科研产出
19个广西审定丝苗型品种主要农艺性状与遗传多样性聚类分析
《分子植物育种 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为了明确广西审定丝苗型品种的趋同程度与遗传差异,选用19个广西审定丝苗品种,通过18个主要农艺性状表型鉴定与聚类分析,并采用48对SSR标记进行遗传多样性分析.结果表明:基于农艺性状表型的品种间欧氏距离聚类,可分为4类,包含12个品种的类群农艺性状表型表现趋同;3个两系品种,2个常规稻,14个三系品种均被聚类在不同的大类中,说明育种方式不影响表型聚类,农艺性状表型差异多样.基于SSR标记的遗传距离聚类,所有品种可以被划分为4个类群,而不同类群之间的遗传差异也显而易见,遗传多样性丰富;具有相同母本,或采用相同父本的品种,基本归于同类.两种聚类结果的对比表明,育种中品种间会出现遗传关系较远,农艺性状接近的情况;也会出现遗传关系较近,农艺性状相差较远的情况.研究农艺性状表型鉴定与聚类和解析遗传多样性的结果可为广西丝苗型品种的选育和推广保护提供理论和技术支持.
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广西割手密核心种质构建与关联分析
《华中农业大学学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为发掘甘蔗育种优异野生基因资源,以来自广西的333份割手密为材料,应用12对SSR引物的分子标记数据和28个表型性状资料构建广西割手密核心种质,并进行关联分析.关联分析结果显示,广西割手密茎径、节间长度、曝光前颜色、脱叶性和毛群共5个表型性状与8个位点显著相关;茎径与叶长、叶宽、节间长度、节数和锤度5个性状均表现出极显著相关;株高、茎径、节间长度、节数4个表型性状之间呈现显著或极显著的正相关;锤度与茎径和节间长度均表现为极显著的负相关.核心种质抽样按照总资源比例的0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9进行梯度筛选,当抽样比例达到30%以上时,即可包含100%等位基因覆盖度.遗传多样性评价和主成分分析结果显示,构建割手密核心种质所筛选材料具有丰富的遗传多样性,且基于核心种质绘制的主成分图与原始种质的分布图趋势相吻合.结果表明,根据30%的抽样比例筛选出99个割手密样本构建核心种质,遗传多样性评价和主成分分析所构建的核心种质具有较好的代表性.
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基于SSR标记初步定位小豆驯化相关性状QTL
《植物遗传资源学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：炸荚和籽粒硬实性是野生小豆的主要特性，严重制约着野生小豆资源的利用，解析这些性状的遗传机理，对培育优良小豆新品种具有重要意义。本研究基于中红5号和野生小豆（Vigna angularis var. n ipponensis）杂交衍生的重组自交系，开展炸荚和籽粒硬实等驯化相关性状鉴定及SSR标记分析。表型分析显示荚皮卷曲数、炸荚率及籽粒硬实率均不符合典型正态分布。构建了包含111个SSR标记、11个连锁群的小豆遗传连锁图谱，总长3813.5 cM，标记间平均距离为34.35 cM。连锁分析共发掘到与2021年炸荚率和荚皮卷曲数相关QTL 19个，与2022年炸荚率及荚皮卷曲数相关QTL 13个，其中不同年份重复检测到的荚皮卷曲数相关QTL 2个，重复检测到的炸荚率相关QTL 3个。籽粒硬实相关QTL 4个，其中位于LG11的QTL分别与炸荚率及2022年荚皮卷曲数相关QTL重叠。本研究结果为进一步开展小豆驯化相关基因的精细定位及机理解析奠定了基础。
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雌穗膨大多行数玉米突变遗传性状鉴定评价
《种子 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为鉴定、分析从广西亚热带玉米群体改良中收集的雌穗膨大多行数玉米材料的表型性状及遗传背景，通过调查该材料及其杂交再自交分离群体后代的雌穗部位农艺性状，利用F2∶3分离群体分析其雌穗变异性状的遗传特性，制作幼嫩雌穗的石蜡切片和番红固绿染色，在光学显微镜下观察其细胞组织结构的形态变化，同时利用40对SSR标记和另外23份广西育种骨干自交系进行聚类分析，明确该批材料的遗传背景和杂种优势利用模式。结果表明，该多行数玉米材料雌穗变异性状具体表现出穗行数增加、果穗变粗、穗轴变粗、穗扁化和轴扁化5种主要特征，由多个QTL调控，其中2～3个QTL调控影响穗行数，基因间具有累加效应，通过调控幼嫩雌穗分生组织细胞过度发育使雌穗在生长过程中心皮相互挤压，形成扁化的穗轴和膨大的雌穗；通过聚类分析将25份样品划分为3个杂种优势群，本研究材料属于具有温-热混合血缘的改良瑞德种质。该雌穗膨大多行数玉米材料为新的未知基因变异，一方面可利用温-热×热杂种优势配对模式对其进行杂交组配，另一方面，可进一步挖掘其控制穗行数的QTL,进行分子标记辅助育种。
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茶树12个酚类物质合成途径关键酶SSR分子标记的开发及应用
《农业生物技术学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：茶多酚是茶树(Camellia sinensis)的主要次级代谢产物,与茶树的新陈代谢、生长发育及品质非常密切.茶树酚类物质的合成涉及多种酶.目前针对茶树酚类合成途径特定酶开发的SSR分子标记引物及应用还较少.本研究基于茶树全基因组序列,以茶树酚类物质合成途径12个关键酶的基因及其侧翼序列开发获得了158对SSR分子标记引物,其中类黄酮3'-羟化酶开发获得的SSR引物最多,有29对,肉桂酸羟化酶最少,只有1对.所开发的158对SSR引物,位于基因间隔区的最多,依次是内含子区、上游区及外显子区,位于5′端上游非编码区的最少.这些引物总计有122个重复单元,其中二核苷酸最多,之后依次为三核苷酸、四核苷酸及五核苷酸,最少的是六核苷酸.从158对SSR引物中挑选68对进行了引物多态性筛选,将获得的13对多态性好的引物开展72份茶树种质资源遗传多样性的研究,共获得105种带型,同一样品的重复样可聚在一起,表明所筛选的引物能很好地区分种质资源,具有较好的准确性.72份茶树种质资源的遗传相似系数为0.8120~0.9849.本研究为茶树基于主要内含物酚类物质开展核心种质构建、新品种选育及品种鉴定等提供依据,同时也可为针对特定基因开发SSR分子标记提供参考方法.
关键词： 茶树 SSR标记 酚类合成酶 遗传多样性 核心种质
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梧州茶树种质资源的遗传多样性及亲缘关系分析
《茶叶科学 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：基于SSR标记对梧州六堡镇群体种和南渡镇野生大茶树种质资源的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,并筛选出用于该种质资源鉴别的核心分子标记.研究结果如下:(1)17对SSR引物在供试材料中共扩增得到98个等位基因,每对SSR引物扩增的等位位点为3~8个,平均每个位点5.7647个等位基因;(2)从17个SSR分子标记中筛选出8个核心标记组合即可区分每份种质资源;(3)六堡镇茶树种质资源的平均等位基因数(A)、基因型数、基因多样性(H)、多态性信息含量(PIC)分别为4.6471、7.0000、0.6754、0.6283,高于南渡镇野生大茶树种质资源,与栽培种茶树群体接近;(4)聚类分析表明,六堡镇茶树群体部分种质资源单独聚为一类,部分与云南的大叶种茶树,少量与浙江、贵州地方栽培种聚为一类;而南渡镇野生茶树种质资源单独聚为一类,仅有2个六堡镇的种质材料散落其间.综上所述,梧州茶树种质资源丰富,遗传多样性较高,研究结果为进一步开发和利用该资源奠定了基础.
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基于SSR分子标记的油梨种质遗传多样性分析
《中国南方果树 》 2021 北大核心
摘要：用23对SSR多态性引物对收集的54份油梨种质材料进行PCR扩增,利用Popgene 1.32计算遗传多样性参数,采用NTSYSpc 2.1计算种质间的遗传相似系数,并进行UPGMA聚类分析和主成分分析。结果表明,23对SSR引物共扩增出多态性位点119个,每对引物扩增的多态位点在2～10个之间,平均为5.17个,多态性位点百分比（PPL）为100%;多态性信息量（PIC）、有效等位基因数（Ne）、Nei’s基因多样性指数（H）、Shannon’s信息指数（I）分别为0.33、1.321 9、0.205 9、0.335 6。54份油梨种质资源的遗传相似系数在0.59～0.97之间,在0.71处可划分为4大类群,Fuerte单独归为第Ⅰ类,Hass、Bacon为第Ⅱ类,第Ⅲ类的种质包括Y1-10、Y3-1、Y6-5、Y10-1,余下47份归为第Ⅳ类,占参试材料的87.04%,主成分分析结果与聚类分析结果基本一致。
关键词： 油梨 遗传多样性 SSR标记 聚类分析 主成分分析
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基于NCBI香葱转录组数据库的SSR标记开发
《分子植物育种 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为了明确香葱转录组中SSR的总体分布特点,开发香葱EST-SSR标记用以香葱遗传多样性研究,本研究从NCBI数据库上获取葱属转录组数据（SRR3144570）并利用MISA软件筛选香葱转录组测序,共获得94 805条转录本序列,检测出9 511个SSR位点,SSR出现频率为10.03%。在搜索的6种SSR位点类型中,1～3个核苷酸重复类型为香葱SSR重复的主要类型（占98.63%）,其中单核苷酸占55.80%、二核苷酸占21.32%、三核苷酸重复类型占21.51%。SSR重复基元主要有41种,其中以一核苷酸重复基元类型A/T（55.01%）、二核苷酸重复基元类型AC/GT （8.11%）和AT/AT （7.95%）频率最高。分析得到转录组SSR重复序列的长度在10～158 bp之间,平均长度为53.23 bp。根据这些SSR位点,利用Primer Premier 3.0进行引物开发,共设计出9 492对SSR引物。随机选取200对引物,其中有197对能进行有效扩增,占选取SSR引物对的98.5%,同时37对引物在6份表型差异显著的香葱种质资源中呈现多态性。采用该37对引物对56份香葱种质鉴定多样性,发现在相似系数为0.68时,可将56份香葱种质分为4个类群,聚类结果与表型结果一致。以上结果表明,基于NCBI数据库香葱转录组测序开发的SSR标记丰富了香葱的分子标记数量,为香葱遗传多样性分析、种质资源鉴定提供充足可靠的标记来源。
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茶树'云抗10号'全基因组SSR信息分析及4CL基因引物开发
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：SSR标记是一种广泛应用的分子标记技术,在茶树的研究中发挥了重要的作用.本研究运用生物信息学及统计学的方法,对己成功绘制了高质量基因组图谱的'云抗10号'茶树全基因组进行分析,获得428 654个具有引物片段的SSR标记.通过对这些SSR区段进行分析,发现不同碱基数目的重复单元之间具有较大的差异:含有二核苷酸的重复单元最多,占总数的54.04%;其次为三核苷酸重复单元,占总数的31.52%.经比较,在茶树与可可的基因组SSR中,二核苷酸SSR重复单元数量最少的都是CG/GC基元;三核苷酸SSR重复单元中数量较少的都有CCG/CGC/GCC基元类型;四核苷酸SSR重复单元最多的都是AAAT/TTTA基元.为进一步研究及验证所设计SSR引物的有效性及多态性,对茶树酚类合成途径中关键酶4-香豆酸乙酰连接酶(4CL)进行SSR引物开发并进行生物信息学分析,获得17对引物.其中13对SSR引物扩增的区域有分布在基因间区,2对在内含子区及2对在5'上游非翻译区.挑选其中的6对引物进行多态性的研究,发现位于内含子区的2对引物具有多态性,其它不表现.在茶树全基因组中大规模开发SSR标记,将为茶树的进化、分类和育种研究提供参考.
关键词： 茶树 云抗10号 基因组 SSR标记 4-香豆酸乙酰连接酶
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基于转录组测序的葛根SSR标记研究与利用（英文）
《西北植物学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：该研究以‘桂粉葛1号’为材料,通过转录组测序的方法测得8.9Gb clean reads,组装成137 629个转录本,最终得到83 811个Unigene序列。进化树分析表明,葛根和苜蓿、花生聚为一支。用MISA软件在83 811个序列中检测到25 452个简单重复序列(SSR)位点,三核苷酸重复的SSR数量最多,其次是二核苷酸重复。三核苷酸重复中,(AAG)n是最普遍的重复单元(27.87%)。共设计了229对SSR引物,其中28对引物可以产生清晰的条带和丰富的多态性,被用于检测44份葛根资源的遗传多样性。在44个葛根资源的基因组DNA中共扩增出90个片段,其中89个条带有多态性,平均等位基因数为3.178 6。多态性信息量范围为0.083 0～0.774 2(平均数为0.4557)。聚类分析显示遗传相似性系数范围为0.266 7～1.000 0。这些结果提示所检测的葛根资源在DNA分子水平存在着丰富的遗传多样性。当阈值为0.58时,44个资源可以划分为2个类群,且44份资源的类群划分与地理来源之间没有直接关系,但这些标记将是葛根遗传多样性研究可用的基因组资源。
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