科研产出
葛根种质资源遗传多样性分析及分子身份证构建
《西南农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：[目的]对葛根种质资源进行遗传多样性分析,并构建分子身份证,为葛根种质鉴定提供参考依据.[方法]以收集来自不同地区的21份葛根种质为试验材料,采用变异系数、Shannon-Weaver多样性指数、聚类分析、ISSR引物多态性研究葛根种质资源遗传多样性,并构建分子身份证.[结果]21份葛根种质资源各遗传性状表现出丰富的多样性,其Shannon-Weaver多样性指数为0.381~1.844,平均值为1.166,其中主茎粗Shannon-Weaver多样性指数最大(1.844).葛根种质遗传性状变异系数范围为16.330%~55.714%,平均值为35.157%,其中,成熟叶片花纹变异系数最大(55.714%),其他遗传性状变异系数均大于15.000%.从48条ISSR引物中筛选出10条条带清晰,多态性较好的引物,其多态性比率为40.00%~100.00%;多态性信息含量值(PIC)、等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性(H')和Shannon's信息指数(I)分别为0.7043~0.8468、1.4000~2.0000、1.1135~1.4741、0.0776~0.2999、0.1276~0.4720,其平均值分别为 0.7800、1.7830、1.3514、0.2160、0.3353.说明所筛选的10条ISSR引物多态性检测效率较高,适合用于葛根种质资源的遗传多样性分析.聚类分析可将供试葛根种质分成3类,部分种质与地理来源存在一定关联性,存在不同地域种质互相引进或交流.按照ISSR引物中PIC值由大到小的顺序,筛选P6、P17和P42作为核心引物,构建葛根种质资源DNA分子身份证.[结论]21份葛根种质资源具有丰富的遗传多样性和较高杂合度,可作为今后葛根育种选育基础材料.筛选出的P6、P17和P42可作为核心引物,能有效区分21份葛根种质资源,并构建分子身份证.本研究为葛根种质资源区分和精准鉴定及葛根种质资源DNA分子身份证的构建提供了理论参考.
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基于SSR荧光标记的杧果种质资源遗传多样性分析及分子身份证构建
《热带作物学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：丰富的种质资源是杧果新品种选育和产业发展的基础.为保护和利用杧果种质资源,本研究利用课题组前期开发的 TP-M13-SSR 标记对杧果种质资源保护广西创新基地圃内保存的 145 份杧果地方品种、育成品种及其近缘野生种进行遗传多样性分析和分子身份证构建.结果表明:12 对引物的平均观测等位基因数为 3.2838、平均观察杂合度(Ho)为 0.5858、平均期望杂合度(He)为 0.6725、平均Shannon指数(I)为 1.3383、平均Nei基因多样性指数(Na)为 0.6702、多态信息含量(PIC)分布范围在 0.5036~0.7827 之间,平均值为 0.6396,所有引物为高度多态性位点,说明TP-M13-SSR荧光引物可以为杧果的遗传多样性分析提供研究数据;145 份材料的遗传相似性系数变化范围为 0.5676~1.000,平均为0.7417,其中爱文与印度杧 1 号遗传相似性系数为 1.000,扁桃杧田阳 20-2 与大头香杧、扁桃杧田阳 20-2 与硕帅杧、金煌杧与桂热杧 10-1 的遗传相似性系数最小,均为 0.5676;在遗传相似性系数为 0.7060 时,145 份种质分为 2 个类群,I类群包括 108 份杧果和 20 份扁桃,种质数量最多,占总数的 88.9%,Ⅱ类群包括 17 份材料,全部为扁桃.在遗传相似性系数为 0.7330 时,I类群可进一步分为 5 个亚群,其中I-1 和I-3 亚群种质数量最多,占所有杧果的 91.92%,UPGMA聚类分析表明扁桃未严格按照种属关系聚在一起,杧果的整体聚类结果与其地理来源基本一致;对 145 份材料的扩增产物进行SSR荧光标记毛细管电泳检测获得指纹图谱,采用数字和字母相结合的编码方式获得分子身份证,通过分子身份证进行种质鉴定,每一对引物可平均区分 12.4 份种质,鉴定率明显高于前人研究,表明TP-M13-SSR检测技术比目前广泛采用的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测技术在杧果种质鉴定上更具优势.本研究结果为杧果及其近缘种种质资源的收集整理和新品种的选育提供科学依据.
关键词： 杧果 TP-M13-SSR 遗传多样性 分子身份证
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利用荧光标记SSR构建火龙果种质资源分子身份证
《中国南方果树 》 2020 北大核心
摘要：以145份火龙果种质资源为研究对象,基于从200对EST-SSR引物中筛选出的20对核心引物,通过荧光毛细管电泳技术检测分析扩增产物片段大小,应用基因型编码方法构建火龙果种质资源的分子身份证.结果表明,20对SSR引物共检测到等位基因数(Na)117个和带型(基因型)231个,平均每个引物扩增等位基因数(Na)5.9个,扩增基因型为11.6个,平均有效等位基因数(Ne)为4.03个,平均多态性信息含量(PIC)为0.688.采用个位数字和小写英文字母对不同带型进行编码,成功构建了145份火龙果种质资源的分子身份证,实现不同种质的有效区分.
关键词： 荧光标记 毛细管电泳 火龙果 种质 SSR 分子身份证
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