科研产出
广西西番莲产区东亚西番莲病毒的发生情况及其遗传多样性分析
《西南农业学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：[目的]调查广西西番莲产区东亚西番莲病毒(East Asian passiflora virus,EAPV)发生情况,分析病毒种群遗传结构特征,为明确该病毒在田间的流行规律及制定防控策略提供参考依据.[方法]从广西13个市的西番莲主产区采集187份疑似被EAPV感染的西番莲样品,利用RT-PCR和核苷酸序列比对分析对样品进行鉴定.选取具有地域代表性的EAPV阳性样本,基于完整的外壳蛋白(Coat protein,CP)基因序列,分析其序列相似性、遗传多样性、遗传变异、种群结构等特征.[结果]经RT-PCR验证,共有132份西番莲样品为EAPV阳性,检出率为70.6%.从EAPV阳性样品中测序获得23株EAPV CP基因序列,上传至GenBank获得登录号.23株EAPV分离株的CP基因核苷酸序列和氨基酸序列相似性分别为80.9%~100.0%和83.4%~100.0%.系统发育进化树分析表明,23株EAPV分离株分别属于AO株系(8个分离株)和IB株系(15个分离株).IB株系CP蛋白编码区第87~95位核苷酸比AO株系多9个核苷酸.遗传差异分析结果显示,EAPV两个株系间遗传分化显著.基因交流结果显示,2个株系间基因交流频率低,株系间易发生遗传漂变.遗传多样性分析结果表明,AO株系和IB株系的基因进化主要受负选择压力,2个株系处于扩张趋势.[结论]EAPV在广西西番莲主产区发生普遍.本研究获得的23个EAPV分离株包含AO株系和IB株系.遗传漂变和负选择压力是影响EAPV遗传变异的重要机制.
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苹婆种质果实性状多样性分析与综合评价
《植物遗传资源学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：苹婆又名凤眼果、九层皮等,是药食两用坚果类植物.为有效保护和利用苹婆种质资源,本研究采用多样性分析、聚类分析、相关分析、主成分分析和逐步回归分析等方法对70份苹婆种质进行遗传多样性分析和综合评价.结果表明:13个性状变异系数介于7.80%~42.94%,单果重、单果种子总重、可溶性糖含量、可溶性蛋白含量和淀粉含量变异程度较大.遗传多样性指数介于1.57~2.04,其中种形指数(2.04)、淀粉含量(2.02)、种子纵径(2.01)、果实种子数(2.00)的多样性指数较高.聚类分析把供试材料划分为4个类群,其中类群Ⅱ的15份资源属于果实偏大、外观品质较好的种质类型,符合市场及选育需求.相关性分析表明,种子重量分别与果实纵径、单果重、单果种子总重、种子纵径、种子横径呈极显著正相关,出种率与果实横径呈极显著负相关,可溶性蛋白含量与可溶性糖含量呈极显著正相关.主成分分析表明,前4个主成分能代表13个果实性状的大部分信息,累计贡献率为74.46%.果实性状综合评价得分(F)介于-2.95~3.35,S009、S021、S011、S036、S028等种质位居前列,综合性状优良.逐步回归分析筛选出单果种子总重、种子重量、可溶性糖含量、种子横径4个性状指标,可作为综合评价苹婆果实性状的关键性指标.通过鉴定评价,筛选出果形大、淀粉含量高、可溶性糖和可溶性蛋白含量丰富的优异种质资源6份.
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19个广西审定丝苗型品种主要农艺性状与遗传多样性聚类分析
《分子植物育种 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为了明确广西审定丝苗型品种的趋同程度与遗传差异,选用19个广西审定丝苗品种,通过18个主要农艺性状表型鉴定与聚类分析,并采用48对SSR标记进行遗传多样性分析.结果表明:基于农艺性状表型的品种间欧氏距离聚类,可分为4类,包含12个品种的类群农艺性状表型表现趋同;3个两系品种,2个常规稻,14个三系品种均被聚类在不同的大类中,说明育种方式不影响表型聚类,农艺性状表型差异多样.基于SSR标记的遗传距离聚类,所有品种可以被划分为4个类群,而不同类群之间的遗传差异也显而易见,遗传多样性丰富;具有相同母本,或采用相同父本的品种,基本归于同类.两种聚类结果的对比表明,育种中品种间会出现遗传关系较远,农艺性状接近的情况;也会出现遗传关系较近,农艺性状相差较远的情况.研究农艺性状表型鉴定与聚类和解析遗传多样性的结果可为广西丝苗型品种的选育和推广保护提供理论和技术支持.
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茉莉花全基因组SSR标记开发及其亲缘关系鉴定
《园艺学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：根据茉莉花（Jasminum sambac）全基因组序列进行SSR分子标记开发，分析其SSR位点的组成及特征，并开展40份素馨属（Jasminum）种质的遗传多样性分析及41份茉莉花开放授粉系的亲缘关系鉴定。利用MISA软件对单、双瓣茉莉花全基因组进行SSR位点检索，共检测到140803个，重复基元中共有5种重复类型，以二核苷酸和三核苷酸的重复次数最多，分别为87 785次和46 735次，占SSR总位点数的62.35%和33.19%。挑选单、双瓣茉莉花共有且存在变异的SSR位点，根据单瓣茉莉花的参考基因组，采用Primerv3.0软件成功设计出1847对SSR引物，随机挑选出均匀分布的240对引物，以8个遗传背景差异较大的茉莉花种质混合DNA为模板对其进行扩增，最终确定了14对多态性SSR标记。利用开发的14对SSR标记对40份茉莉花种质进行检测，共发现169个等位基因，平均等位基因数（Na）、有效等位基因（Ne）、Shannon's信息指数（I）、观察杂合度（H_o）和期望杂合度（He）分别为12.1、4.067、1.772、0.505和0.725，多态性信息含量（PIC）介于0.378～0.817之间，均值为0.702。通过UPGMA聚类，在Nei's遗传距离0.82处将40份茉莉花种质划分为3大类群；在遗传距离0.66处，茉莉花和毛茉莉（J.multiflorum）聚为一类。群体结构分析表明40份茉莉花种质可分为3个类群，群体间存在部分种质混杂。利用开发的SSR标记对41份开放授粉系及14份候选父本进行检测，共发现103个等位基因，平均Na、Ne、I、H_o和He分别为7.4、2.446、1.061、0.366和0.522,PIC介于0.159～0.744之间，均值为0.477，有6对引物为高度多态位点；在Nei’s遗传距离0.82处将55份供试材料划分为3大类群，供试茉莉花母本及其开放授粉系全部聚为一类，在遗传距离0.28处2个茉莉花母本分别与其开放授粉系聚在一起。利用Cervusv3.07软件分析SSR位点在开放授粉系和已知母本及候选父本的遗传多样性参数，位点累积排除概率随位点数增加而增大，对于单亲已知类非父本排除概率（NE-2P）,14个位点的累积排除概率高达0.9962；当候选父本、三联体置信度均在95%时，41份开放授粉系中有30份鉴定出父本，其似然对数比值（LOD）均为正值，其中判定为自交子代的有26个，占86.67%，判定为杂交子代的有4个，占13.33%，杂交子代的父本均为泰国双瓣茉莉。
关键词： 茉莉花 SSR分子标记 亲缘鉴定 遗传多样性 全基因组
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金顶侧耳种质资源遗传多样性分析及耐高温种质筛选
《南方农业学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：【目的】分析金顶侧耳种质ISSR分子标记及农艺性状的遗传多样性，为广西地区耐高温品种选育及遗传改良提供参考。【方法】以29株金顶侧耳菌株为材料，对其进行ISSR分子标记检测、表型性状测定和耐热性鉴定，分析其遗传多样性，并对其进行聚类分析、相关分析和主成分分析，筛选出商品性佳、耐高温的种质。【结果】利用筛选出的16个ISSR引物对29株金顶侧耳菌株进行聚类分析，结果显示，供试菌株间遗传相似系数为0.67～0.96，在遗传相似系数为0.79时，可分为14个类群，其中广西地区种质分布9个类群，包括3个野生种质类群，说明金顶侧耳种质遗传差异较大，遗传背景丰富。去除未出菇和表型性状相同的菌株，其余26株金顶侧耳菌株表型性状的Shannon-wiener多样性指数（H'）为0.516～2.010，其中菌盖横径的H'最高，菌棒成活率的H'最小；基于数量性状将其分成七大类群，其中广西地区种质分布六大类群，其中第Ⅰ类群种质每丛子实体数量较多、较小，可用作观赏；第Ⅱ类群为广西区外品种，每丛子实体数量多，第1潮菇产量高，可用作子实体数量和首潮菇产量的改良；第Ⅲ类群为广西栽培菌株，每丛子实体数量少，可用作子实体数量的改良；第Ⅳ类群为广西栽培品种，菌盖大，可用作菌盖大小改良；第Ⅴ类群菌盖颜色深、菌盖横径与菌柄长度的比值高，可用于菌盖颜色和菇形改良；第Ⅵ类群为广西主推品种，早熟且综合农艺性状优良，可用作早熟和商品性状改良的亲本材料；第Ⅶ类群为广西野生种质，幼菇菌盖鳞片颜色深，产量高，可用于鳞片颜色及高产改良。22个表型性状中，呈极显著（P<0.01，下同）相关的性状有28对，呈显著（P<0.05）相关的性状有21对，其中第1潮菇产量与每丛子实体数量、菌柄长度与菌盖横径与菌柄长度的比值分别呈极显著正或负相关（|r|>0.800），成熟时间与总产量呈极显著负相关（r=-0.636）。7个主成分对表型变异的累计方差贡献率达83.117%。菌株耐热性试验鉴定结果显示，26株亲缘关系明晰且正常出菇的菌株分为耐热型9株、中间型12株、不耐热型5株，各类型材料在广西地区均有分布。【结论】广西金顶侧耳种质资源具有丰富的遗传多样性，育种潜力巨大，可将子实体数量作为首潮产量性状进行改良，成熟时间作为总产量性状进行改良，菌柄长度作为菌盖横径与菌柄长度的比值性状进行筛选。
关键词： 金顶侧耳 ISSR标记 表型性状 遗传多样性 聚类分析 主成分分析 耐热性鉴定
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火龙果溃疡病对果皮组织微生物群落特征的影响
《热带作物学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：水果果皮组织的微生物群落有助于提高水果品质和抗病性,但关于火龙果果皮内生微生物的群落结构和多样性的研究报道比较缺乏.本研究采用 Illumina MiSeq 高通量测序技术分析火龙果健康幼果与溃疡病发生初期的罹病果果皮组织内生微生物群落组成及多样性,并预测其群落功能,以了解溃疡病发生初期火龙果果皮内生微生物群落特征.结果表明:在火龙果青果期,健康果和罹病果果皮之间的内生细菌和真菌群落多样性和群落结构差异不显著.健康果果皮的内生微生物中,优势细菌门为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteriota)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidota)、异球菌门(Deinococcota)、脱硫杆菌门(Desulfobacterota)和绿弯菌门(Chloroflexi),优势真菌门为子囊菌门(Ascomycota)、真菌未鉴定门(unclassified_k__Fungi)、担子菌门(Basidiomycota)和毛霉门(Mucoromycota).溃疡病发生初期,变形菌门、放线菌门和异球菌门的细菌和子囊菌门的真菌的平均相对丰度显著下降,脱硫杆菌门的细菌和真菌未鉴定门的真菌的平均相对丰度显著上升.随着菌群比例变化,罹病果皮内生细菌的化学异养、需氧化学异养、甲基营养以及甲醇氧化功能的表达量显著下降,内生细菌的潜在致病性类群比例显著提高,内生真菌的腐生营养型、病理营养型和病理-共生营养型的比例显著下降,未知营养型的内生真菌比例显著上升.研究结果提供了火龙果果皮内生微生物的生物信息,为揭示火龙果内生微生物在溃疡病发生中的作用以及利用内生有益微生物功能提供理论依据.
关键词： 火龙果 溃疡病 果皮组织 内生细菌 内生真菌 群落多样性
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基于SSR荧光标记构建睡莲核心种质
《园艺学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：采用SSR荧光标记技术对240份睡莲资源进行遗传多样性分析;利用Structure软件分析其群体结构,采用主成分分析和聚类分析进行验证;基于最小距离逐步取样法构建核心种质并进行t筛选验证。结果表明,16对SSR荧光引物共检测到205个等位基因,平均Shannon’s信息指数（I）为0.2036,Nei’s基因多样性指数（H）为0.1168,有效等位基因数（Ne）为1.1697,表明睡莲的遗传多样性丰富。Structure软件分析结果显示最优的群体数K值为3,群体间有少量种质混杂;群体结构分析将240个睡莲品种（种）分为3个类群。采用最小距离逐步取样法,按70%、65%、60%、55%、50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%和10%的比例取样,各个核心子集遗传多样性指数总体上变化不明显;最终确立了15%的取样比例,包含36个睡莲品种（种）核心种质,其中Shannon’s信息指数（I）保留率为117%,Nei’基因多样性指数（H）保留率为118%,有效等位基因数（Ne）保留率为102%。t检验结果表明,构建的包含36个睡莲品种（种）的核心种质与原始种质的遗传参数无显著差异,能充分代表原始种质的多样性。
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广西普通野生稻种质资源抗褐飞虱评价与SSR遗传多样性分析
《西南农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：[目的]探究76份广西普通野生稻种质对褐飞虱的抗性与遗传多样性,为优异抗性水稻种质资源的合理利用提供参考依据.[方法]对来自临桂、贵港、邕宁、博白、横州、扶绥、玉林和防城港8个居群的76份广西普通野生稻种质资源进行苗期抗褐飞虱鉴定,利用筛选出的62对SSR引物对供试材料进行遗传多样性分析,采用Structure ver 2.3.4进行群体遗传结构分析,并构建聚类图,利用GenAlEx 6.5分析居群间的遗传分化系数和基因流,并进行不同类群的分子方差分析.[结果]广西普通野生稻种质资源褐飞虱抗性鉴定表明,表现为高抗、抗、中抗、中感的材料分别有7、34、31和4份.遗传多样性分析中,76份材料中共检测到669个等位基因,平均每个位点含10.79个等位基因,等位基因数变幅为4~19个,其中稀有等位基因348个,占总数的52.02%,平均每个位点含5.613个;主要等位基因频率变异范围在0.158~0.855,平均为0.373;Nei's基因多样性指数(He)变异范围为0.260~0.894,平均为0.754;多态信息含量(PIC)的变异范围为0.248~0.885,平均值为0.727.8个居群He表现为防城港>邕宁>贵港>博白>扶绥>横县>玉林>临桂,种质褐飞虱抗性与居群纬度和He无显著相关性(P>0.05),居群纬度与居群He的相关系数r为-0.822,达显著水平(P<0.05).遗传结构分析显示,K=3时,供试种质可分为3个类群,与聚类分析结果相似;8个居群两两之间有85.71%的居群间表现为中等程度的遗传分化;基因流分析表明,防城港、博白、邕宁居群之间及贵港与扶绥之间基因交流频繁.AMOVA分析表明,遗传变异来源主要为个体内与个体间,群组间的变异比例较小.[结论]76份广西普通野生稻种质对褐飞虱表现出较好抗性与丰富的遗传多样性,结合现代分子生物学技术鉴定新的褐飞虱抗性基因和优异等位基因,并转育创新抗性新种质,可用于培育多抗优质水稻品种.
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广西猫儿山高山湿地植物区系特征与群落演替进程
《热带作物学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：采用样方调查法对广西猫儿山高山湿地湿生草本植物到木本植物阶段的群落类型、物种多样性、演替度和径级结构进行分析，探究植物区系特征与群落演替进程与趋势。结果共记录到维管植物136种，隶属于62科103属，单属科、单种属所占比例大。物种组成的地理成分较为复杂，属的地理分布兼具热带、亚热带和北温带的过渡特征，包含中国特有分布的3个属及特有树种铁杉，多样性程度较高。铁杉湿地很少见，该区域的铁杉湿地却保持得非常原始，保护意义重大。植物种类数量一般会随着演替进程先增加后减少，在演替中后期出现最大值，植物种类丰富度高低并不能很准确地衡量群落的演替程度。根据重要值划分植物群系，比较各演替度，推测出该区域湿生草本植物到木本植物阶段的演替顺序为笄石菖草丛→条穗薹草草丛→尾叶悬钩子灌丛→中华槭灌丛→华西箭竹灌丛→针阔混交林铁杉群落→常绿阔叶林褐叶青冈+山桂花群落→常绿落叶混交林吴茱萸五加林群落，为自然条件下的正向演替。演替的最终结果会形成顶级群落。分析乔木群落优势种的径级结构，在乔木群落阶段演替进程中，各优势种群落发展趋势为铁杉群落波动较大，褐叶青冈和山桂花为稳定群落，以吴茱萸五加为主要落叶树种的种群发展有衰退趋势。故猫儿山高山湿地自然植被还处在进展演替中，未形成最终稳定的森林群落。
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罗汉果遗传多样性与群体结构及核心种质研究
《中草药 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：目的 分析罗汉果Siraitia grosvenorii种质遗传基础,以为其资源保护、品种改良和性状遗传结构解析提供依据.方法 采用SSR荧光分子标记对325份罗汉果及其近缘物种资源进行亲缘关系鉴定,并且进一步分析罗汉果遗传多样性、群体结构和构建其核心种质.结果 优选出的15对SSR荧光引物共检测到185个等位基因(平均为12.33个),平均香农信息指数(Shannon's information index,I)为 1.67,多态性信息含量指数(polymorphism information content,PIC)≥0.54;325份种质亲缘关系聚类在遗传距离0.95附近被划分为赤瓟、翅子罗汉果和罗汉果3个亚群,其中罗汉果亚群发现大量几乎无遗传差异个体,共鉴别获得140份具遗传差异的罗汉果初级核心种质.这些初级核心种质遗传分化系数(genetic differentiation coefficient,FST)为0.140,群体间、群体内、个体内遗传变异分别占总变异的14.0%、19.0%和67.0%,野生、地方和栽培种平均遗传距离分别为0.802 1、0.576 8、0.422 0,I分别为1.798、1.092、0.603;Jaccard遗传距离聚类分析在遗传距离0.8处被划分为9个亚群,群体结构和主成分分析均被划分为4个亚群.通过10%~70%比例随机抽样法,构建了 32份核心种质,其采集地点占原始种质的94.12%,等位基因数与原始种质的符合率为96.13%,I值为1.944 9.结论 优选出的15对SSR荧光引物多态性高,能有效鉴别罗汉果及其近缘物种赤瓟、翅子罗汉果.罗汉果初级核心种质存在中等程度遗传分化,遗传变异主要来自群体与个体内部,野生种与地方种遗传多样性高,栽培种遗传多样性低,存在4个明显基因库.构建的32份核心种质能充分代表原始种质地理来源与遗传多样性.
关键词： 罗汉果 SSR荧光标记 遗传多样性 群体结构 核心种质
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