科研产出
金柑CDDP-PCR反应体系优化研究
《浙江农业学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：构建优化金柑CDDP-PCR反应体系并筛选适用于金柑CDDP-PCR分析的理想引物,为利用CDDP标记技术辅助种质鉴定以及分子育种等提供参考依据。以金柑基因组DNA为模板,采用正交优化试验设计方案,对dNTPs浓度、引物浓度、模板DNA用量、Mg~(2+)浓度、Taq DNA聚合酶浓度设计5因素4水平试验,采用极差分析法、方差分析法和Duncan多重比较法对试验结果进行分析。结果表明:利用供试的5个金柑品种验证试验效果,21条CDDP通用引物均可扩增出多态性条带。最佳反应体系为:dNTPs浓度为0.15 mmol·L~(-1),引物浓度为1.0μmol·L~(-1),模板DNA用量为120 ng,Mg~(2+)浓度为1.5 mmol·L~(-1),Taq DNA聚合酶浓度为0.25 U,剩余体积用ddH_2O补足至20μL。各因素对反应体系影响从大到小依次为dNTPs>引物>模板DNA>Mg~(2+)>Taq DNA聚合酶。
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基于CGE技术的甘蔗SSR-PCR反应体系优化
《南方农业学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：【目的】优化基于毛细管凝胶电泳(CGE)技术的甘蔗SSR-PCR反应体系,为甘蔗遗传多样性和亲缘关系研究、分子辅助育种及遗传图谱构建提供技术支持。【方法】基于CGE技术,采用正交试验设计,选择dNTPs浓度、DNA聚合酶量、引物浓度和DNA模板量为考察因素进行优化,确定最佳SSR-PCR反应体系,并用于8个甘蔗种质资源材料的遗传多样性分析。【结果】最佳SSR-PCR反应体系(20μL):dNTPs浓度0.15 mmol/L,DNA聚合酶1.5 U,引物浓度0.50μmol/L,DNA模板量25 ng。利用该体系对8份来自不同国家地域的甘蔗种质材料进行遗传多样性分析,发现8对SSR引物共扩增出101个片段,其中多态性片段为93个,多态性比率为92.1%。聚类分析结果表明,参试材料间的遗传相似性系数为0.521~0.871,在相似性系数为0.614处,所有参试材料可分为两大类,3份国外种质材料PINDAR、CP72-1210、CP84-1198与ROC20、GT69-156聚为一类;而ROC26、GT02-237和GT97-69聚为另一类。【结论】基于CGE技术的SSR-PCR反应体系检测结果稳定,重复性好,适用于甘蔗的遗传分析及遗传作图。
关键词： 甘蔗 SSR分子标记 毛细管凝胶电泳(CGE) 反应体系 遗传分析
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荸荠基因组DNA的提取及RAPD反应体系的建立(英文)
《广西农业科学 》 2009
摘要：以荸荠叶状茎为试验材料,采用改良的SDS法提取其基因组DNA,并对其RAPD反应体系进行优化,建立了荸荠的RAPD-PCR优化反应体系和程序。结果表明,提取的基因组DNA纯度和完整性较好,OD260/OD280值在1.8～2.0之间,DNA无降解现象,完全可以满足RAPD-PCR扩增要求。建立了荸荠RAPD反应体系:总体积为25μl,各有关成分的最佳浓度分别为25mmol/L Mg2+,1.0U Taq DNA聚合酶,0.2mmol/L dNTPs,1μmol/μl引物,1.5ng/μl DNA模板。PCR反应程序为:94℃预变性3min;94℃变性1min,37℃退火30s,72℃延伸60s,40个循环;最后72℃延伸10min。
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木豆随机扩增多态性DNA的反应体系研究
《安徽农业科学 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：[目的]分析影响木豆RAPD-PCR反应中的主要因素,优化反应条件。[方法]以木豆品种ICPL87091为试材,以木豆基因组DNA为模板,通过对PCR反应体系中各种参数的优化设置,分析比较各种因素对RAPD扩增结果的影响,建立适宜的反应体系。[结果]试验得到了较为理想的适宜木豆的反应体系。优化的木豆RAPD反应条件为:模板DNA浓度30 ng,随机引物1.6μmol/L,dNTPs(dATP,dCTP,dGTP,dTTP)各0.2 mmol/L,Mg2+浓度2.0 mmol/L,Taq酶1.0 U,反应体积为25μl。循环体系为:先94℃1 min,35℃2 min,72℃2 min,5个循环;然后94℃30 s,37℃1 min,72℃1 min,35个循环;最后72℃延伸10 min。[结论]利用这一反应体系可有效地进行木豆随机扩增多态性DNA分析,极大地提高了实验结果的可重复性。
关键词： 木豆 随机扩增多态性DNA 分子标记 反应体系
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