科研产出
基于ISSR标记分析油梨种质的遗传多样性
《农业研究与应用 》 2021
摘要：基于ISSR分子标记技术分析油梨种质遗传多样性和亲缘关系,旨在为油梨种质资源的合理利用提供科学依据。选用12条ISSR多态性引物对54份油梨种质的基因组DNA进行PCR扩增,利用Popgene 1.32、NTSYSpc 2.1软件计算遗传多样性参数、种质间的遗传相似系数以及UPGMA聚类分析。结果显示,筛选出的12条ISSR多态性引物共扩增出106条谱带,平均每条引物扩增8.08条多态性谱带,多态性位点比率PPB为91.83%,平均观测等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Nei’s基因多样性指数（H）、Shannon’s信息指数（I）以及多态性信息量（PIC）分别为1.89、1.47、0.28、0.43、0.63。油梨种质间的遗传相似系数在0.66～0.91之间,在遗传相似系数0.72处,可划分为5大类群,供试种质并不完全按照地理来源进行分类。54份油梨种质有较高的遗传多样性,遗传信息丰富,ISSR标记对其多态性检测有效性高,适用于其遗传多样性分析。
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基于SSR分子标记的油梨种质遗传多样性分析
《中国南方果树 》 2021 北大核心
摘要：用23对SSR多态性引物对收集的54份油梨种质材料进行PCR扩增,利用Popgene 1.32计算遗传多样性参数,采用NTSYSpc 2.1计算种质间的遗传相似系数,并进行UPGMA聚类分析和主成分分析。结果表明,23对SSR引物共扩增出多态性位点119个,每对引物扩增的多态位点在2～10个之间,平均为5.17个,多态性位点百分比（PPL）为100%;多态性信息量（PIC）、有效等位基因数（Ne）、Nei’s基因多样性指数（H）、Shannon’s信息指数（I）分别为0.33、1.321 9、0.205 9、0.335 6。54份油梨种质资源的遗传相似系数在0.59～0.97之间,在0.71处可划分为4大类群,Fuerte单独归为第Ⅰ类,Hass、Bacon为第Ⅱ类,第Ⅲ类的种质包括Y1-10、Y3-1、Y6-5、Y10-1,余下47份归为第Ⅳ类,占参试材料的87.04%,主成分分析结果与聚类分析结果基本一致。
关键词： 油梨 遗传多样性 SSR标记 聚类分析 主成分分析
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木薯根域AMF群落结构特征及多样性研究
《农业研究与应用 》 2021
摘要：土壤微生物是土壤—作物系统养分循环的重要驱动力,其中丛枝菌根真菌（Arbuscular mycorrhizal fungi,AMF）能够促进作物对养分的吸收。木薯是我国南方重要的经济作物,是多种行业的重要原材料。为揭示不同土壤质地木薯根域土壤AMF群落结构特征,解析土壤因子对AMF类群的影响。以木薯品种华南205 （SC205）为材料,通过田间根袋培养,利用高通量测序平台进行真菌扩增子测序,分析不同处理木薯根域AMF类群组成和多样性差异。结果表明,木薯根域土壤AMF主要为球囊霉属（Glomus）、无梗囊霉属（Acaulospora）、盾巨孢囊霉属（Scutellospora）、类球囊霉属（Paraglomus）和双型囊霉属（Ambispora）。优势属为球囊霉属和无梗囊霉属。两种土质各处理AMF属水平上无显著差异,种水平分布受土壤质地及根袋的影响,粘土AMF多样性（Simpson指数）高于砂质壤土。两种土质中都发现独有种,土壤质地对木薯根域AMF群落分布有一定的影响。RDA分析表明Glomus与速效磷、速效氮、铵态氮正相关;Acaulospora与速效磷,速效氮弱负相关;Scutellospora与所有速效养分负相关;Paraglomus与所有速效养分表现出正相关;Ambispora与大部分速效养分表现出负相关。木薯根域AMF资源丰富,不同土壤质地条件下的AMF群落组成和丰度存在差异,土壤速效养分与AMF群落结构差异密切相关。该研究为进一步探索AMF在木薯上的应用提供理论参考。
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基于iPBS标记的石斛兰种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
《热带作物学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：以48份石斛兰种质资源为对象,采用iPBS分子标记技术对其遗传多样性进行分析并构建DNA指纹图谱。结果表明:从83条iPBS引物中筛选出7条扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物;利用筛选出的引物对48份石斛兰基因组DNA进行PCR扩增,共获得279条谱带,其中多态性条带279条,多态性比例为100%;采用GenAlEx6.5软件计算48份石斛兰的平均观测等位基因数（Na）为2.000,平均有效等位基因数（Ne）为1.202,平均Nei’s遗传多样性指数（He）为0.153,平均Shannon信息多样性指数（I）为0.274,48份石斛兰表现出丰富的遗传多样性;采用NTSYS-pc2.1软件计算得到48份石斛兰间的遗传相似系数为0.6667～0.9211,基于遗传相似系数进行UPGMA聚类,在相似系数0.75处,可将48份石斛兰划分为7个类群。利用2对引物构建的DNA指纹图谱可单独鉴别出48份石斛兰种质资源,该图谱可为石斛兰分类与鉴定提供科学依据。
关键词： 石斛兰 iPBS分子标记 遗传多样性 DNA指纹图谱
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广西百色生姜根际土壤丛枝菌根真菌资源调查
《南方农业学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：【目的】调查广西百色生姜根际土壤丛枝菌根（Arbuscular mycorrhizae,AM）真菌与生姜的共生情况及其与根际土壤因子的关系,为筛选对广西生姜有促生及防病效果的菌株及推动AM真菌在生姜生产上的应用提供理论依据。【方法】于2020年7月在广西百色生姜种植区采集5份生姜根际土壤样品和根系样品,测定土壤理化性质、菌根侵染率和AM真菌孢子密度,并对AM真菌孢子进行形态学鉴定,研究AM真菌的定殖特性及物种多样性。【结果】不同采样点的土壤理化性质差异明显,土壤pH为4.95～6.37,土壤全氮、速效磷、有机质和交换性镁含量分别为0.175%～0.327%、8.5～95.0 mg/kg、25.1～40.0 g/kg和0.51～3.61 cmol/kg。不同采样点的生姜根系均有AM真菌定殖,定殖率在3.23%～29.06%。5个采样点共分离鉴定出AM真菌8属13种,包括无梗囊霉属（Acaulospora）3种、球囊霉属（Glomus）2种、根内球囊霉（Rhizophagus）3种、类球囊霉属（Paraglomus）1种及未知种属4种。优势种Rhizophagus mosseae在5个生姜采样点的土壤中均有分布。AM真菌孢子密度为44～288个/20 g干土。相关分析结果表明,根系内AM真菌定殖率与土壤有机质含量呈极显著正相关（R=0.501,P<0.01）,孢子密度与土壤速效磷含量呈显著正相关（R=0.603,P<0.05）。【结论】不同采样点生姜根际土壤具有较丰富的AM真菌资源,AM真菌物种多样性差异明显,新植生姜地块的AM真菌孢子密度大于连作生姜地块,土壤有机质和速效磷含量是影响生姜根际AM真菌群落组成和分布的主要土壤因子。
关键词： 生姜 丛枝菌根真菌 多样性 定殖率 土壤养分 广西百色
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基于SCoT分子标记的金花茶组植物种质资源遗传多样性分析
《中草药 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：目的利用SCoT分子标记技术分析27份金花茶组植物种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为金花茶组植物种质资源鉴定保护和开发利用提供理论依据。方法从100条SCoT引物中筛选出条带重复性好、多态性高的引物对供试材料进行PCR扩增,用NTsys 2.10e计算种质间的遗传相似系数,用非加权平均距离法（UPGMA）进行聚类分析,构建系统发育进化树。结果从100条SCoT引物中筛选出13条引物共扩增出566条条带,其中多态性条带549条,多态性比率为97%,平均每条SCoT引物扩增的总条带数和多态性条带数分别为43.54、42.23条,多态性比率为89.74%～100.00%,平均为96.82%;27份金花茶组植物种质间的遗传相似系数为0.367～0.754。聚类分析结果显示,遗传相似系数在0.480处可将27份金花茶种质划分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ 5组,遗传相似系数在0.511处第Ⅰ组被划分为a、b亚组,在0.517处第Ⅱ组被划分为c、d亚组,在0.508处第Ⅳ组被划分为e、f亚组。结论不同金花茶组植物种质间的遗传多样性丰富,SCoT分子标记多态性高,重复性好,可有效用于金花茶组植物种质资源遗传多样性分析,为金花茶组植物种质资源的鉴定保护、分子辅助育种和开发利用提供理论依据。
关键词： 金花茶组 种质资源 亲缘关系 遗传多样性 SCoT分子标记
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基于ISSR标记的火龙果种质资源遗传多样性分析
《热带作物学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为明确火龙果种质资源的遗传多样性水平和亲缘关系,以69份火龙果核心种质为研究对象,采用ISSR分子标记进行火龙果遗传分析。结果表明:13条ISSR引物共检测到247个位点,其中多态性位点数为232个,多态性条带百分比（PPB）为93.93%,平均多态性信息含量（PIC）为0.9189;平均观测等位基因数（Na）为1.9084,有效等位基因数（Ne）为1.4606,期望杂合度（He）为0.2750,Nei氏基因多样性（H）为0.2616,香农信息指数（I）为0.4190。火龙果种质资源的遗传距离为0.0707～0.6741。基于遗传距离聚类分析结果,火龙果种质资源分为6大类群,第Ⅰ类群为红皮白肉类型,包括25份种质;第Ⅱ类群有19份种质,全部为红肉或紫红肉类型,包括红皮、青皮、橘黄皮类型;第Ⅲ类群包含类型较杂,包括粉肉、双色类型和水晶系列品种;第Ⅳ大类为黄皮白肉类型;第Ⅴ类和第Ⅵ类群均仅有一个种质,单独自聚一类。研究结果为火龙果种质资源的分类、保存与利用、遗传进化等研究及杂交组合选配提供理论指导和技术支持。
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基于SNP分子标记的澳洲坚果种质遗传多样性分析
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了明确澳洲坚果品种的遗传多样性,本研究利用基因组随机扩增序列SNP多态性及甲基化多态性技术对45份澳洲坚果种质的单核苷酸多态性(SNPs)位点进行了基因分型,分析其亲缘关系与遗传多样性.结果 表明,种质测序中SNPs数量有427 736个,插入或缺失(indels)数量有26 055个,SNPs中发生转换概率与发生颠换概率的比值ts/tv为0.77,1 st ALT为0.79;单一序列中SNPs占3.5%,ts/tv为0.71,indels占3.5%.群体结构分析将45份澳洲坚果种质分为4类群,类群分别用红色、荧光绿色、蓝色和紫色表示.4个类群间基因交流密切,可根据条带颜色的比例判断类群.第1类群有2份种质,第2类群有1份种质,第3类群有4份种质,第4类群有38份种质,利用UPGMA法得到的聚类结果,同样表明45份种质分为4个类群.澳洲坚果种质资源存在很多品系,本研究结果为澳洲坚果分子标记辅助育种提供科学依据.
关键词： 澳洲坚果 遗传多样性 单核苷酸多态性(SNP)
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桐花树内生和根际细菌多样性及抗血栓活性研究
《广西植物 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：红树植物内生菌在红树共生体的物质循环、能量传递和健康维护等方面起着重要作用。为探究红树植物内生菌的多样性,进一步揭示内生菌在红树共生体的功能多样性提供菌种资源,该研究选择6种分离培养基和采用传统稀释涂布法对从广西北海滩涂上采集的桐花树组织和根际土壤样品进行分离,对获得的可培养细菌进行多样性分析,并通过体外溶栓实验筛选出具有抗血栓活性的菌株。结果表明:(1)基于16S rRNA基因序列系统进化分析,从桐花树组织和根际土壤中共获得125株细菌;分布于变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes) 3个门27个科39个属74个种中,芽孢杆菌属为优势菌属,菌株数量占13.5%。(2)抗血栓活性实验表明,初筛获得18株具有抗血栓活性细菌,总阳性率为24.32%;将初筛有活性的菌株进行复筛和重复验证实验,进一步验证其活性,结果复筛出3株细菌B1850、B1989和B2632具有很强抗血栓活性。综上所述,广西北海滩涂上红树植物桐花树中存在丰富的可培养细菌资源,具有从中挖掘新的纤溶酶和开发溶血栓药物的潜力。
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袋料种植淮山药根际土壤细菌多样性的高通量测序分析
《南方农业学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：[目的]比较淮山药袋料种植方法与常规定向结薯种植方法的根际土壤微生物种群多样性,为利用微生物多样性指导淮山药袋料种植提供科学依据.[方法]采集常规淮山药定向结薯种植的根际土壤样品(记为CK3)和袋料种植的根际土壤样品(记为A3),对土壤样品中细菌的16S rDNA序列V4高变区进行PCR扩增,并对扩增产物进行高通量测序,分析土壤样品中细菌群落的多样性及其分布规律.[结果]CK3的pH为6.21,有机质含量为32.2 g/kg;A3的pH为5.98,有机质含量为30.0 g/kg.2种不同种植方法下淮山根际土壤样品中共检测出细菌41门100纲147目292科530属.淮山药根际土壤细菌在门水平上的主要优势类群有变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)和芽单胞菌门(Gemmatimonadetes);在纲水平上的主要优势类群有α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)、β-变形菌纲(Betaproteobacteria)、放线菌纲(un-identified-Actinobacteria)和δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)等.在门和纲分类水平上,2种种植方法淮山药根际土壤样品中细菌的优势菌群相似,相对丰度差异不显著(P>0.05),CK3的细菌多样性高于A3.[结论]淮山药袋料种植方法可行,可在旱坡地和石山地等非耕地应用.
关键词： 淮山药 袋料种植 根际土壤 细菌多样性 高通量测序
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