科研产出
辣椒疫病罹病植株根际土壤细菌群落多样性分析
《南方农业学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】分析辣椒疫病罹病植株根际土壤细菌群落多样性,为辣椒疫病防控提供理论依据。【方法】采集湖南长沙、吉首及永州地区辣椒疫病罹病植株根际土壤,运用IlluminaMiSeq高通量测序技术对土壤样品基因组DNA的16S rDNA-V4区进行测序分析,明确不同地区罹病辣椒植株根际土壤细菌群落多样性。【结果】3个地区罹病辣椒根际土壤的细菌OTU数量存在差异,独有OTU占总体比例各有差异,其中永州地区占其总数的30.18%、吉首地区占其总数的41.83%、长沙地区占其总数的24.07%,3个地区共有OTU占所有检测到OTU的14.95%。α多样性指标均表现为长沙地区最低,吉首地区最高。在门水平上,3个地区的罹病辣椒根际土壤微生物组成相似,优势菌门为Acidobacteria(酸杆菌门)、Proteobacteria(变形菌门)、Actinobacteria(放线菌门)和Chloroflexi(绿弯菌门),但3个地区在相对丰度上表现一定差异。【结论】湖南永州、吉首和长沙地区辣椒疫病罹病植株根际土壤细菌多样性存在差异,以吉首最高、长沙最低;3个地区的罹病辣椒根际土壤微生物组成相似,但相对丰度存在差异。
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24份古荔枝种质资源ISSR遗传多样性分析（英文）
《南方农业学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】了解广西古荔枝种质资源的遗传多样性及其亲缘关系,为其种质资源利用和品种选育等提供参考。【方法】采用ISSR分子标记技术对24份古荔枝种质资源的遗传多性及亲缘关系进行分析。【结果】从100条ISSR引物中筛选出13条带形清晰、重复性好的引物,共扩增出96条条带,其中有43条为多态性条带,多态性比例为44.79%,平均每条引物扩增的条带数为7.4条。供试古荔枝种质资源间的遗传相似系数范围为0.43~1.00,平均相对遗传相似系数为0.61。UPGMA法聚类分析结果表明,在遗传相似系为0.66处供试的24份古荔枝种质资源被分为三大类群。类群Ⅰ均来自广西灵山县,类群Ⅱ来自广西桂平市、北流市、玉林市、灵山县和大新县,类群Ⅲ来自广西北流市和灵山县。【结论】24个广西古荔枝品种资源间的遗传基础宽,可作为今后荔枝杂交选育的优良种质资源。
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广西番茄烟粉虱传双生病毒的分布及遗传多样性分析（英文）
《南方农业学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】调查研究侵染广西番茄的双生病毒种类、分布及复合侵染情况,为广西番茄育种及抗病品种布局提供理论依据。【方法】自2011年起,对引起广西番茄曲叶病的双生病毒进行调查、鉴定,并采集疑似双生病毒侵染的番茄样品189份,提取样品总DNA,利用双生病毒简并引物对样品进行检测,挑选部分阳性样品的PCR产物,纯化后连接至克隆载体进行测序,并与Gen Bank已报道的序列进行比对分析。同时选取不同地区的各病毒分离物进行全序列扩增和测定,构建系统发育进化树,研究其进化关系及遗传多样性。【结果】通过PCR检测发现,189份番茄样品中139份为阳性样品,阳性检出率为73.54%。挑选具代表性的番茄样品进行测序比对分析,发现引起广西番茄曲叶病的双生病毒有4种:中国番茄曲叶病毒、中国番木瓜曲叶病毒、中国番茄黄化曲叶病毒和中国胜红蓟黄脉病毒,且样品存在复合侵染现象,存在7种以上不同类型的复合侵染现象;共获得47个各病毒分离物的病毒全长基因组序列。通过系统发育进化树分析发现,各病毒分离物按地域处于不同的分支,表现较丰富的遗传进化关系。【结论】侵染广西番茄的双生病毒有4种,广泛分布于广西主要的番茄种植区,且病毒的侵染多为复合侵染。侵染广西番茄的双生病毒具地域分布性。
关键词： 番茄烟粉虱传双生病毒 分布 复合侵染 遗传多样性
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长期单施化肥和有机无机配合条件下红壤蔗区土壤生物学性状及细菌多样性差异
《植物营养与肥料学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：【目的】分析红壤区长期施肥的蔗区土壤生物学性状和细菌多样性,旨在提出提升红壤蔗区土壤肥力与健康的施肥方案。【方法】试验从1995年开始,于广西来宾市蒙村镇那洪村甘蔗长期试验站进行。试验设置不施肥(CK)、长期单一施用化肥(NPK)和长期化肥配施有机肥(NPKM)3个处理。采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)以及稀释平板法等传统和现代分析技术,比较分析了3种长期不同施肥处理对蔗区土壤生物学指标、细菌多样性等指示土壤肥力与健康状况指标的影响。【结果】施肥处理导致甘蔗产区土壤p H下降,NPK处理下降幅度大于NPKM处理。土壤中可培养微生物数量(细菌、真菌和放线菌)均以NPKM处理为最高,NPK处理真菌数量显著高于CK,放线菌数量却显著低于CK土壤,细菌数量两者间无显著差异。微生物量碳、氮以及涉及碳、氮、磷循环的土壤酶活性均以NPKM处理土壤为最高,与NPK和CK土壤差异显著。NPK处理土壤中β-葡糖苷酶活性以及微生物量碳高于CK土壤,但蛋白酶、磷酸酶活性以及微生物量氮显著低于CK土壤。NPKM处理土壤中细菌多样性指数(H)、丰富度(S)以及均匀度(EH)指数等同样表征土壤肥力与质量的敏感指标均高于NPK和CK土壤。【结论】长期施肥可不同程度地导致红壤蔗区土壤p H下降,长期单一施用化肥处理下降幅度高于化肥与有机肥配施处理。长期单一施用化肥加剧了土壤肥力下降与质量劣化,化肥配施有机肥是减缓红壤甘蔗产区土壤p H下降、提升土壤肥力和保持土壤健康的有效措施。
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广西甘蔗鞭黑粉菌遗传多样性分析
《南方农业学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：【目的】分析广西甘蔗主产区甘蔗鞭黑粉菌遗传多样性水平,为研究病菌毒力变化及甘蔗病害综合治理提供新思路。【方法】从广西各甘蔗主要产区采集甘蔗鞭黑粉菌样品,提取其中70份单倍体菌株基因组DNA,使用优化的随机扩增多态性DNA标记(RAPD)反应体系和经筛选获得的RAPD引物进行PCR扩增,电泳谱带使用NTSYS2.1进行聚类分析,并构建系统发育进化树。【结果】使用筛选出的10个RAPD引物进行扩增,获得77条条带,每个引物扩增得到的条带数为4~11条,大小为150~3000 bp,包含6个多态性位点,群体多态位点百分率为7.79%。70个甘蔗鞭黑粉菌的相似系数为0.96~1.00,在0.96的遗传系数上菌株可分为两大类,其中类群1聚集了来自横县校椅镇的两个菌株,其余68个菌株分布在类群Ⅱ中。【结论】广西甘蔗鞭黑粉菌遗传分化度较低,片段多态性和菌株地理来源、寄主和交配型无显著相关性。
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广西生产上主要应用的三系杂交稻不育系遗传多样性分析
《南方农业学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：【目的】分析三系杂交稻不育系的遗传多样性和亲缘关系,为广西杂交水稻不育系的创新和选育奠定基础。【方法】选取均匀分布于水稻12条染色体上的34对SSR引物,对25份广西生产上主要应用的三系杂交稻不育系进行遗传多样性分析和聚类分析。【结果】34对引物在25份不育系材料中共检测到112个等位基因,每对引物检测到的等位基因数为2~7个,平均为3.2941个;有效等位基因数为1.0832~5.8411,平均为2.3170个,Nei’s基因多样性指数为0.0768~0.8288,平均为0.4922;多态信息含量(PIC)为0.0739~0.8067,平均为0.4381,属于中度多态位点;遗传相似系数为0.5565~0.8870,平均为0.6936。聚类分析结果表明,在遗传相似系数为0.6400处可将25份不育系材料分成两大类,桂丰A和桂19A聚为第一大类,其他23份材料聚为第二大类,且第二大类在遗传相似系数0.7200处又可以分成四个亚类。【结论】广西生产上主要应用的三系杂交稻不育系的遗传变异程度中等,遗传多样性不高,亲缘关系较近,遗传背景较单一。
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短期免耕和垄作对稻田土壤微生物群落及多样性指数的影响
《西南农业学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：微生物群落和多样性指数是表征土壤质量好坏的关键指标。采用高通量测序手段,研究了4种耕作方式(常耕CT、免耕NT、垄作常耕RCT和垄作免耕RNT)下稻田土壤微生物群落及多样性指数的变化。结果表明:在门水平上,稻田土壤优势微生物有10种,分别为变形菌门、绿弯菌门、硝化螺杆菌门、拟杆菌门、酸杆菌门、厚壁菌门、放线菌门、疣微菌门、浮霉菌门以及泉古菌门。其中变形菌门和绿弯菌门所占比例较大。与CT相比,NT、RCT和RNT降低了稻田土壤的泉古菌门和厚壁菌门比例、而提高了硝化螺杆菌门比例,其中以RCT降低或提高的作用最为明显。与CT相比,NT提高了稻田土壤微生物的Chao 1、PD whole tree、Observed species指数,而垄作(RCT、RNT)显著地提高了稻田土壤微生物的Chao 1、PD whole tree、Observed species指数,以RCT的作用最明显。耕作方式改变了稻田土壤微生物群落以及多样性指数,垄作有利于稻田土壤微生物向着多样化发展。
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华南瓜类疫霉的RAPD遗传多样性分析
《菌物学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：为了解来自广东和广西的瓜类疫霉的遗传多样性,利用从180条RAPD引物中所筛选出的多态扩增性强、重复性好的12条引物,对分离自两省区的96株瓜类疫霉进行了全基因组DNA遗传多样性分析和指纹图谱构建。通过对供试菌株的RAPD-PCR扩增,共获得135条DNA标记谱带,其中124条为多态性谱带,多态检测率为91.9%。利用NTSYSpc Version2.1软件对供试菌株间的遗传距离进行聚类分析并构建系统树,以遗传相似系数0.81为阈值,将96个供试菌株划分为12个RAPD群,多数分离物之间遗传相似性较低,在DNA水平上存在显著的遗传变异,具有较丰富的遗传多样性。不同地区间菌株的遗传分化程度不同,分离自黄瓜的菌株遗传分化明显高于分离自冬瓜的菌株。RAPD群与菌株地理来源、分离寄主、致病力、交配型及甲霜灵抗性均无明显的相关性。
关键词： 瓜类疫霉 遗传多样性 RAPD分析 遗传距离 黄瓜 冬瓜
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菜心种质资源遗传多样性的SCoT分析
《南方农业学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：【目的】利用SCo T标记分析菜心种质资源的遗传多样性,为其分类和利用提供理论依据。【方法】搜集熟期和株色各异的33份菜心种质资源,利用筛选的12条SCo T引物对其进行遗传多样性分析。【结果】12条引物从33份菜心共扩增出83条带,引物多态性百分率变化范围为2.63%~57.89%,平均多态性百分率为36.00%;每条引物多态性条带变化范围为4~9条,平均3.4条;扩增片段大小为500~1500 bp。观察等位基因数(Na)为1.065,有效等位基因数(Ne)为1.254,Shannon’s信息多样性指数(I)为0.217,期望杂合度(He)为0.149,平均Nei’s遗传距离为0.428。AMOVA分析发现,81%的变异来源于品种内,19%的变异来源于品种间。聚类分析结果表明,在Nei’s遗传距离0.24处可将33份菜心分成两大类,第一类包括14个早熟品种、2个中熟和1个晚熟品种;第二类包括10个中晚熟品种和6个早熟品种。【结论】SCo T标记的分类结果与熟期分类结果较一致,多数菜心品种可根据熟期和SCo T标记归类;SCo T标记具有操作简单、重复性高、多态性较丰富等优点,可用于菜心遗传多样性研究的初步批量检测。
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