科研产出
甘蔗HTD2基因的表达特征及基因多态性分析
《作物学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：分蘖是无性繁殖经济作物-甘蔗最重要的农艺性状之一,挖掘分蘖关键基因用于甘蔗理想株型调控是增加品种产量的重要途径.本研究使用实时荧光定量PCR技术对前期从甘蔗中获得的与水稻分蘖关键基因HTD2高度同源的ScHTD2基因开展表达特征分析,然后探讨其在甘蔗种质资源群体中的基因多态性情况,筛选与分蘖性状相关的变异位点.结果显示,该基因表达具有组织特异性,在叶中表达最高;腋芽萌动发育过程中,在休眠芽中表达量最高,随着蔗芽萌动,开始显著下调表达,负调控蔗芽的萌动发育;植物激动素、生长素和独脚金内酯都能显著诱导该基因在萌动蔗芽和蔗苗分蘖芽中的表达,结合激素处理的表型变化特征,预示生长素和独脚金内酯诱导该基因的高表达会抑制萌动蔗芽的继续发育和延迟蔗苗的分蘖,但植物激动素诱导的高表达并没有这种抑制效应.对从26份甘蔗种质资源中获得的520条HTD2基因组DNA克隆序列开展基因多态性分析表明,在基因组结构上,该基因具有2个外显子和1个内含子,其中内含子区域变异最为丰富.从群体基因多态性看,原始种亲本群体在外显子1和2区域表现出较高的核苷酸多样性,而主栽品种群体在内含子区域表现出较高的核苷酸多样性.从编码区单倍型多样性来看,原始种亲本群体间单倍型多样性最为丰富,其次为主栽品种群体.基因选择性测验中,原始种亲本群体受正向选择,选择压力较大,基因进化速度快,而骨干亲本群体和主栽品种群体受负向选择,向纯化方向发展.编码区单倍型演化分析表明,Hap3和Hap4处于单倍型演化的辐射中心,属于较为原始的类型.基因编码区变异位点与分蘖率相关性检测揭示该基因有23个SNP位点和5个InDel位点不同变异类型剂量与甘蔗种质资源分蘖率呈显著相关,变异类型剂量效应将是未来甘蔗分子辅助育种重要的关注点.研究为进一步深入解析甘蔗分蘖调控关键基因的功能作用和开发功能性标记奠定了重要基础.
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基于NCBI香葱转录组数据库的SSR标记开发
《分子植物育种 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为了明确香葱转录组中SSR的总体分布特点,开发香葱EST-SSR标记用以香葱遗传多样性研究,本研究从NCBI数据库上获取葱属转录组数据（SRR3144570）并利用MISA软件筛选香葱转录组测序,共获得94 805条转录本序列,检测出9 511个SSR位点,SSR出现频率为10.03%。在搜索的6种SSR位点类型中,1～3个核苷酸重复类型为香葱SSR重复的主要类型（占98.63%）,其中单核苷酸占55.80%、二核苷酸占21.32%、三核苷酸重复类型占21.51%。SSR重复基元主要有41种,其中以一核苷酸重复基元类型A/T（55.01%）、二核苷酸重复基元类型AC/GT （8.11%）和AT/AT （7.95%）频率最高。分析得到转录组SSR重复序列的长度在10～158 bp之间,平均长度为53.23 bp。根据这些SSR位点,利用Primer Premier 3.0进行引物开发,共设计出9 492对SSR引物。随机选取200对引物,其中有197对能进行有效扩增,占选取SSR引物对的98.5%,同时37对引物在6份表型差异显著的香葱种质资源中呈现多态性。采用该37对引物对56份香葱种质鉴定多样性,发现在相似系数为0.68时,可将56份香葱种质分为4个类群,聚类结果与表型结果一致。以上结果表明,基于NCBI数据库香葱转录组测序开发的SSR标记丰富了香葱的分子标记数量,为香葱遗传多样性分析、种质资源鉴定提供充足可靠的标记来源。
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苦瓜AFLP和SRAP的PCR反应体系优化及应用比较
《南方农业学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：[目的]优化苦瓜AFLP和SRAP的PCR反应体系,比较这两种分子标记在苦瓜应用中的优劣,为苦瓜突变体筛选提供参考.[方法]以8份苦瓜种质为材料,对AFLP和SRAP反应体系中各反应因素浓度进行筛选优化;分别选取5对条带清晰、重复性好的AFLP和SRAP引物对8份苦瓜材料进行扩增,比较其多态性.[结果]在AFLP反应体系中,在0-10倍稀释范围内,以连接产物稀释5倍时反应效果较好;将预扩产物稀释30倍进行选择性扩增为宜.在SRAP反应体系中,Mg^2+浓度为2.5mmol/L、dNTP浓度为0.2mmol/L时,反应效果较好.多态性分析结果显示,5对AFLP引物共扩增出145条带,多态性条带有18条,多态性比率为12.41%;5对SRAP引物扩增条带数为109条,其中多态性条带数有9条,多态性比率为8.25%.[结论]AFLP和SRAP两种分子标记技术均可以很好反映苦瓜种质资源的遗传多样性,但AFLP扩增产物的平均多态性高于SRAP,能够比较稳定地筛选出差异条带.
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广西沼泽型水牛血清蛋白多态性的研究
《中国畜牧兽医 》 2011 北大核心
摘要：本研究采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对193头广西西林水牛和196头广西富钟水牛的血清运铁蛋白、白蛋白和淀粉酶的基因型、基因型频率及遗传变异系数进行分析,探讨这两个品种的遗传背景。结果表明,西林水牛和富钟水牛运铁蛋白(Tf)受TfA和TfD两个等位基因控制,基因频率TfD>TfA,以TfD为优势基因,DD为优势基因型;西林水牛和富钟水牛的白蛋白(Alb)受AlbA和AlbX两个等位基因控制,基因频率为AlbX>AlbA,以AlbX为优势基因,西林水牛以XX为优势基因型,而富钟水牛以AX为优势基因型;富钟水牛血清淀粉酶(Amy)存在AA、AB、BB、BC、AC、CC 6种基因型,受AmyA、AmyB、AmyC 3个等位基因控制,在AmyⅠ、AmyⅡ中都是以AmyA为优势基因,分别以AB和BC为优势基因型。本研究结果发现,3种血清蛋白在西林水牛和富钟水牛中不存在性别差异(P>0.05),提示广西这两个优良地方水牛品种的遗传稳定性较好。
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粳稻为背景的普通野生稻单片段代换系群体的初步构建
《广西农业科学 》 2010
摘要：以粳稻日本晴(O.sativa L.subsp.Japonica cv.Nipponbare)为受体和轮回亲本,以广西普通野生稻核心种质DP15为供体,通过连续回交和SSR标记辅助选择的方法构建普通野生稻单片段代换系群体(Single segment substitution lines,SSSLs)。用覆盖水稻全基因组的563对SSR引物检测供体(DP15)和受体(日本晴)的多态性,从中挑选212对分布在水稻12条染色体上的多态性引物跟踪供体基因型。结果表明,在BC3F1代获得79个代换片段,这些片段基本上能相互重叠并覆盖水稻12条染色体,其中第1、第2条染色体含有的代换片段数最多,均为9个,第9、第10和第12条染色体含有的代换片段数最少且均为5个。79个代换片段长度为12.65～113.55 cM,平均长度为54.3 cM,总覆盖长度为4285.28cM,是水稻整个染色体组长度的2倍多,覆盖野生稻全基因组达98.89%。随机选取其中的6个代换株系用96个多态性引物检测其遗传背景,发现供体DNA残留率为7.3%～15.6%。今后将继续通过回交和标记辅助选择,以获得一整套覆盖普通野生稻全基因组的SSSL库,这将有助于研究稻种的起源、演变和分化以及普通野生稻的功能基因组。
关键词： 普通野生稻 粳稻 单片段代换系 标记辅助选择 多态性
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中国桔小实蝇种群的微卫星多态性分析
《昆虫学报 》 2007 北大核心 CSCD
摘要：为了研究桔小实蝇种群的遗传结构,本文采用微卫星分子标记技术,对中国南方9省区、越南和泰国的11个桔小实蝇地理种群共224个个体的遗传多样性水平及种群遗传结构进行了研究。用9对微卫星引物共检测到48个等位基因,平均每个微卫星位点的等位基因数为5.33个。GENEPOP分析结果表明:11个桔小实蝇种群在9个微卫星位点上的多态位点百分率平均为94.45%。种群的Nei’s基因多样性指数平均为0.4371,Shannon信息指数平均为0.7870,表明桔小实蝇种群具有非常丰富的遗传多样性。Nei’s遗传多样性分析发现,各地理种群间产生了一定程度的遗传分化,种群间平均遗传分化系数Fst=0.2370。种群间一定程度的遗传分化可能是由地理隔离和基因流障碍(Nem=0.8049)所引起。UPGMA聚类分析可知,中国的桔小实蝇地理种群可分为华南支和西南支两大分支,华南分支包括福建、台湾、广东和海南4个种群,西南分支包括四川、云南、广西、贵州和湖南5个种群。由此推测,中国桔小实蝇种群结构的形成与演变是在地理演化与经贸交流加强这两种因素的影响下不断进行的动态过程。
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野生花生遗传物质渗入到栽培种的分子证据(英文)
《分子植物育种 》 2005 CSCD
摘要：花生属野生种具有高抗严重影响花生产量的主要病虫害的优良基因,花生区组二倍体野生种A.correntina对锈病、斑驳病毒病、PStV、蓟马、蚜虫、叶蝉、螨虫、玉米螟等多种病虫害也具有抗性。19份由珍珠豆型农家品种贺粤1号与A.correntina经可育性杂交获得三倍体F1代,F1代再经过人工染色体加倍、回交和多代自交选择,形成的能稳定遗传且性状优良的四倍体新品系,4份栽培品种和野生亲本A.correntina共24份材料用于SSR分析,40对SSR引物中有3对引物PM36、PM50、PM305,能在部分杂种后代(PM36:T60;PM50:J17、J20、J22;PM350:J7、S11、T62)中稳定地扩增出野生亲本的特异谱带,表明这些材料整合了野生亲本的遗传物质。SSR特异谱带可以作为这几份材料中野生亲本A.correntina的特异遗传标记。此外,有两对引物PM36、PM106能在一些杂种后代中扩增出父母本没有的DNA条带,使SSR分子标记表现出非共显性。
关键词： 花生野生种 杂种后代 遗传多态性 渗入鉴定 SSR
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利用SSR标记分析栽培种花生多态性及亲缘关系(英文)
《作物学报 》 2004 北大核心 CSCD
摘要：利用 1 1对SSR引物对 2 4个花生栽培品种 (包括四大类型 )进行PCR扩增分析 ,其中 4对检测到明显的多态性 ,共检测到 3 3个等位基因变异 ,每一个位点上检测到的等位变异数为 5～ 1 3个 ,平均为 8.2 5个。根据扩增结果可以将 2 4个品种中的 2 1个相互区分。供试品种间的遗传相似系数值为 0 .2～ 1 .0 ,平均为 0 .4 788。根据UPGMA聚类分析结果 ,供试品种大多数按亚种聚为两大类群 (Ⅰ、Ⅱ ) ;在两大类群下 ,大多数品种也基本上按类型分类。本研究结果表明 ,SSR在分析栽培种花生DNA多态性和遗传关系方面非常有用
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