科研产出
基于主要农艺性状的25份凉粉草种质资源遗传多样性分析与综合评价
《山东农业科学 》 2023 北大核心
摘要：为明确凉粉草农艺性状的遗传变异,筛选出优异种质,本研究以采自不同地区的 25 份凉粉草种质为试验材料,调查其 12 个农艺性状,采用遗传变异分析、相关分析、主成分分析和聚类分析法等进行遗传多样性分析和综合评价.结果表明,各农艺性状在不同种质间差异显著,变异系数范围为 7.33%~50.90%,其中分枝长的变异系数最大,单株产量的次之;各种质具有丰富的遗传多样性,Shannon-Wiener多样性指数(H′)变化范围为 1.219~2.111,以叶长和分枝长的H′较高.单株产量与分枝数、分枝长、叶长、叶重率均呈极显著正相关(P<0.01),这几个性状可作为凉粉草种质评价的主要指标.主成分分析所提取 4 个主成分的累积贡献率达 75.081%,能反映凉粉草农艺性状的大部分信息.种质V18、V16 和V22 的综合评价得分较高,是适合凉粉草亲本选配的优异种质.聚类分析将 25 份凉粉草种质分为 3 大类群,以第Ⅲ类种质(V24、V25)的综合表现最好,第Ⅱ类种质(V1、V2 和V3)最差,第Ι类种质(V4—V23)居中.本研究结果可为今后凉粉草种质资源的开发和新品种选育提供参考.
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金钗石斛居群遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
《中草药 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：目的 探讨不同地区金钗石斛Dendrobium nobile 居群间的遗传多样性及遗传分化关系.方法 基于引物结合位点间扩增(inter-primer binding site,iPBS)分子标记对广西5个县共35份金钗石斛进行遗传关系、遗传多样性和种群间遗传分化分析,并构建能区分35份金钗石斛种质的DNA指纹图谱.数据分析使用NTSYS-pc 2.10e统计软件计算遗传相似系数并构建聚类分析图谱,采用Popgene 1.32软件计算遗传多样性指数与居群遗传分化系数.结果 8条iPBS引物共扩增出158条条带,多态性条带为143条,多态条带百分率(percentage of polymorphic bands,PPB)为90.51%;在遗传距离0.70处,35份种质分为7大类群,居群在分子水平上出现明显分化;遗传相似系数(genetic similarity coefficient,Gs)变化范围为0.559 0~0.975 9,变幅为0.416 9;平均观测等位基因数(observed number of alleles,Na)、平均有效等位基因数(effective number of alleles,Ne)、Nei's 基因多样性指数(Nei's gene diversity index,He)、Shannon 多样性信息指数(Shannon information index,I)分别为1.898 7、1.505 0、0.300 7、0.454 2,居群间存在丰富遗传多样性;基因多样度(total genetic diversity,Ht)、各居群基因分化系数(gene diversity within population,Hs)、居群间遗传分化系数(coefficient of gene differentiation,Gst)分别为0.2998、0.2149、0.283 0,居群间遗传变异占总变异的28.30%,居群内的遗传变异占总变异的71.70%,遗传变异主要来源于居群内部;基因流(gene flow,Nm)为1.266 5,居群间存在较高水平的基因交流.引物2219和2399可单独鉴别出35份种质,试验基于引物2399的"0,1"矩阵构建35份种质的指纹图谱,此图谱可为金钗石斛品种的分类与鉴定提供参考.结论 金钗石斛居群间遗传多样性较丰富,总变异主要来源于居群内变异,居群间存在较高水平的基因交流.揭示了金钗石斛种质间的遗传关系及其居群遗传多样性,为野生金钗石斛种质的保护工作的开展奠定基础.
关键词： 金钗石斛 遗传多样性 遗传分化 DNA指纹图谱 iPBS标记
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基于SNP标记分析广西玉米地方品种遗传多样性
《植物遗传资源学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为了挖掘优异地方种质资源，提高广西玉米育种效率，本研究利用10K SNP芯片对169份广西玉米地方品种进行全基因组扫描，研究广西玉米地方品种的遗传多样性与群体遗传结构。结果表明，广西玉米地方品种总体的遗传多样性较高，5877个SNPs标记在169份地方品种中基因多样性平均值为0.37，多态信息含量（PIC）平均值为0.30。种群水平上，桂东北区域地方品种的遗传多样性最高（基因多样性=0.39，观察杂合度=0.27，最小等位基因频率=0.30,PIC=0.31）。群体遗传结构分析、主成分分析和进化树分析将地方品种划分为两大类群，种群间遗传关系和类群归属与地理位置不完全相关，品种杂合率差异较大且总体遗传相似系数较低。分子变异方差分析结果显示2%的遗传变异来自种群间，98%的遗传变异来自种群内。群体间遗传分化系数（FST）平均为0.049，群体间遗传分化较小。研究结果确定了广西不同地理来源的玉米地方品种多态性及亲缘关系，为广西玉米种质改良和指导新品种培育提供理论依据。
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基于i PBS和ISSR分子标记的兜兰属同色组种质鉴定及遗传多样性分析
《南方农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】基于引物结合位点扩增（iPBS）和简单序列重复间DNA多态性（ISSR）分子标记对兜兰属同色组种质进行鉴定及遗传多样性分析，筛选出可靠的种质鉴定方法，为兜兰属种质鉴定、遗传多样性分析及分子育种提供科学依据。【方法】采用iPBS和ISSR分子标记对47份兜兰属同色组种质进行种质鉴定，并分析其亲缘关系和遗传多样性，挖掘可用于鉴别3个近缘种的分子标记。【结果】利用7条iPBS引物共扩增出117个位点，其中多态性位点100个，多态性比率为85.47%;47份供试种质的遗传相似系数为0.73～0.97；在遗传相似系数0.76处可将47份供试种质划分为三大类群，其中6份难鉴定种质与已知的文山兜兰聚为第Ⅱ类群，第Ⅰ类群包含了所有巨瓣兜兰种质，第Ⅲ类群包含了所有的同色兜兰种质。7条ISSR引物共扩增出115个位点，其中多态性位点111个，多态性比率为96.52%;47份供试种质的遗传相似系数为0.68～0.94，在遗传相似系数为0.73处可将47份供试种质划分为三大类群。第Ⅰ类群包括11个巨瓣兜兰种质，第Ⅱ类群包括表型难鉴定的6份种质及13个文山兜兰种质，第Ⅲ类群包括17个同色兜兰种质。iPBS和ISSR单独聚类结果和二者综合聚类分析结果略有差异，但种质聚类鉴定结果具有较高的一致性，均将47份兜兰属同色组种质分为三大类群，且6份难鉴定个体均与文山兜兰聚为一类，巨瓣兜兰和同色兜兰各自聚为一类。3个聚类分析结果均表明，文山兜兰与同色兜兰的亲缘关系较近，与巨瓣兜兰的亲缘关系较远。【结论】iPBS和ISSR分子标记均可用于兜兰属近缘种间的种质鉴定及遗传多样性分析，二者结合分析的方法可在DNA水平上更准确有效地鉴定易混淆种质，多种标记联合数据的聚类分析结果，能更全面客观地反映种质间的遗传多态性及亲缘关系。
关键词： 同色组兜兰 iPBS ISSR 种质鉴定 亲缘关系 遗传多样性
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广西壮瑶药瘤果紫玉盘SCoT-PCR反应体系建立及引物筛选
《南方农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】建立瘤果紫玉盘SCoT-PCR最佳反应体系，并筛选出适宜的SCoT引物，为瘤果紫玉盘种质鉴定分类、亲缘关系分析和遗传多样性分析提供理论参考。【方法】以广西河池、百色、柳州、南宁4份瘤果紫玉盘野生种质为试材，通过单因素试验和正交试验对瘤果紫玉盘SCoT-PCR反应体系的DNA模板用量、引物用量和Mix预混液用量3个因素进行优化，并使用优化后最佳反应体系进行SCoT引物筛选。最后将SCoT-PCR最佳反应体系和筛选出的引物用于瘤果紫玉盘种质的遗传多样性分析。【结果】单因素试验结果显示，DNA模板用量为40～70 ng，引物（10μmoL/L）用量为1.0～1.4μL,Mix预混液用量为9.0～12.0μL范围内扩增效果较好，通过L16（4~3）正交试验确定瘤果紫玉盘的SCoT-PCR最佳反应体系20.0μL:DNA模板（40 ng/μL）1.0μL，引物（10μmoL/L）1.2μL,Mix预混液10.0μL,7.8μL ddH2O。利用最佳反应体系筛选出26条适用于瘤果紫玉盘的SCoT引物，并确定了各引物最适的退火温度。26条SCoT引物在4份瘤果紫玉盘材料中共扩增出305个基因位点，其中多态性位点204个，多态性比率为66.89%，平均每条引物扩增出11.7个基因位点，有8.7个多态性位点。4份瘤果紫玉盘种质的平均等位基因数（Na）为1.7377，平均有效等位基因数（Ne）为1.5344,Nei’s基因多样性指数（H′）为0.3053,Shannon指数（I）为0.4449。4份瘤果紫玉盘间的遗传相似系数为0.5443～0.6492，遗传距离为0.4320～0.6083，说明4份瘤果紫玉盘种质间存在较大的遗传变异，遗传多样性水平较高。【结论】建立的SCoT-PCR最佳反应体系和筛选出的26条SCoT标记引物扩增效果较好，可用于瘤果紫玉盘种质资源的鉴定分类、亲缘关系分析和遗传多样性分析。
关键词： 瘤果紫玉盘 SCoT-PCR 反应体系优化 引物筛选 遗传多样性
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基于SSR荧光标记的广西天冬种质资源遗传多样性分析
《种子 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为充分利用天门冬种质资源,采用荧光 SSR分子标记毛细管电泳技术,对广西及其周边不同生态环境的 25 份天门冬材料进行了遗传多样性分析.结果表明,从 24 对引物中筛选出 8 对位点多态性高且重复性好的引物,共扩增出33 个多态性位点,平均每对引物扩增 4.1 个,每个引物扩增多态位点在 2~10 之间,多态性位点百分率为 68.75%;材料间遗传相似系数为 0.084~1.00,平均值为 0.44.聚类分析结果表明,25 份天门冬材料可分为两个大类,不同来源地的天冬资源穿插分布,地理分化不明显.荧光 SSR分子标记毛细管电泳技术适合分析天门冬的遗传多样性,广西天冬具有较丰富的遗传多样性,来自隆林的 16 号野生资源与多个材料的遗传差异较大.
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SSR荧光标记毛细管电泳分析24个广西常规香稻品种的遗传多样性
《热带作物学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：分析香稻品种的遗传多样性和理清香稻品种之间的亲缘关系，可为选育优质香稻品种提供参考。为分析广西审定的24个常规香稻品种的遗传多样性，明确其遗传差异，本研究利用SSR荧光标记毛细管电泳技术对24个广西常规香稻品种进行遗传多样性分析。结果表明，48对SSR引物共检测出170个等位基因位点；遗传多样性参数中观测等位基因数（Na）变化幅度为1～9，平均为3.54；有效等位基因数（Ne）的变化幅度为1～4.5534，平均为2.0736，其中有效等位基因数最高是RM21，其次是RM481、RM493和RM258，说明这4对引物有较高的检测效率；Shannon’s指数（I）的变化幅度为0～1.7942，平均为0.7726；多态信息含量（PIC）值的变化幅度为0～0.7541，平均为0.3732，属于中度多态位点，说明24个广西常规香稻品种具有一定的遗传变异。24个品种遗传相似系数范围为0.3299～0.9600，其中‘三香628’与‘农香32’遗传相似系数最小，说明这2个品种遗传基础差异最大，亲缘关系最远，‘万香696’与‘广粮香2号’遗传相似性系数最大，说明这2个品种遗传基础差异较小，亲缘关系接近。聚类分析结果显示24个广西常规香稻品种在相似系数0.504处可以分为3个大类群和4个亚类群，第Ⅰ大类2个品种，第Ⅱ大类19个品种，第Ⅲ大类3个品种；第Ⅱ大类在相似系数0.624处可分为4个亚类，第ⅰ亚类1个品种，第ⅱ亚类14个品种，第ⅲ亚类3个品种，第ⅳ亚类1个品种。研究结果表明24个广西常规香稻品种具有一定的遗传多样性，但不够丰富。以数字编码形式构建24个广西常规香稻品种的DNA指纹图谱。其分析结果可为广西常规香稻品种选育和鉴定提供参考。
关键词： 广西 常规香稻 SSR荧光标记 毛细管电泳 遗传多样性
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基于SSR荧光标记的杧果种质资源遗传多样性分析及分子身份证构建
《热带作物学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：丰富的种质资源是杧果新品种选育和产业发展的基础.为保护和利用杧果种质资源,本研究利用课题组前期开发的 TP-M13-SSR 标记对杧果种质资源保护广西创新基地圃内保存的 145 份杧果地方品种、育成品种及其近缘野生种进行遗传多样性分析和分子身份证构建.结果表明:12 对引物的平均观测等位基因数为 3.2838、平均观察杂合度(Ho)为 0.5858、平均期望杂合度(He)为 0.6725、平均Shannon指数(I)为 1.3383、平均Nei基因多样性指数(Na)为 0.6702、多态信息含量(PIC)分布范围在 0.5036~0.7827 之间,平均值为 0.6396,所有引物为高度多态性位点,说明TP-M13-SSR荧光引物可以为杧果的遗传多样性分析提供研究数据;145 份材料的遗传相似性系数变化范围为 0.5676~1.000,平均为0.7417,其中爱文与印度杧 1 号遗传相似性系数为 1.000,扁桃杧田阳 20-2 与大头香杧、扁桃杧田阳 20-2 与硕帅杧、金煌杧与桂热杧 10-1 的遗传相似性系数最小,均为 0.5676;在遗传相似性系数为 0.7060 时,145 份种质分为 2 个类群,I类群包括 108 份杧果和 20 份扁桃,种质数量最多,占总数的 88.9%,Ⅱ类群包括 17 份材料,全部为扁桃.在遗传相似性系数为 0.7330 时,I类群可进一步分为 5 个亚群,其中I-1 和I-3 亚群种质数量最多,占所有杧果的 91.92%,UPGMA聚类分析表明扁桃未严格按照种属关系聚在一起,杧果的整体聚类结果与其地理来源基本一致;对 145 份材料的扩增产物进行SSR荧光标记毛细管电泳检测获得指纹图谱,采用数字和字母相结合的编码方式获得分子身份证,通过分子身份证进行种质鉴定,每一对引物可平均区分 12.4 份种质,鉴定率明显高于前人研究,表明TP-M13-SSR检测技术比目前广泛采用的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测技术在杧果种质鉴定上更具优势.本研究结果为杧果及其近缘种种质资源的收集整理和新品种的选育提供科学依据.
关键词： 杧果 TP-M13-SSR 遗传多样性 分子身份证
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16份桄榔种质主要农艺性状的遗传多样性分析
《西南农业学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：[目的]分析桄榔种质资源农艺性状的遗传多样性,为桄榔种质资源的开发利用和优异种质选育提供理论依据.[方法]以采集自不同地区的16份桄榔种质为试验材料,调查和测定其15个表型性状(农艺性状),采用遗传变异、相关分析、主成分分析和聚类分析法进行遗传多样性分析和综合评价.[结果]16份桄榔种质的表型性状均具有丰富的遗传多样性,其Shannon wiener指数(H')变化范围为0.832~2.100,平均为1.671,其中株高的H'最高(2.100).不同地区桄榔种质农艺性状间的差异均达显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)水平,变异系数范围为5.14%~102.19%,其中,除叶厚的变异系数为5.14%外,其他农艺性状的变异系数均大于10.00%,尤其果重的变异系数最大(102.19%).从15个农艺性状中共提取5个特征值大于1.00的主成分,其累积贡献率达88.07%,能综合反映桄榔种质农艺性状的大部分信息.综合评价结果表明,V6、V5、V11、V1、V4和V12种质的综合得分分别为151.59、140.12、134.12、132.54、130.78和126.70,综合表现较好.聚类分析结果表明,16份桄榔种质可分为三大类群,其中,第一类群种质(V2、V7、V8、V9、V10、V13、V14、V15和V16)表现为种子粒重和果重较重,种子纵径和横径较长,叶厚、叶长及植株的胸径、株高和冠幅较小,果形为圆凹、圆凸或长凹,果色为绿色和黑色;第二类群种质(V1、V11和V12)表现为种子厚度较小,叶长、叶宽及植株的胸径较大,果形为圆凸、长凹或长凸,果色为黄色和绿色;第三类群种质(V3、V4、V5和V6)表现为种子体积和纵径较小,叶厚较厚,叶宽和植株的胸径较小,株高和冠幅较大,果形为圆凹和长凹,果色为黄色和绿色.[结论]16份桄榔种质的遗传多样性较丰富,不同地区的桄榔种质资源存在较大变异性,其中种质V6、V5和V11综合表现较好,是较优异种质,适合用于亲本选配;基于农艺性状进行桄榔种质资源遗传多样性评价方法简单可行,结合主成分和聚类分析有助于更快选育出符合育种目标的优异桄榔种质.
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广西南瓜属地方资源遗传多样性分析与鉴定评价
《植物遗传资源学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：为了保护地方种质资源遗传多样性和摸清家底,农业农村部和广西政府先后启动"第三次全国农作物种质资源普查与收集行动"项目和广西创新驱动专项"广西农作物种质收集鉴定与保存",借此对广西区内南瓜属地方资源开展系统性收集,并从植物形态、果实性状、开花习性、口感品质和抗性等农艺性状对地方资源进行鉴定与评价.试验结果表明:261份南瓜属地方资源分布在广西各地,桂北、桂西和桂东地区保存种质资源数量高于其他地区且品质、抗性相对优异;所有地方资源均属于南瓜栽培种,具有瓜蒂呈五棱形的南瓜种典型特征;地方资源存在丰富的遗传变异,叶片长度、叶片宽度和主蔓粗度变异系数介于10.1%~10.7%之间,果形指数介于0.516~3.190之间,果实重量范围0.89~11.40 kg,变异系数38.1%,同时存在遗传稳定性差、总体品质差和综合性状不佳等缺陷;共筛选出首雌花开放早资源53份,品质良好以上资源31份,高抗白粉病资源61份和高抗病毒病资源5份.这些研究工作为南瓜属地方资源的保存和高效利用奠定了坚实基础.
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