科研产出
基于ITS和trnL-F序列的具有优良性状蕉类资源的遗传结构分析
《分子植物育种 》 2022 北大核心
摘要：为了构建广西具有优良性状的蕉类遗传结构,本研究收集了广西7个不同地理来源的5大种类具有优良性状的蕉类资源,利用PCR技术将这些蕉类资源细胞核DNA的ITS序列及叶绿体DNA的trnL-F序列进行扩增和测序,并对测序所获得的序列进行STRUCTURE分类、PCoA排序、AMOVA分析、群体遗传分化(F_(ST)指数)及基于NJ树和UPGMA树的聚类分析,进一步研究蕉类资源遗传变异分布和遗传变异水平。STRUCTURE结果显示:当K=2时,Delta K出现了最高的峰值,即将个体分为2个类别最合适,大蕉中的多数和野蕉中的少数可归为第一类,所有粉蕉、鸡蕉、香蕉和大多数的野蕉归为第二类。PCoA排序图显示粉蕉虽然个体数量较多,但是遗传多样性较低,而大蕉和野蕉具有较高的多样性。AMOVA分析表明遗传变异主要存在于群体内的个体间,方差占总和的63.088%,品种间的遗传变异大于品种内群体间的遗传变异,方差分别占总和的27.676%和9.236%。遗传分化非常大(F_(ST)>0.25)且P<0.05的群体绝大多数在不同蕉类型之间。NJ树和UPGMA树同样显示不同蕉类型之间的群体遗传距离较远。以上结果表明野蕉存在的历史最久,积累了大量的遗传变异;在人工杂交育种时,不同蕉之间的交配可能产生更多的具有遗传多样性的后代;具有育种潜力性状的粉蕉分布在遗传关系非常近的一个群体内,今后的资源收集时应该更加注重对某个粉蕉群体的详尽调查以发现更多的可利用性状。研究结果有助于对广西具有优良性状的蕉类资源的蕴藏状况和遗传潜力进行评估,为进一步的育种学应用奠定基础。
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东南亚国家引进水稻种质的遗传多样性和遗传结构分析
《植物遗传资源学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：用72对SSR引物对316份东南亚不同地理来源的水稻种质资源进行遗传多样性和遗传结构分析。结果表明,共检测到387个等位基因,平均每对引物检测到5.375个,变幅在2~12之间;其中频率<5%的稀有等位基因有293个,占全部等位基因数的75.7%。Nei基因多样性指数(He)变化幅度在0.055~0.855之间,平均为0.623。He以菲律宾的种质资源最为丰富(He=0.619),其余国家的He大小依次是越南(He=0.515)>老挝(He=0.467)>柬埔寨(He=0.455);聚类分析显示分为籼粳稻两大群体,地理分组不是特别清晰。AMOVA分析表明,遗传变异主要来源于不同地理类群间,且遗传分化极显著。遗传结构分析结果显示K=2时,有相对明显的遗传结构。其次是K=5时,显示菲律宾群体分为了3个比较明显的小类群,存在较为明显的遗传分化结构。东南亚引进水稻种质资源丰富的遗传多样性和遗传结构为后期水稻育种的亲本选择提供依据。
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SSR等位变异数对普通野生稻居群遗传结构分析的影响
《中国水稻科学 》 2005 北大核心 CSCD
摘要：运用矩阵相关检测及聚类分析比较相结合的方法,在对广西玉林普通野生稻居群进行遗传结构分析中,从260至60每降低20个等位变异进行梯度取样,研究了不同SSR等位变异相似系数矩阵与总等位变异相似系数矩阵之间的相关关系。结果表明:1)当等位变异数为200时,居群内个体间的遗传关系与总变异数为277时个体间遗传关系的相关系数高达99.5%,达到极显著标准;如果将等位变异数梯度降低到10,则所有4个群体分别在等位变异数为180、190、210和200时与总变异数为277时个体间遗传关系的相关系数达到99.5%。2)当等位变异数减少到60时,其相关系数也达到95.0%的显著相关。3)所有4个群体在其相似系数达到99.5%时的聚类图与总变异数为277时的聚类图基本一致,只有个别样品在聚类图中的位置略有变化,但其相似系数为95.0%时聚类图与总变异数为277时的聚类图差异非常明显。因此,在进行普通野生稻居群遗传结构分析时,选择均匀分布于基因组的SSR引物并得到200个左右的等位变异时就能精确地获得居群内个体间的遗传关系。由于水稻SSR引物在野生稻居群遗传结构分析中的平均等位基因数约为4,所以,50对引物即能反映居群内个体间的遗传关系。
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