科研产出
广西生姜青枯病菌的遗传多样性与致病力分化
《中国蔬菜 》 2025 北大核心
摘要：生姜青枯病由青枯雷尔氏菌(Ralstonia solanacearum)引起，是广西生姜产区重要的土传病害。为了明确广西生姜青枯病菌的遗传多样性及致病力分化，收集菌株，基于该病菌演化型分类框架和egl基因序列进行系统发育分析，同时刺伤生姜植株茎基部后灌施菌液进行接种，对病情指数进行聚类分析。结果显示，广西生姜主产区的42株青枯病菌菌株均为演化型Ⅰ型，分属于序列变种14、16和30，以前两种为主。通过致病力测定，供试菌株可划分为3类：64.29%的菌株表现为强致病力，病情指数为83.70～100.00；21.43%的菌株表现为较强致病力，病情指数为62.22～75.56；仅有14.29%的菌株表现为较弱至中等致病力，病情指数为24.44～51.11。表明广西生姜青枯病菌种群存在一定的遗传多样性和明显的致病力分化，为开展其致病机制研究和生姜抗青枯病育种提供重要参考。
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第2年宿根蔗根围土壤丛枝菌根真菌多样性研究
《热带作物学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：本研究旨在探究不同施肥水平下第2年宿根蔗根围土壤丛枝菌根（arbuscular mycorrhizal, AM）真菌的多样性，为AM真菌在甘蔗上的应用提供理论依据。本研究以甘蔗品种桂糖29号（GT29）和桂糖58号（GT58）为试验材料，设4个施肥水平：0.0 kg/hm2（A）、562.5 kg/hm2（B）、1125.0 kg/hm2（C）、2250.0 kg/hm2（D）。研究结果表明：不同施肥水平对GT29的根系菌根侵染率有显著影响，而对GT58影响不显著。随着施肥水平的提高，AM真菌多样性和丰富度均显著下降。不同施肥水平的GT29根围土壤中共获得185个OTUs,GT58根围土壤中共获得175个OTUs。不同施肥水平下2个甘蔗品种根围土壤的优势AM真菌均为球囊霉属（Glomus）。在OTU水平对不同施肥水平甘蔗根围土壤AM真菌群落进行差异物种分析，发现GT29的2个差异物种均为球囊霉属，而GT58中的3个差异物种均为近明球囊霉属（Claroideoglomus）。经Mantel检验，发现土壤中的Ca、Mg含量与4个AM真菌属之间均呈极显著正相关，土壤pH与3个AM真菌属间也呈显著正相关。因此，过量施肥会使增产效果大幅降低，且造成土壤酸化及磷元素过剩，同时使甘蔗根围土壤AM真菌群落组成改变，多样性和丰富度降低，但品种间有差异；适量施肥有助于丰富土壤AM真菌的多样性，促进甘蔗产业的可持续发展。
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169份不同遗传背景玉米自交系的遗传多样性分析
《南方农业学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：【目的】解析玉米自交系遗传多样性和群体遗传结构，为广西玉米育种实践提供理论参考。【方法】以169份不同遗传背景的玉米自交系为材料，以7份广西骨干自交系和3份我国其他地方的骨干自交系为对照，用10K SNP玉米芯片对其进行全基因组扫描，通过遗传相似度、系统进化、主成分和血缘同源确认（IBD）等分析其遗传多样性及群体遗传结构。【结果】筛选获得7565个高质量可用SNP分子标记，分布在10条染色体上，平均每条染色体上有756个，标记检出率均在97.12%以上，平均检出率达99.57%。174个玉米自交系的杂合率为0.21%～7.28%，平均为0.86%，有144个玉米自交系杂合率不高于1.00%，但有5个玉米自交系的杂合率偏高（31.29%～36.36%）。174份材料间的遗传相似度为0.486～0.999，平均为0.609，其中2个广西选育的西南骨干自交系B24(ZNC442)和CK＿D2（桂A10341）与其他材料间的遗传相似度平均值分别为0.642和0.629。由系统发育进化树可知，包含10个参考自交系在内的179个玉米自交系划分为Reid群和热带亚热带群两大类，其中Reid群含13个自交系，占比为7.26%，热带亚热带群含166个自交系，占比为92.74%。热带亚热带群又可细分为7个亚群，其中以Suwan群和CM群为主，分别含56和51个自交系，占比分别为31.28%和28.49%。主成分分析结果显示，PCA1v3中玉米自交系聚类情况与系统发育进化树聚类结果基本一致，能明显区分Reid群和热带亚热带群，且热带亚热带群中大多自交系分布在CM群和Suwan群参考自交系附近。IBD分群结果显示，Reid群、Suwan群、CM群和A群的自交系数量分别有21、47、64和47个。系统进化分析、主成分分析和IBD分群韦恩图显示，三者共属Reid群、Suwan群、CM群和A群的自交系数量分别为12、35、18和11个。【结论】广西玉米自交系来源复杂，遗传背景相似，不同分析方法的划分结果并不完全一致，需结合育种实践进行类群划分。广西选育的西南骨干玉米自交系ZNC442和桂A10341均属于A群，最理想组配模式为A群×Reid群，其次是A群×Suwan群和A群×CM群。
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基于SNP分子标记的95个热带亚热带玉米自交系遗传多样性分析
《南方农业学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：[目的]对95个热带亚热带血缘玉米自交系的群体结构和遗传多样性进行分析,为热带亚热带血缘种质的创新和精准利用提供参考.[方法]利用10K玉米SNP育种芯片对95个玉米自交系进行全基因组分型扫描,所得数据进行质控后利用PowerMarker V3.25计算遗传多样性指标,利用MEGA X计算遗传距离并采用邻接法进行聚类分析,使用R包计算群体间遗传分化系数(Fst)并进行非度量多维尺度(NMDS)分析.[结果]从95个玉米自交系中检测到7812个高质量SNP分子标记位点,分布于玉米10条染色体上.95个自交系间的遗传距离变化范围为0.001~0.482,平均值为0.356.根据遗传距离信息将95个玉米自交系划分为A、B、C 3个类群,A群有5个自交系,B群有17个自交系,C群有73个自交系;C群又可分为5个亚群,每个亚群均有各自代表性的自交系材料,聚类分析结果与育种实践基本吻合.基于SNP分子标记位点进行统计,95个玉米自交系的平均杂合率为1.4%,基因多样性均值为0.3718,杂合度难测值均值为0.0139,最小等位基因频率均值为0.2886,多态信息含量均值为0.3004.A群的Fst(0.1491)最高,B群和C群的Fst(0.1422和0.1400)接近.NMDS分析也将95个自交系分成3个群,与聚类分析结果相对应.[结论]95个热带亚热带玉米种质具有较丰富的遗传多样性,被划分为3个类群,其中C群可划分为5个亚群,进一步明确了各自交系间的遗传亲缘关系.
关键词： 玉米 热带亚热带 自交系 SNP分子标记 遗传多样性
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基于SNP分子标记的128份糯玉米种质遗传多样性和类群结构分析
2025
摘要：目的分析不同基因型糯玉米种质的遗传多样性和类群结构，为广西糯玉米种质创新利用提供参考依据。方法利用10K芯片对128份糯玉米种质进行全基因组扫描，分析其遗传多样性和类群结构，并调查植株、花期和果穗的13个性状，分析不同类群种质的性状差异。结果7561个SNP分子标记基本均匀覆盖整个玉米基因组，主要等位基因频率（MAF）为0.500~0.969，平均为0.702；基因多样性（GD）为0.061~0.500，平均为0.388；多态信息含量（PIC）为0.059~0.375，平均为0.307。聚类分析和PCoA分析均可将128份糯玉米种质划分为3个类群， 分别为地方种类群、京科—中糯类群、本地糯类群；地方种类群和本地糯类类群的GD分别为0.354和0.343，PIC分别为0.282和0.280，低于京科—中糯类群的GD（0.377）和PIC（0.298），表明地方种类群和本地糯类类群的遗传多样性较低，且类群划分结果具有一定的地理和生态区域特征；甜糯玉米与糯玉米划分在同一类群，其原因是甜糯玉米是从糯玉米中选育的一种新型鲜食玉米。分子方差分析（AMOVA）结果显示，不同类群间存在明显的遗传变异，占总遗传变异的10.8%，自交系间的遗传变异为73.1%，自交系内的遗传变异为16.1%。相关分析结果显示，花期对京科－中糯类种质具有较突出的负向调控作用，而株高、穗位高等植株性状对本地糯类种质的正向调控作用较大。对于京科－中糯类温带种质，花期延迟对雄花性状及穗行数和穗粗等果穗性状有负调控作用，这可能是亚热带生态气候环境对温带血缘种质影响的结果。而对于本地糯类热带种质，株高、穗位高对果穗穗行数和行粒数正向调控作用更大，但过高的穗位高也易导致产量性状穗粗下降。结论不同类型的糯玉米种质遗传多样性存在一定差异，具有一定的地理和生态区域特点，在植株、花期和果穗等性状的相关性和互作机制也存在明显差异。
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基于SNP分子标记的广西玉米种质材料类群结构分析及核心种质构建
《西南农业学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：[目的]对广西玉米种质材料进行类群结构分析和核心种质构建,为广西玉米种质资源的高效利用、多样性保护及品种改良提供参考依据.[方法]利用SNP分子标记对523份具有重要育种价值的玉米种质材料进行遗传多样性分析,基于主成分判别分析(Discriminant analysis of principal components,DAPC)法、K-means聚类法和系谱关系分析材料的群体结构和遗传差异;采用模拟退火算法,在30.00%~10.00%取样范围内,以5.00%梯度取样比例逐级探索构建广西玉米核心种质.[结果]通过7888个SNP分子标记分析发现,523份玉米种质材料的基因多样性(Genetic diversity,GD)平均值为0.391,多态信息含量(Polymorphism in-formation content,PIC)平均值为0.309,遗传多样性总体上处于中度多态.基于DAPC法和K-means聚类法,可将523份玉米种质材料划分为4个类群,分别为Suwan群、墨黄群、Reid群和Non-Reid群,其遗传多态性排序为Suwan群<墨黄群
关键词： 玉米种质 遗传多样性 类群划分 SNP分子标记 核心种质
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广东和广西火龙果溃疡病菌新暗色柱节孢遗传多样性分析
《热带作物学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：广东和广西是我国火龙果主要产区,也是火龙果溃疡病的常发区,明确这些地区火龙果溃疡病菌新暗色柱节孢(Neoscytalidium dimidiatum)的遗传多样性对溃疡病的防治具有重要意义.本研究以主要来源于广西、广东的4个火龙果溃疡病菌地理群体为试验对象,利用ISSR分子标记扩增以获得其指纹图谱,并进一步分析溃疡病菌的遗传分化情况.供试的火龙果溃疡病菌经过8条ISSR引物扩增,得到203条条带,多态性位点为31.7%,菌株间遗传相似系数在0.7619~1.0000之间.在UPGMA聚类树上遗传相似系数为0.90时可分为3个类群,但遗传类群与地理分布上并无紧密联系.主成分分析结果显示,4个地理群体重叠性较高,不存在相对独立的地理种群.本研究证明我国火龙果溃疡病菌遗传多样性水平较低,各地之间存在频繁的菌源交流,该结果可为新暗色柱节孢的种群遗传结构和火龙果溃疡病病原菌监测的研究提供科学依据.
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利用SNP标记对60份糯玉米自交系的遗传多样性和杂种优势群研究
《玉米科学 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：针对鲜食玉米种质资源间亲缘关系和杂种优势群不清晰问题,利用SNP标记技术对优良糯玉米种质进行遗传多样性研究和杂种优势群划分.结果表明,60份糯玉米自交系的多态性信息含量(polymorphism informa-tion content,PIC)平均值为0.256,属于中度多态,其遗传多样性好.通过聚类分析将60份自交系划分为4个杂种优势类群,更加清晰掌握群体结构和亲缘关系,为糯玉米种质资源的改良、创新与利用及品种选育提供理论参考.
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基于外壳蛋白基因的广西西番莲夜来香花叶病毒的遗传多样性分析
《中国南方果树 》 2025 北大核心
摘要：为明确夜来香花叶病毒(Telosma mosaic virus,TeMV)在广西地区的发生情况和群体遗传特征,对采集自广西13个市西番莲种植基地的187份疑似感病的西番莲样品进行RT-PCR检测,并选取来自不同产区样品的外壳蛋白(coat protein,CP)基因进行克隆和测序,分析其系统发育、遗传进化、种群结构等特征.结果表明,187份样品中162份检出TeMV,检出率为86.6%,获得22个TeMV CP基因序列(GenBank登录号OR786355~OR786369,PP544171~PP544177).相似性结果表明,22份西番莲TeMV分离物CP基因的核苷酸序列一致性为94.7%~100%,氨基酸序列一致性为95.7%~100%.结合GenBank下载的19条序列的系统发育分析表明,41条序列分为3个大分支,广西西番莲TeMV分离物属于Ⅰ组;不同国家或地区来源的分离物相互分离,且相同寄主来源的分离物亲缘关系最近.西番莲TeMV分离物CP基因序列无重组现象,进化的主要驱动力是负选择压力.不同群组间的遗传分化显著,基因交流频率低,易发生遗传漂变,群体处于扩张趋势.本研究是针对广西地区西番莲上TeMV遗传变异的首次报道,为广西西番莲TeMV防控提供参考.
关键词： 广西 西番莲 夜来香花叶病毒(Telosma mosaic virus,TeMV) TeMV CP基因 遗传多样性 遗传变异
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基于ISSR分子标记的金花菌遗传多样性分析
《南方农业学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：[目的]基于ISSR分子标记对不同地理来源的金花菌进行遗传多样性分析,为金花菌菌种资源的分类鉴定、评价及挖掘利用提供科学依据.[方法]利用ISSR分子标记对湖南益阳、陕西咸阳、广西横州和广西梧州4个不同地理来源的61株金花菌菌株进行遗传多样性分析;使用NSYSpc 2.10e计算不同菌株之间的遗传相似系数并进行非加权组平均法(UPGMA)聚类分析,使用PopGene 1.32计算遗传多样性相关参数.[结果]使用11条ISSR引物共扩增获得168个位点,其中多态性位点158个,多态性比例为94.0%.UPGMA聚类分析结果显示,61株金花菌菌株之间的遗传相似系数在0.48~1.00;当遗传相似系数为0.60时,61株金花菌菌株被分为5个类群,类群Ⅰ为冠突曲霉(Aspergillus cristatus),类群Ⅱ为谢瓦氏曲霉(Aspergillus chevalieri),类群Ⅲ为假灰绿曲霉(Aspergillus pseudoglaucus),类群Ⅳ为Aspergillus cibarius,类群Ⅴ为赤曲霉(Aspergillus ruber).4个地理群体的Nei's遗传一致度在0.7409~0.9967,平均值为0.8607;遗传距离在0.0033~0.3000,平均值为0.1560;其中,陕西咸阳群体与湖南益阳群体之间的遗传距离最小,Nei's遗传一致度最高,而广西梧州群体与湖南益阳群体之间的遗传距离最大,Nei's遗传一致度最低.61株金花菌菌株的平均Nei's基因多样性指数(H')为0.2622,平均Shannon's信息指数(I)为0.4082,群体间遗传分化系数为0.4228,群体基因流值为0.6825.[结论]金花菌菌株具有丰富的遗传多样性,ISSR类群划分与金花菌菌种分类具有一定关联,同一菌种的遗传多样性与地理来源之间不存在明显的相关性.
关键词： 金花菌 曲霉属 冠突曲霉 ISSR分子标记 遗传多样性
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