科研产出
苹果茎沟病毒柑橘碎叶株系的分布与序列分析
《植物保护学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为明确苹果茎沟病毒（apple stem grooving virus,ASGV）柑橘碎叶株系（citrus tatter leaf virus,CTLV）在中国柑橘产区的发生分布及其分子特性，于2017—2021年对我国12个柑橘主产区开展系统调查，并采用多重比对以及系统发育分析法对CTLV的全序列进行分析。结果表明，从12个柑橘主产区采集的2 012份疑似样品中检测出413份感CTLV阳性样品。除陕西省外，其余11个柑橘主产区样品中均检测出CTLV，并且柚类样品中CTLV的检出率最高，达到32.31%。对分离获得的22株CTLV毒株和已知的7株CTLV以及5株ASGV毒株进行全序列分析，发现所有34株毒株的核苷酸序列相似性为78.6%～99.8%，且CTLV序列的保守性较高。此外，与其他4株ASGV毒株相比，本研究中22株CTLV毒株与ASGV-MK毒株（GenBank登录号为MZ127820.1）具有更近的亲缘关系。推测CTLV中国毒株间的亲缘关系可能与其采样地和寄主品种有关。
关键词： 苹果茎沟病毒 柑橘碎叶株系 检测 序列分析 系统进化分析
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侵染广西西番莲的双生病毒基因组克隆与序列分析
《植物病理学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：2018—2020年，从南宁市武鸣区、宾阳县的西番莲果园中采集疑似感染双生病毒的西番莲叶片样品，利用PCR、RCA、基因克隆、序列比对和进化树分析等方法，明确了其感染的病毒及系统进化关系。结果显示：采集的23份西番莲样本中有19份扩增出一条570 bp的目的条带，证实受到双生病毒侵染；从部分阳性样品中共获得11条病毒全长基因组序列，其中10条序列与已报道的广东番木瓜曲叶病毒（papaya leaf curl Guangdong virus, PaLCuGdV）各分离物的核苷酸相似性达92%以上；1条序列与已报道的一品红曲叶病毒（euphorbia leaf curl virus, EuLCV）各分离物的相似性达92%以上；依据双生病毒分类标准，确定侵染广西西番莲的双生病毒为PaLCuGdV和EuLCV的分离物；进化树分析发现，PaLCuGdV广西西番莲分离物与PaLCuGdV韩国各西番莲分离物和中国台湾西番莲分离物处于同一大分支，说明PaLCuGdV广西西番莲各分离物与PaLCuGdV韩国各西番莲分离物和中国台湾西番莲分离物具有较近的亲缘关系；EuLCV广西西番莲分离物与EuLCV韩国分离物、中国山东一品红分离物和福建一品红分离物等处于一个大分支，但广西分离物却又独处一个小的分支，说明广西分离物虽然与上述几个分离物亲缘较近，但可能存在较为独立的进化。这是PaLCuGdV和EuLCV侵染广西西番莲的首次报道。
关键词： 广西 西番莲 广东番木瓜曲叶病毒 一品红曲叶病毒 序列分析
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侵染广西番茄的番茄黄化曲叶病毒的分子鉴定
《植物保护 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：番茄黄化曲叶病毒病是番茄生产上的毁灭性病害,严重影响番茄产量及品质。2019年从广西百色市采集疑似番茄黄化曲叶病叶片样品,采用滚环扩增（RCA）及基因克隆等方法,获得了4个烟粉虱传双生病毒的全基因序列,4个分离物的全长序列分别为2 776、2 781、2 752、2 781 bp,均编码6个开放阅读框;核苷酸相似性比较发现,4个分离物彼此间的相似性均在90%以上,与已报道的番茄黄化曲叶病毒Tomato yellow leaf curl virus（TYLCV）各分离物间的相似性也在91%以上;系统进化分析表明,TYLCV广西分离物BS-2和BS-4与TYLCV-Hunan, BS-1和BS-3与TYLCV-YN6553等分离物处于独立的小分支,说明TYLCV广西分离物与TYLCV-Hunan、TYLCV-YN6553具有较近的亲缘关系。本研究首次报道TYLCV在广西发生。
关键词： 番茄 番茄黄化曲叶病毒（TYLCV） 分子鉴定 序列分析
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葡萄PRC1-like核心组分基因克隆及序列分析
《基因组学与应用生物学 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：克隆葡萄PRC1-like核心组分基因并预测其功能.在NCBI中分别查找与拟南芥PRC1核心组分基因同源性最高的葡萄序列,采用CTAB法提取葡萄品种'赤霞珠'(Cabernet sauvignon)嫩叶中总RNA,运用RT-PCR技术进行克隆,得到葡萄PRC1-like核心组分基因的CDS序列,并通过各种在线软件对葡萄PRC1-like核心组分基因及其编码的蛋白质进行生物信息学分析.获得4个葡萄PRC1-like核心基因,这些基因CDS全长分别为1 614 bp、1 362 bp、1 293 bp和1 275 bp,分别编码568个、453个、430个和424个氨基酸,预测其蛋白质的相对分子量分别为64.17 kD、50.69 kD、47.99 kD和47.71 kD,推测这些蛋白均为亲水性不稳定蛋白,与已知拟南芥PRC1相应的核心蛋白具有高度的同源性,亚细胞定位预测结果表明这些蛋白主要存在于细胞核中.推测葡萄PRC1-like在葡萄发育中起着重要作用,这为进一步阐明葡萄PRC1-like的功能及作用机制提供了理论依据.
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芒果乙烯受体ETR1和ERS1基因的克隆及序列分析
《南方农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】克隆芒果乙烯受体ETR1和ERS1基因(Mi ETR1和Mi ERS1),并进行生物信息学分析,为研究乙烯受体在芒果成熟和衰老过程中的调控机制提供理论参考。【方法】以芒果为材料,应用RACE技术扩增Mi ETR1和Mi ERS1基因的c DNA序列,并应用生物信息学方法对其编码的氨基酸序列进行预测分析。【结果】克隆获得的Mi ETR1基因c DNA序列全长2570 bp,开放阅读框(ORF)2220 bp,编码739个氨基酸;Mi ERS1基因的c DNA序列全长2171 bp,ORF1890 bp,编码629个氨基酸;Gen Bank登录号分别为KY002681和KY002682。Mi ETR1和Mi ERS1蛋白均为含跨膜结构的非分泌型疏水蛋白,属于乙烯受体ETR1家族成员,以Ser为主、Thr为辅的磷酸化修饰调控乙烯信号转导,均含有3个典型的模块,即GAF结构域、His KA结构域和HATPase_c结构域,Mi ERS1蛋白较Mi ETR1缺少REC结构域。不同物种ETR1和ERS1蛋白的氨基酸序列具有高度保守性,Mi ETR1和Mi ERS1均与甜橙(Citrus sinensis)和克莱门柚(Citrus clementina)的ETR1和ERS1蛋白亲缘关系较近,但二者分别聚在两个不同的分支上,表明两个蛋白存在一定的遗传分化。【结论】乙烯受体基因在芒果成熟和衰老过程中发挥调控作用。
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白及GMP基因cDNA全长克隆及生物信息学分析
《西南农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】克隆白及GDP-甘露糖焦磷酸化酶(GDP-mannose pyrophosphorylase)基因(Bs GMP)cDNA全长序列,分析该基因生物学信息,为该基因功能的进一步鉴定提供依据。【方法】基于同源序列克隆GMP基因中间片段,并采用RACE技术扩增GMP基因cDNA全长,用DNAMAN、Tmpred及Softberry等软件进行编码多肽序列、理化性质及亚细胞定位等分析。【结果】从白及叶片中克隆到的GMP基因全长1523 bp,其中包含1086 bp的开放阅读框(ORF),编码361个氨基酸,理论蛋白分子量为39.35 k Da,理论等电点为6.03。进一步分析发现该基因具有跨膜结构,亚细胞定位分析发现该基因主要分布于细胞质和线粒体。蛋白三级结构预测显示,Bs GMP蛋白有11个α螺旋,33个β折叠,46个β转角;该蛋白第1~24个氨基酸含有醛酮还原酶的保守结构域,第256~335个氨基酸含有Lbeta H家族保守区。BLAST多重序列分析表明,Bs GMP氨基酸序列与铁皮石斛、蝴蝶兰的亲缘性最高,分别达到95%和92%。【结论】成功克隆到白及GDP-甘露糖焦磷酸化酶基因(Bs GMP),并进行相关生物信息学分析,为该基因的进一步功能研究奠定了基础。
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甘蔗钙依赖蛋白激酶基因克隆与序列分析
《南方农业学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】克隆甘蔗钙依赖蛋白激酶基因(ScCDPK1),为其功能解析和育种利用打下基础。【方法】根据甘蔗cDNA文库中的CDPK基因序列信息设计引物,利用RT-PCR克隆ScCDPK1基因,并采用在线生物信息学分析软件对其推导蛋白的理化性质、跨膜结构、信号肽及保守结构域等进行预测分析。【结果】克隆获得的ScCDPK1基因完整编码区大小1650 bp,编码549个氨基酸,相对分子量61.971 kD,等电点(pI)6.78,不稳定指数35.63。同源性和遗传进化树分析结果显示,ScCDPK1基因与小麦TaCPK7基因亲缘关系最近,同源性达88%;ScCDPK1蛋白与其他已知CDPK蛋白一致,具有CDPKs家族特有的4个保守区域(可变区、蛋白激酶区、自抑制区和钙离子结合区),其二级结构主要由α螺旋(42.80%)和无规则卷曲(32.97%)构成;蛋白功能分类预测结果显示,ScCDPK1蛋白是一种阳离子通道蛋白,可能参与植物胁迫应答、信号转导和翻译调控等生物反应。【结论】ScCDPK1基因编码的蛋白与其他已知CDPK蛋白一致,具有CDPKs家族特有的4个保守区域,是一种阳离子通道蛋白。
关键词： 甘蔗 钙依赖蛋白激酶基因(CDPK) 克隆 序列分析 生物信息学预测
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山药Actin基因片段的克隆及表达分析
《生物技术通报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：通过山药Actin基因的克隆和表达分析,为研究山药生长发育中肌动蛋白的作用及其他基因的表达和调控奠定基础。根据Gen Bank中已经公布的其他植物肌动蛋白基因(Actin)的保守序列设计一对简并引物,采用RT-PCR技术从山药块茎中分离出1个Actin基因cDNA片段,命名为DoActin。片段长度为1 091 bp,编码357个氨基酸,并提交Gen Bank(登录号:KU669295)。与NCBI核酸和蛋白质数据库序列比对,该序列与其他植物Actin基因核苷酸序列的同源性均在83%以上,氨基酸序列的同源性均在97%以上。进化分析结果显示,DoActin与海枣Actin-2、木本棉Actin-7的亲缘关系最近。实时定量PCR结果显示,DoActin在山药叶片、地上茎和地下块茎以及不同发育期的块茎和叶片中表达量相对稳定,表明其适宜作为山药的内参基因。
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新引进果蔗品种宿根矮化病菌检测
《西南农业学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：采用PCR和巢式PCR技术对6个新引进果蔗品种黔蔗08-1497,黔糖5号,云南红皮,广东黄皮,黔蔗08-688,黔糖3号和广东主栽果蔗品种黑皮果蔗(Badila)进行宿根矮化病菌检测,并对其中广东黄皮、云南红皮、黔糖3号及黑皮果蔗(Badila)的巢式PCR第二轮扩增产物(编号依次为Lxx-Gd-gz1、Lxx-Gd-gz2、Lxx-Gd-gz3及Lxx-Gd-gz4)进行核苷酸序列测定及分析。结果表明,PCR检测,仅黔蔗08-688甘蔗宿根矮化病菌检出率为20%(1/5),其余6个果蔗品种的宿根矮化病菌检出率均为0%;巢式PCR检测,黔蔗08-1497及黔糖5号宿根矮化病菌检出率为0%,广东黄皮检出率为75%;云南红皮、黔蔗08-688、黔糖3号及黑皮果蔗(Badila)检出率均为100%。Lxx-Gd-gz1、Lxx-Gd-gz2、Lxx-Gd-gz3及Lxx-Gd-gz4基因组相应区段核苷酸序列同源率为100%,均与巴西、澳大利亚、美国路易斯安娜州、中国云南、中国福建及广东湛江株系核苷酸序列同源率均为99%。表明该病菌遗传稳定性极高,变异极小。
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瓜实蝇热激蛋白基因hsp70的克隆及序列分析
《南方农业学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：【目的】克隆分析瓜实蝇热激蛋白hsp70基因序列特征,为进一步研究瓜实蝇的热适应性机制及制定综合防治策略奠定基础。【方法】根据NCBI数据库中已报道的昆虫hsp70基因保守序列,设计合成扩增瓜实蝇hsp70基因部分片段的简并引物,并利用RACE-PCR扩增其全长序列。【结果】克隆获得瓜实蝇hsp70基因c DNA全长序列(获取号:KM112021)2271 bp,含1911 bp的开放阅读框,编码636个氨基酸,具有真核生物hsp70基因家族的3个明显基序标签,同时在C-末端具有EEVD基序,推测其属于胞质型热激蛋白。BLAST分析结果表明该序列与双翅目实蝇科昆虫hsp70基因高度相似,最高相似度达91%。氨基酸序列系统发育分析结果显示,瓜实蝇与双翅目实蝇科昆虫聚类为一个分支,证实hsp70基因的高度保守。【结论】瓜实蝇hsp70基因具有真核生物hsp70基因家族的特征,序列表现为高度的保守性,可作为今后研究瓜实蝇抗逆性机制的一个参数指标。
关键词： 瓜实蝇 热激蛋白70基因 RACE-PCR 序列分析
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