科研产出
基于SSR分子标记的睡莲遗传多样性分析
《南京林业大学学报(自然科学版) 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：【目的】睡莲（Nymphaea spp.）是重要的水生花卉。随着睡莲产业的迅速发展，因引种管理不规范，众多新种质引进后未能及时有效辨析其遗传背景，在投入生产使用时常出现种苗命名混乱、亲本来源不清晰等问题，不利于睡莲种质资源的创新与利用。开发睡莲全基因组水平上的SSR分子标记，用于该属植物的亲缘关系鉴定和遗传多样性分析，为睡莲种质资源的保护与育种提供理论依据。【方法】以公布的睡莲全基因组序列为参考，采用微卫星识别工具（MISA）分析睡莲14条染色体基因序列的SSR位点，用Primer 3.0设计150对SSR引物；选取5份原种/品种对150对引物进行PCR扩增；分别采用琼脂糖和变性聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选多态性好的SSR引物；对筛选的SSR引物进行荧光引物（FAM、HEX）合成，然后对147份睡莲样品进行PCR扩增；采用毛细管电泳检测扩增产物，利用GeneMarker进行原始数据读取，并将每个样品在各个等位基因位点的片段大小统计成0/1矩阵，采用Popgenen、NTSYS进行遗传多样性指数计算、聚类分析和主成分分析。【结果】由琼脂糖凝胶和聚丙烯酰胺凝胶电泳结果可知，筛选出11对扩增条带清晰、多态性高的SSR引物；筛选引物被用于147份睡莲种质的遗传多样性分析，扩增产物的毛细管电泳检测结果显示，共检测出307个等位基因位点，经生物信息学软件计算11对引物的等位基因数变幅为4～7,平均值5.36;多态性指数（PIC）变幅为0.46～0.60,平均值0.53;有效等位基因数（Ne）为1.042 8～1.117 5,平均值1.071 8;Nei's基因多样性指数（H）为0.038 0～0.086 2,平均值0.056 2;Shannon多样性信息指数（I）为0.085 6～0.163 8,平均值为0.114 4。聚类分析表明147份睡莲属植物的遗传相似系数为0.781 8～0.993 5,平均值为0.899 2;在遗传相似系数0.879 0时将147份睡莲属植物划分为6个类群。PCoA分析表明，147份睡莲样品的主坐标分析结果与形态学分类结果分类相似，第1～3主坐标分别占总遗传变异的16.54%、8.35%和5.43%,共占总遗传变异的30.32%,基于供试种质在主坐标三维图的发散状态可知，第1主坐标与睡莲种质的香气形成和雄蕊发育变异有关，第2主坐标与种质的开花时间和环境适应性相关，而第3主坐标主导花型变异。【结论】本研究筛选出的11对SSR引物多态性较好，能有效鉴定出147份睡莲种质的亲缘关系，在系统分类上可将147份种质划分为6大一级分支，分类结果与形态学分类结果相似。筛选的11对SSR引物能够应用于睡莲属植物的遗传多样性分析和品种鉴定。SSR标记结果可为睡莲属植物的种质收集保存、种质创新和保护开发提供科学依据。
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基于SSR荧光标记的广西天冬种质资源遗传多样性分析
《种子 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为充分利用天门冬种质资源,采用荧光 SSR分子标记毛细管电泳技术,对广西及其周边不同生态环境的 25 份天门冬材料进行了遗传多样性分析.结果表明,从 24 对引物中筛选出 8 对位点多态性高且重复性好的引物,共扩增出33 个多态性位点,平均每对引物扩增 4.1 个,每个引物扩增多态位点在 2~10 之间,多态性位点百分率为 68.75%;材料间遗传相似系数为 0.084~1.00,平均值为 0.44.聚类分析结果表明,25 份天门冬材料可分为两个大类,不同来源地的天冬资源穿插分布,地理分化不明显.荧光 SSR分子标记毛细管电泳技术适合分析天门冬的遗传多样性,广西天冬具有较丰富的遗传多样性,来自隆林的 16 号野生资源与多个材料的遗传差异较大.
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SSR荧光标记毛细管电泳分析24个广西常规香稻品种的遗传多样性
《热带作物学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：分析香稻品种的遗传多样性和理清香稻品种之间的亲缘关系，可为选育优质香稻品种提供参考。为分析广西审定的24个常规香稻品种的遗传多样性，明确其遗传差异，本研究利用SSR荧光标记毛细管电泳技术对24个广西常规香稻品种进行遗传多样性分析。结果表明，48对SSR引物共检测出170个等位基因位点；遗传多样性参数中观测等位基因数（Na）变化幅度为1～9，平均为3.54；有效等位基因数（Ne）的变化幅度为1～4.5534，平均为2.0736，其中有效等位基因数最高是RM21，其次是RM481、RM493和RM258，说明这4对引物有较高的检测效率；Shannon’s指数（I）的变化幅度为0～1.7942，平均为0.7726；多态信息含量（PIC）值的变化幅度为0～0.7541，平均为0.3732，属于中度多态位点，说明24个广西常规香稻品种具有一定的遗传变异。24个品种遗传相似系数范围为0.3299～0.9600，其中‘三香628’与‘农香32’遗传相似系数最小，说明这2个品种遗传基础差异最大，亲缘关系最远，‘万香696’与‘广粮香2号’遗传相似性系数最大，说明这2个品种遗传基础差异较小，亲缘关系接近。聚类分析结果显示24个广西常规香稻品种在相似系数0.504处可以分为3个大类群和4个亚类群，第Ⅰ大类2个品种，第Ⅱ大类19个品种，第Ⅲ大类3个品种；第Ⅱ大类在相似系数0.624处可分为4个亚类，第ⅰ亚类1个品种，第ⅱ亚类14个品种，第ⅲ亚类3个品种，第ⅳ亚类1个品种。研究结果表明24个广西常规香稻品种具有一定的遗传多样性，但不够丰富。以数字编码形式构建24个广西常规香稻品种的DNA指纹图谱。其分析结果可为广西常规香稻品种选育和鉴定提供参考。
关键词： 广西 常规香稻 SSR荧光标记 毛细管电泳 遗传多样性
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利用荧光标记SSR构建火龙果种质资源分子身份证
《中国南方果树 》 2020 北大核心
摘要：以145份火龙果种质资源为研究对象,基于从200对EST-SSR引物中筛选出的20对核心引物,通过荧光毛细管电泳技术检测分析扩增产物片段大小,应用基因型编码方法构建火龙果种质资源的分子身份证.结果表明,20对SSR引物共检测到等位基因数(Na)117个和带型(基因型)231个,平均每个引物扩增等位基因数(Na)5.9个,扩增基因型为11.6个,平均有效等位基因数(Ne)为4.03个,平均多态性信息含量(PIC)为0.688.采用个位数字和小写英文字母对不同带型进行编码,成功构建了145份火龙果种质资源的分子身份证,实现不同种质的有效区分.
关键词： 荧光标记 毛细管电泳 火龙果 种质 SSR 分子身份证
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甘蔗与河八王杂交后代染色体传递及河八王血缘在后代中的遗传
《分子植物育种 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为探明甘蔗野生基因在杂交过程中的遗传情况,提高甘蔗野生种质资源的利用效率,本研究利用染色体计数法及AFLP结合荧光毛细管电泳技术,开展了甘蔗与河八王杂交的染色体传递和亲本特异位点在杂交种中的遗传分析。结果表明,甘蔗×河八王组合的F1染色体传递行为有n+n和n+2n方式,BC1是n+n方式;利用AFLP标记结合毛细管电泳技术开展了河八王野生基因在F1、BC1后代中的遗传分析,并利用24对AFLP引物组合对4个河八王F1后代、9个BC1后代及其双亲进行了扩增,共检测到总条带数1 774条,其中多态性条带1 690条,多态性检出率为95.26%,各引物组合多态性变幅为87.04%～100%。进一步分析表明,母本桂糖05-3256的特异位点传递给F1后代的比例是63.92%～71.65%,父本广西河八王1特异位点传递给F1后代的比例是8.66%～12.85%。母本崖城94-46特异位点传递给BC1后代的比例是35.19%～48.50%,父本T6-3特异位点传递给BC1后代的比例是33.97%～59.33%;广西河八王1特异位点传递到BC1后代时,比例仅为1.12%～3.35%。另外,F1、BC1的特异位点保持了较高水平。本研究说明了河八王作为父本进行杂交利用过程中,其野生基因在后代中丢失严重,在BC1已处于很低水平,建议前期将河八王作为母本杂交利用,可能会聚合更多有益的河八王野生血缘,从而改良甘蔗的抗逆性。
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利用SSR标记与毛细管电泳对甘蔗属进行的遗传分析
《广西植物 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：为探讨甘蔗属内不同种之间的遗传多样性,利用SSR标记与毛细管电泳技术,对来自甘蔗属3个不同种的12个材料19对引物进行检测,共检测到229个DNA多态性条带,19对引物扩增的DNA条带范围集中在100～260bp之间。12个甘蔗材料的Jaccard遗传相似度,最小0.09,最大0.65,平均为0.26。通过遗传相似性系数分析,UPGMA聚类图内12个甘蔗材料可分为两个群,三个割手密种材料分为一个亚群,甘蔗栽培品种与甘蔗热带种合为一个亚群。结果表明:热带种比割手密种具有和甘蔗栽培品种更亲近的遗传关系;SSR分子标记与毛细管技术结合,相比别的分子标记技术或电泳技术,具有更准确、简便、自动化等优点。
关键词： 简单重复序列(SSR) 甘蔗 毛细管电泳
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甘蔗属不同种及优良甘蔗栽培品种的SSR标记遗传多样性分析
《广西植物 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：应用21对SSR引物与毛细管电泳技术,分析了52个甘蔗属品种的遗传多样性。共检测出327个SSR标记,平均每对引物检测15.6个。选择141个共显性标记构建SSR标记指纹图谱数据库,利用DNAMAN软件与UPGMA统计方法分析参试材料遗传多样性。DNAMAN软件同源分析显示,新台糖16号与台优1号之间的同源性最高(87%),品种之间最小的同源性为55%;利用UPGMA统计方法可把参试材料分成4个遗传相似性较高的类群。结果表明,SSR标记与毛细管技术的结合,可构建甘蔗种质资源SSR标记指纹图谱、分析甘蔗种质资源遗传多样性。聚类分析显示参试甘蔗材料的遗传基础相近,为了提高甘蔗选育种效率,应拓宽甘蔗选育种亲本的遗传基础,提高杂交栽培品种的抗虫、抗病等特性。
关键词： 简单重复序列(SSR) 甘蔗属 指纹图谱 毛细管电泳 遗传多样性
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