科研产出
广西壮瑶药瘤果紫玉盘SCoT-PCR反应体系建立及引物筛选
《南方农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】建立瘤果紫玉盘SCoT-PCR最佳反应体系，并筛选出适宜的SCoT引物，为瘤果紫玉盘种质鉴定分类、亲缘关系分析和遗传多样性分析提供理论参考。【方法】以广西河池、百色、柳州、南宁4份瘤果紫玉盘野生种质为试材，通过单因素试验和正交试验对瘤果紫玉盘SCoT-PCR反应体系的DNA模板用量、引物用量和Mix预混液用量3个因素进行优化，并使用优化后最佳反应体系进行SCoT引物筛选。最后将SCoT-PCR最佳反应体系和筛选出的引物用于瘤果紫玉盘种质的遗传多样性分析。【结果】单因素试验结果显示，DNA模板用量为40～70 ng，引物（10μmoL/L）用量为1.0～1.4μL,Mix预混液用量为9.0～12.0μL范围内扩增效果较好，通过L16（4~3）正交试验确定瘤果紫玉盘的SCoT-PCR最佳反应体系20.0μL:DNA模板（40 ng/μL）1.0μL，引物（10μmoL/L）1.2μL,Mix预混液10.0μL,7.8μL ddH2O。利用最佳反应体系筛选出26条适用于瘤果紫玉盘的SCoT引物，并确定了各引物最适的退火温度。26条SCoT引物在4份瘤果紫玉盘材料中共扩增出305个基因位点，其中多态性位点204个，多态性比率为66.89%，平均每条引物扩增出11.7个基因位点，有8.7个多态性位点。4份瘤果紫玉盘种质的平均等位基因数（Na）为1.7377，平均有效等位基因数（Ne）为1.5344,Nei’s基因多样性指数（H′）为0.3053,Shannon指数（I）为0.4449。4份瘤果紫玉盘间的遗传相似系数为0.5443～0.6492，遗传距离为0.4320～0.6083，说明4份瘤果紫玉盘种质间存在较大的遗传变异，遗传多样性水平较高。【结论】建立的SCoT-PCR最佳反应体系和筛选出的26条SCoT标记引物扩增效果较好，可用于瘤果紫玉盘种质资源的鉴定分类、亲缘关系分析和遗传多样性分析。
关键词： 瘤果紫玉盘 SCoT-PCR 反应体系优化 引物筛选 遗传多样性
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葛根SCoT-PCR反应体系优化及引物筛选
《南方农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】优化葛根SCoT-PCR反应体系,筛选适用于葛根的SCoT引物,为利用SCoT分子标记进行葛根种质资源鉴定、遗传多样性分析及分子标记辅助育种提供技术支持。【方法】采用正交设计对SCoT-PCR反应体系中的DNA模板量、dNTPs浓度、Mg~(2+)浓度、Taq DNA聚合酶量和引物浓度5个因素进行优化,利用最佳SCoT-PCR反应体系筛选出适用于葛根的SCoT引物,并对该体系进行验证。【结果】最佳葛根SCoT-PCR反应体系20.00μL:DNA模板50.00 ng,dNTPs 0.25 mmol/L,Mg~(2+)1.50 mmol/L,引物0.80μmol/L,Taq DNA聚合酶0.50 U。利用该体系从36条SCoT引物中筛选出35条可从葛根中扩增出清晰条带的引物。使用3条引物对18个葛根材料进行PCR扩增,PCR产物表现出良好的重复性、稳定性和丰富的多态性。【结论】建立的最佳葛根SCoT-PCR反应体系和筛选获得的35条SCoT引物可适用于葛根种质资种鉴定、遗传多样性分析、相关分子标记开发等研究。
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早熟马铃薯ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选
《广东农业科学 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：为得出马铃薯ISSR-PCR最佳的反应体系,采用正交试验设计,对r Taq DNA聚合酶、Mg2+、模板DNA、d NTPs和引物进行5因素4水平筛选。结果表明,马铃薯ISSR-PCR的最佳反应体系为:总体积25μL的反应体系中含有r Taq DNA聚合酶0.5 U、Mg2+浓度为2.5 mmol/L、模板DNA用量为75 ng、d NTPs浓度为200μmol/L、引物浓度为0.8μmol/L。这些因素对PCR反应的影响大小顺序为Mg2+浓度>r Taq DNA聚合酶用量>d NTPs浓度=引物浓度>模板DNA用量。应用该最佳反应体系对39条ISSR引物进行筛选,得出15条条带清晰、条带数多、重复性好的引物。并通过退火温度梯度试验得出筛选引物的最佳退火温度。
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