科研产出
药食同源蔬菜赤苍藤SCoT分子标记体系的优化及引物筛选
《中国瓜菜 》 2023 北大核心
摘要：笔者以24份不同来源地的野生赤苍藤种质为试验材料,采用L9(33)正交试验对赤苍藤SCoT-PCR反应体系进行优化,并通过优化后的体系进行引物筛选,结果表明,PCR体系中各因素对多态性结果的影响程度排序为DNA模板量>引物用量>2×Taq Master Mix用量.最佳反应体系(20μL)为1μL DNA模板(50 ng·μL-1)、1.2μL引物(10μmoL·μL-1)、10μL 2×Taq Master Mix和7.8μL ddH2O.通过该体系从36条SCoT引物中筛选出14条稳定性好、多态性高的引物,并确定了最佳退火温度.该体系的建立和引物的筛选将为后续开展赤苍藤种质资源收集与保护、遗传多样性研究和分子育种提供参考依据.
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广西壮瑶药瘤果紫玉盘SCoT-PCR反应体系建立及引物筛选
《南方农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】建立瘤果紫玉盘SCoT-PCR最佳反应体系，并筛选出适宜的SCoT引物，为瘤果紫玉盘种质鉴定分类、亲缘关系分析和遗传多样性分析提供理论参考。【方法】以广西河池、百色、柳州、南宁4份瘤果紫玉盘野生种质为试材，通过单因素试验和正交试验对瘤果紫玉盘SCoT-PCR反应体系的DNA模板用量、引物用量和Mix预混液用量3个因素进行优化，并使用优化后最佳反应体系进行SCoT引物筛选。最后将SCoT-PCR最佳反应体系和筛选出的引物用于瘤果紫玉盘种质的遗传多样性分析。【结果】单因素试验结果显示，DNA模板用量为40～70 ng，引物（10μmoL/L）用量为1.0～1.4μL,Mix预混液用量为9.0～12.0μL范围内扩增效果较好，通过L16（4~3）正交试验确定瘤果紫玉盘的SCoT-PCR最佳反应体系20.0μL:DNA模板（40 ng/μL）1.0μL，引物（10μmoL/L）1.2μL,Mix预混液10.0μL,7.8μL ddH2O。利用最佳反应体系筛选出26条适用于瘤果紫玉盘的SCoT引物，并确定了各引物最适的退火温度。26条SCoT引物在4份瘤果紫玉盘材料中共扩增出305个基因位点，其中多态性位点204个，多态性比率为66.89%，平均每条引物扩增出11.7个基因位点，有8.7个多态性位点。4份瘤果紫玉盘种质的平均等位基因数（Na）为1.7377，平均有效等位基因数（Ne）为1.5344,Nei’s基因多样性指数（H′）为0.3053,Shannon指数（I）为0.4449。4份瘤果紫玉盘间的遗传相似系数为0.5443～0.6492，遗传距离为0.4320～0.6083，说明4份瘤果紫玉盘种质间存在较大的遗传变异，遗传多样性水平较高。【结论】建立的SCoT-PCR最佳反应体系和筛选出的26条SCoT标记引物扩增效果较好，可用于瘤果紫玉盘种质资源的鉴定分类、亲缘关系分析和遗传多样性分析。
关键词： 瘤果紫玉盘 SCoT-PCR 反应体系优化 引物筛选 遗传多样性
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广西产拳卷地钱DNA的SCoT-PCR引物筛选及反应体系优化
《中国药房 》 2018 北大核心
摘要：目的:通过筛选引物并优化反应条件,建立以目标起始密码子多态性(SCoT)技术进行标记的广西产拳卷地钱DNA的聚合酶链式反应(PCR)体系。方法:采用改进的十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法提取广西产拳卷地钱药材样品DNA,以凝胶电泳法与紫外分光光度法考察样品DNA的纯度和浓度;以样品DNA为模板,对36条SCoT引物进行PCR扩增反应,并对产物进行电泳、染色、成像以筛选合适引物;以DNA浓度、Mg~(2+)浓度、dNTP浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶浓度等5个主要因素进行5因素4水平的正交试验,对SCoT-PCR反应体系条件进行优化。结果:所提取的样品DNA条带整齐,无RNA污染、无降解、无弥散荧光,加样孔清晰;260、280 nm紫外波长处吸光度比值在1.8~2.0范围内,样品DNA纯度和浓度均适合后续试验;36条引物PCR结果显示,4号引物所得产物条带整齐、无弥散荧光且亮度最高,故以其为引物进行PCR反应;最佳SCoT-PCR反应体系为30.00μg/mL DNA、2.00mmol/L Mg~(2+)、0.20 mmol/L dNTP、0.40μmol/L引物、0.50 U/mL Taq DNA聚合酶(总反应体积20μL)。结论:筛选得到合适的样品DNA的SCoT-PCR引物并优化了反应体系,可为广西产拳卷地钱的品种鉴定、遗传多样性评价及亲缘关系分析提供技术基础。
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葛根SCoT-PCR反应体系优化及引物筛选
《南方农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】优化葛根SCoT-PCR反应体系,筛选适用于葛根的SCoT引物,为利用SCoT分子标记进行葛根种质资源鉴定、遗传多样性分析及分子标记辅助育种提供技术支持。【方法】采用正交设计对SCoT-PCR反应体系中的DNA模板量、dNTPs浓度、Mg~(2+)浓度、Taq DNA聚合酶量和引物浓度5个因素进行优化,利用最佳SCoT-PCR反应体系筛选出适用于葛根的SCoT引物,并对该体系进行验证。【结果】最佳葛根SCoT-PCR反应体系20.00μL:DNA模板50.00 ng,dNTPs 0.25 mmol/L,Mg~(2+)1.50 mmol/L,引物0.80μmol/L,Taq DNA聚合酶0.50 U。利用该体系从36条SCoT引物中筛选出35条可从葛根中扩增出清晰条带的引物。使用3条引物对18个葛根材料进行PCR扩增,PCR产物表现出良好的重复性、稳定性和丰富的多态性。【结论】建立的最佳葛根SCoT-PCR反应体系和筛选获得的35条SCoT引物可适用于葛根种质资种鉴定、遗传多样性分析、相关分子标记开发等研究。
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木薯SCoT-PCR反应体系优化及引物筛选
《南方农业学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：【目的】优化木薯SCoT-PCR反应体系并进行SCoT引物筛选,为木薯辅助育种提供技术支持。【方法】以木薯品种新选048为材料,利用正交试验设计对DNA模板量、Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶量等因素进行优化,确定木薯最佳SCoT-PCR反应体系,并用其进行SCoT引物筛选。【结果】木薯最佳SCoT-PCR反应体系(20.0μL):模板DNA 60 ng,引物浓度0.30μmol/L,Taq DNA聚合酶1.5 U,Mg~(2+)1.50 mmol/L,dNTPs 0.25 mmol/L。利用该体系筛选出19条SCoT引物,能稳定扩增出数量多、清晰可辨且多态性丰富的条带。【结论】优化的木薯SCoT-PCR反应体系检测结果稳定,重复性好,且筛选出的19条引物均适用于木薯遗传多样性分析。
关键词： 木薯 SCoT-PCR反应体系 正交试验设计 引物筛选
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早熟马铃薯ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选
《广东农业科学 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：为得出马铃薯ISSR-PCR最佳的反应体系,采用正交试验设计,对r Taq DNA聚合酶、Mg2+、模板DNA、d NTPs和引物进行5因素4水平筛选。结果表明,马铃薯ISSR-PCR的最佳反应体系为:总体积25μL的反应体系中含有r Taq DNA聚合酶0.5 U、Mg2+浓度为2.5 mmol/L、模板DNA用量为75 ng、d NTPs浓度为200μmol/L、引物浓度为0.8μmol/L。这些因素对PCR反应的影响大小顺序为Mg2+浓度>r Taq DNA聚合酶用量>d NTPs浓度=引物浓度>模板DNA用量。应用该最佳反应体系对39条ISSR引物进行筛选,得出15条条带清晰、条带数多、重复性好的引物。并通过退火温度梯度试验得出筛选引物的最佳退火温度。
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青天葵ISSR-PCR体系优化及引物筛选
《中国实验方剂学杂志 》 2014 北大核心
摘要：目的:建立适合青天葵遗传差异分析的简单重复序列区间(ISSR)-聚合酶链式(PCR)反应体系。方法:采用正交试验设计对影响青天葵ISSR-PCR反应体系的5种因素(dNTP、模板DNA、引物、Mg2+和Taq DNA聚合酶)4个水平进行优化,并结合新复极差法,对试验中各单因素进行分析。结果:确立了青天葵最佳反应体系,即在20μL的总反应体积中含有10×PCR buffer 2μL,dNTP 225μmol·L-1,Mg2+2.5 mmol·L-1,引物0.4μmol·L-1,Taq DNA聚合酶1.0 U,模板DNA60 ng;从100条引物中筛选出16条扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物。结论:建立的青天葵ISSR-PCR反应体系,经过24份青天葵样品检验,得出该体系稳定可靠,可用于青天葵遗传差异分析。
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甘蔗种质资源AFLP研究的引物筛选
《中国糖料 》 2006
摘要：以两个甘蔗品种ROC25和ROC23的基因组DNA为模板,利用AFLP技术从110对引物中筛选出5对带型分布均匀、多态性丰富且分辨能力强的选择性引物。5对引物分别是E2/M4,E4/M5,E5/M6,E11/M7和E2/M6,它们将为以后AFLP技术应用于甘蔗遗传研究提供参考。
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