编码区的同源性分别为91.4%、61.6%;推导Sc-ERS编码的蛋白包含636个氨基酸残基,与玉米、水稻乙烯受体基因所编码蛋白的氨基酸同源性分别为94.1%、89.4%。其推导蛋白结构分析结果显示,Sc-ERS编码的蛋白和玉米、水稻ERS1所编码的蛋白相同,在N段保守区含有3个跨膜结构,并由3个跨膜结构、GAF结构、HisKA和HATPase_c组成功能域。核苷酸序列分析和蛋白质结构分析结果表明,Sc-ERS基因属于ERS1基因。
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